1. 사실관계

가. 2006. 11. 13. 설립된 원고는 2011. 3. 31.경 본점 소재지를 인천 연수구 송도동 (주소 1 생략)(이하 ‘송도동 본점’이라 한다)에서 인천 남동구 구월동 (주소 2 생략)(이하 ‘구월동 본점’이라 한다)으로 이전한 후 2011. 4. 15. 본점 이전에 관한 법인등기를 마쳤다.

나. 원고는 경제자유구역개발사업의 시행자로서 2010. 5. 11. 구 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법(2013. 3. 23. 법률 제11690호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 경제자유구역법’이라 한다) 제9조에 따라 경제자유구역개발사업 실시계획을 승인받았는데, 위와 같이 본점 이전에 관한 법인등기를 마친 뒤인 2012. 2. 17.에 이르러서야 구 주택법(2013. 3. 23. 법률 제11690호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제9조에 따른 주택건설사업 등록을 하였다.

다. 피고는, 원고의 본점이 수도권정비계획법 제6조 및 구 수도권정비계획법 시행령(2017. 6. 20. 대통령령 제28137호로 개정되기 전의 것) 제9조 [별표1]에 따른 과밀억제권역(이하 ‘대도시’라 한다) 밖에 있는 송도동 본점에서 대도시 내인 구월동 본점으로 이전되었다는 등의 이유를 들어, 원고에게 구 지방세법(2013. 1. 1. 법률 제11617호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제28조 제2항의 중과세율을 적용한 등록면허세(가산세 포함) 등을 부과하였고, 조세심판원의 결정을 거쳐 당초의 부과세액이 일부 감액경정되었다(이하 감액되고 남은 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).

2. 이 사건의 쟁점

이 사건의 쟁점은 ① 경제자유구역개발사업 실시계획의 승인을 받았을 뿐만 아니라 주택건설사업 등록에 필요한 요건을 갖추었다면, 실제 주택건설사업의 등록을 마치지 않았더라도 대도시 중과세 제외 업종에 해당하는지, ② 구 지방세법 제28조 제2항 제2호는 대도시 밖에 있는 법인의 본점이나 주사무소를 대도시로 전입함에 따른 등기를 하는 경우에 법인의 설립에 관한 세율을 기초로 등록면허세를 중과하도록 하고 있는데, 이때 같은 법 제30조 제2항에 의하여 종전 법인설립 및 증자에 관한 법인등기 당시 이미 납부했던 등록면허세의 세액만큼 공제하여야 하는지 여부이다.

3. 대상 판결의 요지(대법원 2019. 1. 10. 선고 2017두31538 판결)

가. 관련 규정

1) 등록면허세 과세대상인 등록에 대한 세율을 정하고 있는 구 지방세법 제28조는, 제2항 제2호에서 대도시 밖에 있는 법인의 본점이나 주사무소를 대도시로 전입함에 따른 등기에 대하여 세율을 적용함에 있어, 그 전입을 법인의 설립으로 보아 법인설립에 관한 세율을 기초로 중과세율을 적용하도록 하고 있다. 이때 일반적인 본점 또는 주사무소의 이전에 관한 법인등기 세율인 건당 75,000원(제1항 제6호 라목) 대신, 영리법인을 설립한 경우에 적용되는 세율인 ‘불입한 주식금액이나 출자금액 또는 현금 외의 출자가액의 1천분의 4’(제1항 제6호 가목)의 100분의 300이 적용된다.

2) 다만, 대도시에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 대도시 중과 제외 업종에 대하여는 중과세율이 배제되나(제2항 단서), 대도시 중과 제외 업종으로 법인등기를 한 법인이라도 업종의 변경 내지 추가 등에 따라 중과세율이 적용될 수 있는데(제3항), 대도시 중과세 제외 업종 중 하나가 구 주택법 제9조에 따라 국토해양부에 등록된 주택건설사업이다[구 지방세법 시행령(2013. 3. 23. 대통령령 제24425호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제44조, 제26조 제1항 제3호]. 그런데 구 경제자유구역법 제11조 제1항 제39호는, 개발사업시행자가 제9조에 따라 경제자유구역개발사업 실시계획의 승인을 받으면, 구 주택법 제16조에 따른 사업계획의 승인을 받은 것으로 보도록 하고 있다.

