1. 사실관계 

가. 원고는 2009. 8. 4. 소외 1에게 코스닥 상장업체인 주식회사 OO플러스(이하 ‘OO플러스’라고 한다)가 발행한 이 사건 주식 2,455,783주를 대금 12,892,860,750원에 양도하는 양도계약을 체결하고, 같은 날 계약금과 중도금으로 합계 7,193,194,750원을 지급받았으며, 잔금 5,699,666,000원은 2010. 7. 30.까지 지급받기로 하였다. 

나. 원고의 어머니인 소외 2, 동생인 소외 3, 소외 3의 남편인 소외 4, 재단법인 OO장학회는 2009. 8. 13. 소외 5와 소외 6에게 OO플러스가 발행한 주식 합계 1,150,167주를 대금 6,038,376,750원에 양도하기로 하면서, 잔금 2,318,334,000원은 2010. 7. 30.까지 지급받기로 하였다. 

다. 그 무렵 원고 등 양도인들과 소외 1 등 양수인들은 위 각 주식양도계약에 부수하여, 양도인들이 양수인들로부터 주식양도계약에 따른 잔금을 지급받아, OO플러스로 부터 화학제품을 생산·판매하는 주된 사업부분을 80억 원에 다시 매수하기로 하는 특별약정을 체결하였다. 다만 사업부분 매각대금은 추후 회계법인 평가금액으로 변경할 수 있고, 이 경우 각 주식양도계약에 따른 잔금 역시 자동 수정되는 것으로 하였다. 

라. 원고는 2009. 11. 30. 이 사건 주식양도계약에서 약정한 당초의 매매대금 12,892,860,750원을 기초로 양도소득세와 증권거래세를 신고·납부하였다. 

마. 원고 등 양도인들과 소외 1 등 양수인들은, 매매대금 등에 관한 분쟁이 발생하여 잔금지급이 제때 이루어지지 않던 중, 2010. 12. 26. 양도인들이 OO플러스로부터 다시 매수하기로 했던 사업부분을 줄여 사업부분 매각대금을 51억 원으로 변경하고, 각 주식양도계약에 따른 잔금의 합계 역시 51억 원으로 변경하기로 하는 이 사건 정산합의를 하였다. 이에 따라 이 사건 주식의 매매대금은 당초의 12,892,860,750원에서 10,917,855,357원으로 감액되었다. 

바. 원고는 2011. 9. 23. 피고에게 이 사건 정산합의 등에 따라 이 사건 주식의 양도가액을 10,917,855,357원으로 감액하였다며 구 국세기본법 제45조의2 제1항에 따라 경정청구를 하였으나, 피고는 이를 거부하는 이 사건 처분을 하였다.

2. 이 사건의 쟁점 

이 사건의 쟁점은 일반적 경정청구기간인 5년 내에 후발적 경정청구사유가 발생하였는데, 납세의무자가 후발적 경정청구기간인 3개월이 경과한 후에 후발적 경정청구가 아닌 일반적 경정청구를 할 수 있는지 여부이다. 

3. 대상 판결의 요지(대법원 2018. 6. 15. 선고 2015두36003 판결) 

가. 구 소득세법(2012. 1. 1. 법률 제11146호로 개정되기 전의 것) 제95조 제1항은 “양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 ‘양도가액’이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.”라고 정하고 있다. 여기서 양도소득금액의 계산을 위한 양도가액은 양도재산의 객관적인 가액을 가리키는 것이 아니고, 구체적인 경우에 현실의 수입금액을 가리키는 것이다. 따라서 주식을 매매계약에 의하여 양도한 경우 당초 약정된 매매대금을 어떤 사정으로 일부 감액하기로 하였다면, 양도재산인 주식의 양도로 발생하는 양도소득의 총수입금액, 즉 양도가액은 당초의 약정대금이 아니라 감액된 대금으로 보아야 한다(대법원 2010. 10. 14. 선고 2010두7970 판결 등 참조). 

그런데 구 국세기본법(2013. 1. 1. 법률 제11604호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제1항 제1호에 의하면, 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때에는 3년 내에 신고한 과세표준 및 세액의 경정 등을 청구할 수 있다.

