법무부, “완료된 용역 영세업자 부가가치세 환수조치 현실적으로 어렵다”
감사원, “법무부, 과거 면세사업자 부가세 환수 사례 있다…환수 불가피“
 

대한민국 법률을 관장하는 법무부가 국가계약을 하면서 관련 세법을 적용하지 않아 감사원으로부터 시정조치를 받는 망신을 당했다.

23일 감사원은 법무부에 대한 기관감사결과 국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률에 따라 예정가격 작성 시 부가가치세를 포함해야 하는데도 부가세 2000여만 원을 누락한 것을 발견, 이를 환수하라고 권고했다.

감사원에 따르면 법무부는 지난 2013년 2월부터 2017년 7월 사이 면세사업자인 학술 등 연구단체와 총32건 6억35만 원의 연구용역을 체결하는 과정에서 12건 약 2050여만 원의 부가가치세를 공제하지 않고 지급했다.

감사원은 구체적으로 법무부는 지난 2014년 4월 모사단법인과 2500만 원의 연구용역 등 7건 1억2250만 원의 연구용역 입찰공고문과 계약서에 부가가치세를 명시하지 않았고, 2015년 10월 또 다른 모사단법인과 체결한 연구용역 3000만 원 등 13건 2억5500만 원의 입찰공고문에 부가가치세 연구용역 예정가격에 포함했으나 계약서에는 누락하는 등 면세사업자와 체결한 총 20건의 연구용역 계약대금 지급의 적정성을 확인할 수 없었다고 지적했다.

또한 2016년 5월 모사단법인과 체결한 용역의 경우 계약서에 부가가치세 270여만 원을 명시하고도 같은 해 10월 계약대금을 지급할 때 부가가치세를 공제하지 않고 지급한 사례도 발견됐다.

이 같은 감사원의 지적에 대해 법무부는 “정책연구용역 계약상대자들이 대체로 영세하고 면세사업자들에 대한 부가가치세 면세는 국가 정책상 세금감면을 통해 연구 활동을 장려하는 것이므로 완료된 용역에 대한 부가가치세 환수조치는 현실적으로 어렵고 현재 진행 중인 4건의 계약에 대해서만 변경계약 조치를 하겠다”는 입장이다.

그러나 감사원은 “법무부가 과거 면세사업자에게 지급된 부가가치세를 환수한 사례가 있고 완료된 용역 중 12건은 계약서에 부가가치세 포함이 명시돼 있으므로 과거 환수사례와 형평성 및 계약질서 유지 차원에서 부가가치세 환수는 불가피하다”고 지적했다.

이어 감사원은 법무부에 대해 향후 면세사업자와 연구용역 계약을 체결할시 입찰공고를 하거나 계약서를 작성할 때 계약금액에 부가가치세 포함 여부를 명확히 기재하고, 면세사업자에 부가가치세를 포함해 계약대금을 지급하는 일이 없도록 하는 한편, 12건의 연구용역 해당 면세사업자로부터 부가가치세 2050여만 원을 환수토록 시정을 명령했다.