윤석열 대통령은 `22년 5월10일 취임하면서 임기를 시작했다. 취임 이후 3년간 감사원이 공개한 세무 분야 감사보고서는 총 7개.
`22년에는 ‘국세불복제도 운영실태’와 ‘세무조사 운영 실태’, ‘과세대상 재산가액 평가 실태’ 등이 공개됐고, `23년에는 ‘중부지방국세청 정기감사’, ‘납세자 권익보호실태’가 공개됐다.
`24년도에는 단 한 건도 없었으며, `25년도에는 ‘부산지방국세청 정기감사’와 대통령 탄핵 이후인 ‘감찰 정보 등 공직 비리 점검보고서’ 등이 공개됐다.
‘국세불복제도 운영실태’는 `21년 5월, ‘세무조사 운영 실태’는 `21년 11월에 각각 이루어진 것으로, 사실상 윤석열 정부에서 감사원이 국세청에 대한 감사를 실시한 것은 5건, 그중에서도 정기감사를 제외하면 3건가량이다.
감사원 감사 결과, 국세심사위원 A는 위촉 기간 자신이 속한 회계법인이 청구 대리한 과세전적부심사에 대해 제척되거나 회피해야 하는데도 해당 안건의 심의·의결에 참여하는 등 국세심사위원 4명이 근무 중이거나 과거 근무했던 세무회계법인이 대리한 5건의 불복 청구 심사에서 제척 및 회피되지 않은 것으로 나타났다.
또한 국세심사위원회는 재조사 결정 제도를 심판원과 다르게 운영하면서 사실관계가 불명확한 불복 청구에 대해 재결청이 어느 기관인지에 따라 결정이 달라지는 것으로 나타났다.
세무조사 분야에서는 법인 정기 세무조사 대상자 선정 기준이 불합리하거나, 법인 세무조사 착수 지연 및 선정 부적정 건 등 조사 관련 문제점이 발견됐고, 이 외에 성공불융자 관련 비상장주식 과소평가로 상속세를 부족 징수한 것, 특수관계자 저가 양도에 따른 양도세 및 증여세 미부과, 비주거용 부동산 감정평가 선정 철회 등 상속세 조사 업무 부당 처리, 상속세 신고분 결정기한 내 미조사 및 조사대상 분류 부적정, 비상장주식 과소평가로 상속세 부족 징수 등 상속세 관련 문제가 대거 발견됐다.
과세대상 재산가액 평가 실태 보고서에 따르면 주식을 시가보다 저가로 평가해 현물출자한 데 대해 양도소득 부당행위계산의 부인 적용 여부를 검토하지 않거나, 과세이연 범위 기준이 불명확해 혼선을 초래했던 것, 신주인수권증권 행사로 인한 증여 이익 평가 시 법령 등에 따라 이자 손실분만 차감해야 하는데도 취득가액을 차감하도록 질의회신 해 혼선을 초래했다.
또한 공동주택의 유사매매가액이 있는데도 공시가격으로 과세가액을 과소 평가하거나, 서화·골동품 등 감정평가심의회 신청 대상을 구체화하지 않아 실효성도 없었던 것으로 확인됐다.
중부청 정기감사에서는 고액체납자 재산 압류 조치 미흡 및 공매 등 체납처분이 지연되거나 주식 양도세 신고내용확인 업무처리가 미흡했고, 상표권 사용료 미수취 관련 법인세 누락 여부도 제대로 살피지 않았다. 이 외에도 세무조사 과정에서 여러 과세기간의 계속적·반복적인 가공세금계산서 수수 합계 금액이 고액으로 확인되는데도 일부 과세기간의 금액이 적다는 이유만으로 조세범칙조사 대상에서 제외했고, 특정범죄 가중처벌 등에 관한 법률이 적용돼 공소시효가 남아있는 회사의 가공세금계산서 범칙 행위에 대한 고발 업무를 소홀히 했던 것으로 나타났다.
특히 납세자 권익보호실태 감사 결과에서는 30건의 위법·부당사항이 확인됐다. 과세기준자문에 반해 법인세 환급을 장기간 지연하거나, 주요 과세기준자문을 미공개했었고, 반복패소사건에 대한 불복 결과 원인분석이 제대로 이루어지지 않아 쟁송을 통해 구제받아야 하는 납세자 권익 침해 사례가 반복적으로 발생했으며, 구체적인 탈루 혐의가 없는 납세자를 조사 대상으로 선정하는 등 세무조사 대상자 선정에서도 투명성이 확보되지 않았다. 또한, 조사범위 확대절차를 거치지 않고 국세를 부과하거나 세법해석을 소급 적용하는 등 세무조사권 남용 사실도 확인됐다.
부산청 정기감사에서는 연간 자료상 혐의 조사 건수를 제한하는 성과평가 지표가 있어서, 폐업 전 조사 실시 및 허위세금계산서 발급 근절 등을 위한 신속한 조사가 필요한 자료상에 대한 조사가 지연되고 있었던 것으로 나타났다. 또한 부산청은 특정법인과의 거래를 통한 이익 증여의제 혐의를 확인하고도 증여세를 부과하지 않거나 법령과 다른 비상장주식 평가액을 그대로 인정해 상속세를 부족 징수하는 등 부당 업무처리가 확인됐다.
폐업법인 미회수 가지급금에 대한 소득처분 적정성을 점검하지 않는 부실한 세원 관리가 이루어져 소득세와 증여세가 133억원 부과되지 않았으며, 일선 서에서는 증여세 탈루혐의 기획점검 자료를 부당 종결 처리했던 것으로도 나타났다.
아울러 공직 비리 점검보고서에 따르면 중부청 소속 조사관이 6700만원의 국고금 횡령 사건이 드러났다. 소속 직원들의 지출 업무를 처리하면서 과다·중복·허위 청구 등 사실과 다른 내용을 작성해 자신의 계좌로 이체하는 방식으로 수천만 원을 횡령했다. 정부구매카드로 인근 식당과 주점 등에서 식사비와 유흥비를 결제하는 등 사적 사용도 확인됐다. 이 과정에서 상급자인 팀장은 상사나 감사관실에 보고하지 않은 것으로도 나타났다.