따라서 양도인이 주식을 양도하면서 약정된 매매대금에 기초하여 양도소득세를 법정신고기한까지 신고하였더라도 사후에 매매대금이 감액되어 주식의 양도가액이 줄어들게 되면, 당초의 신고는 정당한 과세표준 및 세액을 초과한 것이므로, 특별한 사정이 없는 한 양도인은 대금감액을 이유로 구 국세기본법 제45조의2 제1항 제1호에 따른 경정청구를 하여 당초의 신고를 바로잡을 수 있다. 이러한 법리는 주권 등의 양도를 과세대상으로 하는 증권거래세의 경우에도 마찬가지로 적용된다.

나. 위 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 원고가 이 사건 주식양도계약에서 정한 당초의 매매대금에 기초하여 양도소득세와 증권거래세를 신고하였으나, 이 사건 정산합의에 따라 당초의 매매대금이 일부 감액됨으로써 이 사건 주식양도로 인한 정당한 양도가액은 당초의 매매대금이 아닌 감액된 대금이 되는 것이므로, 원고는 이러한 사정을 들어 구 국세기본법 제45조의2 제1항 제1호에 따른 경정청구를 하여 당초의 신고를 바로잡을 수 있다.

그런데도 원심은 이 사건 정산합의가 별도의 사후약정에 불과하여 구 국세기본법제45조의2 제1항 제1호의 경정청구사유에 해당하지 않는다는 등의 잘못된 전제에서, 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분이 적법하다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 구 국세기본법 제45조의2 제1항 제1호의 경정청구사유에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 

4. 대상 판결에 대하여 

가. 경정청구와 관련한 최근 대법원 판례의 경향 

대법원은 후발적 경정청구사유에 대해 상당히 넓게 인정해 주는 경향이 있는데(대법원 2014. 1. 29. 선고 2013두18810 판결, 대법원 2018. 5. 15. 선고 2018두30471 판결 등), 아래 판결에서 보는 바와 같이 일반 경청청구에 대해서도 마찬가지 입장을 취하고 있는 것으로 보인다. 

대법원 2018. 6. 15. 선고 2017두73068 판결은 종합부동산세 납세의무자가 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출한 것이 아니라 합산배제 대상주택 보유현황 신고서를 제출한 사안에서, ‘구 종합부동산세법(2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것)은 과세관청이 납세의무자가 보유한 주택 중 종합부동산세의 과세표준 합산대상에 포함되지 않는 주택(이하 ‘합산배제 대상주택’이라고 한다)을 파악하여 정당한 세액의 종합부동산세를 부과할 수 있도록 합산배제 대상주택을 보유한 납세의무자에게 당해 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 납세지 관할세무서장에게 당해 주택의 보유현황을 신고(이하 ‘합산배제신고’라고 한다)할 의무를 부과하고 있다(제8조 제3항).

이와 같이 납세의무자의 합산배제신고는 과세관청이 정당한 세액의 종합부동산세를 부과하기 위하여 반드시 필요한 것으로서, 그 신고서 제출이 이루어지면 과세관청은 국토교통부장관 등으로부터 이미 제공받은 과세자료 등에 그 신고의 내용을 반영하여 비로소 정당한 종합부동산세 과세표준과 세액을 산출할 수 있게 된다. 이에 따라 부과된 종합부동산세에 이의가 없는 경우 납세의무자는 이를 그대로 납부하는 것이고, 단지 그 선택에 따라 합산배제신고를 하지 않고 있다가 신고납부방식으로 종합부동산세를 납부할 수도 있는 것이다. 이렇듯 종합부동산세의 경우 납세의무자가 합산배제신고를 하게 되면, 과세관청이 특별한 사정이 없는 한 이러한 신고의 내용과 시장 등으로 부터 제공받은 과세자료 등을 토대로 납부하여야 할 세액을 그대로 산정할 수 있게 된다.

이러한 종합부동산세법의 제정 및 개정 경위, 종합부동산세 관련 규정의 체계 및 내용에 비추어 보면, 과세관청이 정당한 세액을 특정할 수 있도록 구 종합부동산세법 제8조 제3항에서 정한 법정신고기한까지 합산배제신고서를 제출한 납세의무자는 합산배제신고를 하지 않고 종합부동산세가 부과된 이후 합산배제 대상주택을 반영하여 종합부동산세를 신고납부한 납세의무자와 마찬가지로 구 국세기본법 제45조의2 제1항 본문에 따른 통상의 경정청구를 할 수 있다고 봄이 타당하다.‘라고 판시하였다. 