3) 한편, 등록면허세의 신고 및 납부에 관하여 정하고 있는 구 지방세법 제30조는 ‘등록을 하려는 자는 제27조에 따른 과세표준에 제28조에 따른 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 등록을 하기 전까지 신고하고 납부’하도록 하면서(제1항), ‘등록면허세 과세물건을 등록한 후에 해당 과세물건이 제28조 제2항에 따른 세율의 적용대상이 되었을 때에는 대통령령으로 정하는 날부터 30일 이내에 제28조 제2항에 따른 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액(가산세는 제외한다)을 공제한 금액을 세액으로 하여 신고하고 납부’하도록 하고 있다(제2항).

나. 원고의 상고이유에 관하여

원심은, ① 구 경제자유구역법 제9조에 따른 경제자유구역개발사업 실시계획 승인을 받음으로써 같은 법 제11조 제1항 제39호에 따라 구 주택법 제16조의 사업계획 승인을 받은 것으로 의제된다고 하더라도, 구 주택법의 규정 체계 등 그 판시와 같은 사정을 고려하면, 대도시 중과세 제외 업종인 구 주택법 제9조의 주택건설사업 등록을 한 것으로 볼 수 없고, ② 설령 원고가 본점 이전 당시 구 주택법 제9조의 주택건설사업등록에 필요한 요건을 모두 갖추고 있었다고 하더라도, 실제로 국토해양부에 주택건설사업 등록을 하지 않은 이상, 그와 같은 사정만으로 구 지방세법 시행령 제26조 제1항 제3호에서 규정한 바와 같이 주택건설사업을 국토해양부에 등록한 것과 동등하게 평가할 수 없다는 취지로 판단하였다. 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단은 정당하고, 거기에 상고이유 주장과 같이 인허가 의제에 관한 법리, 등록면허세 중과요건에 관한 법리 등을 오해한 위법이 없다.

다. 피고의 상고이유에 관하여

(1) 원심의 판단

1) 구 지방세법 제28조 제2항 제2호는 대도시 밖에 있는 법인의 본점 등을 대도시로 전입하는 경우에도 이를 법인의 설립으로 의제하여 등록면허세를 중과하도록 규정하는 것이다. 그런데 원래 법인에 대한 등록면허세는 그 성격상 법인의 설립이나 자본 또는 출자 증가를 과세요건으로 하는 것이므로, 대도시 밖에 본점 등을 가지고 있던 기존 법인이 대도시로 이전하는 것에 대하여 구 지방세법 제28조 제2항 제2호에 따라 법인의 설립에 해당하는 등록면허세를 또다시 납부하도록 하면 그 전에 대도시 밖에서 법인을 설립하거나 자본을 증가하면서 이미 납부한 등록면허세액에 관하여 이중납부의 문제가 생길 수 있다. 이에 구 지방세법 제30조 제2항은 법인의 대도시 이전의 경우에는 그 전에 이미 납부한 등록면허세를 공제하도록 하는 규정이다.

2) 원고는 2006년 설립 당시 자본금과 그 이후 자본금 증가분에 대하여 일반 표준세율(0.4%)로 산정된 등록면허세를 모두 납부하였는데, 이 사건 처분의 세액 산정에서 그와 같이 이미 납부된 등록면허세가 공제되지 아니하였으므로, 이를 포함해 세액을 산정한 이 사건 처분은 공제액의 범위 내에서 위법하다.

(2) 대법원의 판단

1) 법인을 설립하고 자본을 증가할 당시 그러한 법인설립 및 자본증가에 관한 법인등기에 대하여 등록면허세를 납부한 후, 그 법인의 본점을 대도시로 전입함에 따라 그러한 본점 이전에 관한 법인등기에 대하여 구 지방세법 제28조 제2항 제2호에 의해 법인설립에 관한 세율을 기초로 중과세율을 적용하여 등록면허세를 납부하게 되었다고 하더라도, 구 지방세법 제30조 제2항의 규정 등을 들어 ‘법인설립 및 자본증가에 관한 종전의 법인등기에 대하여 이미 납부한 등록면허세의 세액’을 ‘그 후 이루어진 본점 이전에 관한 법인등기에 대하여 중과세율을 적용한 등록면허세의 세액’에서 공제할 수는 없다. 그 이유는 다음과 같다.

가) 원고가 법인설립 및 증자 당시 그에 관한 법인등기에 대하여 이미 납부한 등록면허세와, 이 사건에서 원고가 본점을 대도시 밖에서 대도시로 전입하면서 본점 이전이라는 법인등기에 대하여 납부하여야 하는 등록면허세는 아래에서 보는 바와 같이 그 과세대상을 달리한다.

① 구 지방세법 제23조 제1호 등에 의하면, 등록면허세는 취득을 원인으로 이루어지는 등기 또는 등록을 제외한 재산권과 그 밖의 권리의 설정․변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기하거나 등록하는 경우에 등기 또는 등록이라는 단순한 사실의 존재를 과세대상으로 하여 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과하는 세금이다(대법원 2002. 6. 28. 선고 2000두7896 판결, 대법원 2018. 4. 10. 선고 2017두35684 판결 등 참조).

② 구 지방세법 제28조 제1항은 각 호에서 각 등록면허세의 과세대상인 각 등록에 대한 일반적인 세율을 정하고 있는데, 제6호 가목은 영리법인의 설립 및 자본증가 등에 관하여, 라목은 본점 등의 이전에 관하여 별도로 규정하고 있다. 대도시의 인구집중 억제 및 환경보존 등을 위하여 마련된 구 지방세법 제28조 제2항과 제3항은 구 지방세법 제28조 제1항 각 호에서 들고 있는 각 등록면허세 과세대상 중 제6호 등에 규정한 등기에 대하여 중과세율을 적용하는 경우를 정하고 있을 뿐이다. 즉, 구 지방세법 제28조 제2항 제2호에서 ‘전입을 법인의 설립으로 보아 세율을 적용한다’는 의미는 등록면허세 중과세대상인 법인등기에 대하여 중과세제도의 취지에 부합하도록 그 세율의 적용에 관하여만 본점 등의 전입을 법인의 설립으로 보도록 하는 것이다(대법원 2013. 5. 9. 선고 2012두28940 판결 참조).

③ 따라서 구 지방세법 제28조 제2항 제2호의 규정에 따라 그 세율의 적용에 관하여는 본점 등의 전입을 법인의 설립으로 본다고 하더라도, ‘본점 이전에 관한 법인등기’가 ‘법인설립에 관한 법인등기’로 간주되거나 위 각 법인등기에 관한 등록면허세 과세대상이 동일한 것으로 간주되는 것이 아니다.

나) 등록면허세 신고 및 납부에 관한 구 지방세법 관련 규정들을 살펴보더라도, 구 지방세법 제30조 제2항은 하나의 등록면허세 과세대상에 대하여 이미 납부한 세금이 있을 경우 이를 공제하도록 하는 것임을 알 수 있다.

① 구 지방세법 제30조 제2항은, 등록면허세 과세물건을 등록한 후에 ‘해당 과세물건’이 사후적으로 구 지방세법 제28조 제2항에 따른 중과세율의 적용대상이 되었을 때에, 이를 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 등록면허세의 세액을 공제한 금액을 세액으로 하여 신고․납부하도록 규정하여, 하나의 등록면허세 과세대상을 전제로 하고 있다는 점이 문언에 나타나 있다.

② 구 지방세법 시행령 제48조는 등기 또는 등록 신청서를 등기․등록관서에 접수하는 날을 신고․납부의 기준일로 삼고 있다(제1항). 다만, 구 지방세법 제30조 제2항에 따라 이미 납부한 세액을 공제한 금액을 신고․납부할 경우에는 해당 사무소나 사업장이 사실상 설치된 날 또는 대도시 중과 제외 업종의 변경 내지 추가 등의 사유가 발생한 날을 신고․납부기한의 기산일로 삼고 있다(제2항). 이 역시, 등기․등록에 대하여 접수일을 기준으로 등록면허세를 신고․납부하는 것을 원칙으로 하되, 일정한 사정변경이 생겨 해당 과세대상인 등기가 중과세대상이 된 경우라면, 그때를 기산일로 한 기한 내에 단일한 과세대상인 등기에 대하여 추가적으로 납부하여야 하는 세액을 신고․납부하도록 하는 취지이다.