나. 대상 판결의 의의 

소득세법상 양도소득금액 산정시 ‘양도소득의 총수입금액’이 양도재산의 객관적인 가액을 가리키는 것이 아니라, 현실의 수입금액을 가리키는 것이므로, 부동산을 매매계약에 의하여 양도한 경우 당초 약정된 매매대금을 어떤 사정으로 일부 감액하기로 하였다면 그 총수입금액, 즉, 양도가액은 당초의 약정대금이 아니라 감액된 대금이라는 것이 대법원의 확립된 판례이다(대법원 1982. 7. 27. 선고 81누415 판결, 대법원 2010. 10. 14. 선고 2010두7970 판결 등 참조). 

한편, 일반적 경정청구를 규정한 국세기본법 제45조의2 제1항 제1호에 따라 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때에는 5년(대상 판결 사안 당시는 3년) 내에 신고한 과세표준 및 세액의 경정 등을 청구할 수 있다. 또한 후발적 경정청구를 규정한 국세기본법 제45조의2 제2항에 따르면 납세자는 판결이나 계약해제 등 후발적 경정청구사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 내에 경정청구를 할 수 있다. 문제는 일반적 경정청구기간인 5년 내에 후발적 경정청구사유가 발생하였는데, 납세자가 후발적 경정청구기간인 3개월이 경과한 후에 아직 일반적 경정청구기간이 남아 있다는 이유로 후발적 경정청구가 아닌 일반적 경정청구를 할 수 있는지 여부이다. 

대상 판결 사안의 경우 원고의 주식양도소득금액은 사후 정산합의에 따라 일부 감액되었고, 이에 따라 이미 신고납부한 양도소득세 및 증권거래세의 과세표준은 과다신고한 결과가 되었다. 이는 계약의 일부 해제로서 후발적 경정청구사유에 해당된다. 그런데, 원고는 후발적 경정청구기간 내에 경정청구를 하지 못하고 그 기간이 지난 시점에 일반적 경정청구를 하였던 것이다. 대상 판결은 이와 같이 일반적 경정청구기간이 경과하지 아니하였으면, 납세자가 후발적 경정청구기간을 준수하지 못하였다고 하더라도 일반적 경정청구를 할 수 있다고 판시한 것이다. 납세자의 권리구제를 도모한다는 경정청구제도의 취지를 고려할 때 타당한 결론이다. 

한편, 대주주의 지분을 양도하는 M&A 거래에서는 종종 주식을 양도한 이후 2-3년의 기간 동안 해당 법인의 당기순이익이나 주식가치가 일정 정도를 초과하지 못하는 경우 양도인이 양수인에게 투자수익을 보장해 준다는 투자수익 보장약정을 한다. 이때 그 방식으로 ① 약정기간 동안 하락한 주식가치만큼을 양도인이 현금으로 보전해 주는 방식과 ② 위 사안과 같이 양도인이 당초의 양도대금에 약정된 투자수익금을 가산한 금액으로 재매수(환매)하는 방식이 실무상 많이 사용되고 있다. ①방식에 따르면 당초의 양도대금이 감액된 것이므로 양도인은 후발적 경정청구를 하여 그 감액된 대금에 해당하는 양도소득세를 환급받을 수 있다. 한편, ②방식에 따르면 당초의 매매계약은 그대로 유효하고, 양수인이 당초의 양도인에게 주식을 매매하는 별도의 거래가 성립하는 것이다(대법원 2015. 8. 27. 선고 2013두12652 판결). ②방식대로 하는 경우에는 양도인 뿐만 아니라 양수인도 재매매로 인한 양도차익에 대해 양도소득세를 부담하게 된다. 이와 같이 투자수익 보장약정을 어떤 방식으로 하느냐에 따라 거래당사자들에게 발생하는 조세부담이 달라지게 되므로, 이러한 거래를 할 경우 조세효과를 고려하여 거래방식을 신중하게 결정할 필요가 있다.

[유철형 변호사 프로필]

△ 법무법인(유한) 태평양 변호사
△ 행안부 고문변호사
△ 행안부 지방세예규심사위원회 위원
△ 기재부 세제실 국세예규심사위원회 위원
△ 서울지방변호사회 부회장
△ 전 국세청 고문변호사