2) 그런데도 원심은, 원고가 설립 및 자본증가 당시 그에 관한 법인등기에 대하여 납부한 등록면허세의 세액을, 원고가 본점을 대도시로 전입함에 따른 본점 이전에 관한 법인등기에 대하여 납부하여야 하는 등록면허세의 세액에서 공제하여야 한다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 등록면허세의 과세대상 및 중과세 등에 대한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다.

4. 대상 판결에 대하여

가. 첫째 쟁점에 관하여

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다는 것이 대법원의 입장이다(대법원 2003. 1. 24 선고 2002두9537 판결, 대법원 2012. 11. 29. 선고 2010두4810 판결, 대법원 2014. 2. 13 선고 2012두20540 판결 등 참조).

구 지방세법 제28조 제2항 본문은 그 각 호의 등기에 대해 등록면허세 중과를 규정하면서 예외적으로 그 단서에 대도시 중과 제외 업종을 규정하고 있는데, 위 단서는 중과세에서 제외되는 업종에 대한 규정으로서 일종의 특혜규정이라고 할 수 있다. 대상 판결은 위 단서를 해석함에 있어서 조세법규 엄격해석의 원칙에 따라 판단하였다. 즉, 비록 구 경제자유구역법 제9조에 따른 경제자유구역개발사업 실시계획 승인으로 구 주택법 제16조의 주택건설사업 승인을 받은 것으로 의제되고 구 주택법 제9조의 주택건설사업등록에 필요한 요건을 모두 갖추고 있었다고 하더라도 실제로 구 주택법 제9조에 따라 국토해양부에 주택건설사업 등록을 하지 않았다면 구 지방세법 시행령 제26조 제1항 제3호의 “ 「주택법」제9조에 따라 국토해양부에 등록된 주택건설사업”에 해당되는 것으로 볼 수 없다고 판단하였다.

나. 둘째 쟁점에 관하여

구 지방세법 제28조 제2항 제2호는 법인의 본점이나 주사무소의 대도시로의 전입을 대도시 내에서의 법인의 설립으로 간주하고 중과세율을 적용하는 것으로 규정하고 있다. 또한 구 지방세법 제30조 제2항은 ‘등록면허세 과세물건을 등록한 후에 해당 과세물건이 제28조 제2항에 따른 세율의 적용대상이 되었을 때’ 이미 납부한 세액을 공제한 세액을 신고납부하도록 규정하고 있다. 즉, ‘해당 과세물건’이라고 함으로써 동일한 과세물건이 중과세 대상이 되었을 때 종전에 신고납부한 세액을 공제하도록 규정하고 있는 것이다.

대상 판결은 역시 조세법규 엄격해석의 원칙에 따라, 법인설립 및 증자 당시 그에 관한 법인등기에 대하여 이미 납부한 등록면허세와 본점을 대도시로 전입하면서 본점 이전이라는 법인등기에 대하여 납부하여야 하는 등록면허세는 그 과세대상을 달리한다고 보아 법인의 본점이나 주사무소의 대도시 내 전입시 중과세를 하는 경우에는 대도시 내로 전입 이전에 이미 납부한 법인 설립 및 자본증가에 관하여 납부한 등록면허세의 세액을 공제할 수 없다고 해석한 것이다.

[유철형 변호사 프로필]

△ 법무법인(유한) 태평양 변호사
△ 행안부 고문변호사
△ 행안부 지방세예규심사위원회 위원
△ 기재부 고문변호사
△ 대한변호사협회 부협회장
△ 전 기재부 세제실 국세예규심사위원회 위원
△ 전 국세청 고문변호사
△ (사)한국조세연구포럼 회장