1. 사실관계

가. 원고는 스위치 부품 등 전자집적회로 제조업을 영위하는 비상장 법인으로, 2009. 9. 25. 코스닥 상장법인인 주식회사 OO(이하 ‘소외 회사’라 한다)의 주주 박**, 최**, 정**으로부터 소외 회사의 주식 47만 주를 71억 원(1주당 15,106원)에 취득하면서, 박** 등과 사이에 경영권을 원고가 갖기로 하는 경영권양수도계약(이하 ‘이 사건 1차 양수도계약’이라 한다)을 체결하였다. 당시 박**는 1,500,000주 중 340,000주를 양도하여 1,160,000주를 보유하게 되었고, 그 무렵 최대주주였다.

나. 이후 소외 회사는 2009. 12. 23. 및 같은 해 12. 29. 1, 2차 일반공모 유상증자를 하였는데, 원고의 임원이었던 소외 1, 소외 2, 소외 3(이하 ‘이 사건 이사들’이라 한다)은 위 유상증자에 참여하여 합계 357,929주를 취득하였다.

다. 원고 및 이 사건 이사들은 2010. 3. 24. 소외 4와 사이에 원고가 보유하는 소외 회사의 주식 491,671주 및 이 사건 이사들이 보유하는 소외 회사의 주식 중 1/3인 114,829주 합계 606,500주를 소외 4에게 111억 원(1주당 18,391원)에 양도하고, 원고의 경영권도 소외 4에게 양도하기로 하는 계약(이하 ‘이 사건 2차 양수도계약’이라 한다)을 체결하였다.

라. 피고 중부지방국세청장은 2013. 6. 3. 원고에 대하여, 이 사건 2차 양수도계약 당시 소외 회사 주식의 시가는 2,300원이었는데, 이 사건 이사들은 위 주식을 1주당 18,391원에 양도하였는바, 원고가 이 사건 2차 양수도계약으로 특수관계인인 이 사건 이사들에게 원고가 받아야 할 경영권 프리미엄에 상당하는 이익을 분여하고 원고는 그 만큼 자신이 보유하고 있던 소외 회사 주식 및 경영권의 거래대가를 적게 수취한 것으로 보아 구 법인세법 제52조 및 같은 법 시행령 제88조 제1항의 부당행위계산부인 규정을 적용하여 이 사건 이사들에게 2010년 상여 1,837,493,658원의 소득처분을 함으로써 원고에게 그에 따른 소득금액 변동통지를 하였다.

마. 또한 피고 남인천세무서장은 2013. 6. 5. 원고에 대하여 위 라.항과 같은 취지로 원고가 이 사건 이사들에게 분여한 이익을 익금산입하여 원고의 2010 사업연도 법인세 및 가산세 690,698,240원을 증액하는 처분을 하였다(이하 위 소득금액 변동통지와 법인세 등 부과처분을 합하여 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).

2. 이 사건의 쟁점

이 사건의 쟁점은 특수관계 없는 자와의 거래를 통하여 특수관계인에게 이익을 분여한 것으로 보아 부당행위계산부인을 할 수 있는지 여부이다.

3. 대상 판결의 요지(대법원 2019. 5. 30. 선고 2016두54213 판결)

가. 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조에 정한 부당행위계산 부인이란, 법인이 특수관계에 있는 자와 거래할 때 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 구 법인세법 시행령(2010. 6. 8. 대통령령 제22184호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도이다. 이는 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2018. 10. 25. 선고 2016두39573 판결 등 참조).

위 시행령 제88조 제1항이 조세의 부담을 부당하게 감소시키는 것으로 인정되는 경우에 관하여 제1호 내지 제7호, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에서는 개별적․구체적인 행위유형을 규정하고, 그 제9호에서는 ‘그 밖에 제1호 내지 제7호, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우’라고 하여 개괄적인 행위유형을 규정하고 있으므로, 제9호의 의미는 제1호 내지 제7호, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에서 정한 거래행위 이외에 이에 준하는 행위로서 특수관계자에게 이익분여가 인정되는 경우를 의미한다(대법원 2006. 11. 10. 선고 2006두125 판결 등 참조).

한편 구 법인세법 제52조, 구 법인세법 시행령 제88조 제2항 본문에 의하면 위 시행령 제88조 제1항의 규정은 당해 법인과 특수관계자 간의 거래에 적용되는데, 여기에는 특수관계자 외의 자를 통하여 이루어진 거래가 포함된다.

나. 원심은 그 판시와 같은 이유를 들어 원고 회사와 원고 회사의 이사들인 이 사건 이사들은 원고 회사가 보유한 소외 회사 발행 주식 전부 및 소외 회사에 대한 경영권과 이 사건 이사들이 보유한 소외 회사 발행 주식 중 약 1/3에 해당하는 주식을 하나의 계약으로 일괄하여 111억 원에 소외 4에게 매도하고 위 돈을 지급받아 각자가 양도한 주식수의 비율대로 이를 나누어 가졌는데, 이 사건 이사들은 위 돈 중 경영권 프리미엄에 해당하는 부분을 분배받을 만한 경제적이고 합리적인 이유가 없으므로, 이 사건 이사들이 받은 돈 중 그들이 양도한 주식의 한국거래소 종가를 넘는 부분은 원고 회사가 특수관계자인 이 사건 이사들에게 원고 회사가 받아야 할 경영권 프리미엄 중 일부를 분여한 것이고, 위와 같은 행위는 구 법인세법 제52조, 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제9호가 정한 부당행위계산 부인의 대상이 된다고 판단하였다.

앞서 본 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단에 상고이유 주장과 같이 법인세법상 부당행위계산 부인 규정에서 말하는 시가, 경제적 합리성, 거래 등에 관한 법리를 오해하거나 판단을 누락한 잘못이 없다.

4. 대상 판결에 대하여

가. 제3자와의 거래를 통하여 특수관계인에게 이익을 분여한 것으로 볼 수 있는 근거

법인세법 시행령 제88조 제1항은 제1호부터 제9호까지 부당행위계산의 유형을 열거하고 있고, 제2항은 “제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계인 간의 거래(특수관계인 외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다.”라고 하여 특수관계인 외의 자와의 거래를 통하여 특수관계인에게 이익을 분여한 경우에도 부당행위계산부인 대상이 된다고 규정하고 있다.

대상 판결은 위 시행령 제88조 제2항을 근거로 하여 위와 같은 결론을 내리고 있다. 그러나 위 시행령 제88조 제2항은 모법인 법인세법 제52조 제1항에 아무런 근거 없이 과세범위를 확장한 규정으로서 위임입법의 원칙에 반하는 문제가 있다. 법인세법 제52조 제1항은 부당행위계산부인의 대상을 “납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산”이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.”라고 하여 특수관계인 사이의 거래로 한정하고 있다. 그럼에도 불구하고 위 시행령 제88조 제2항은 부당행위계산부인 대상을 특수관계가 없는 자와의 거래까지 포함하고 있는 것이다. 이는 모법의 위임 없이 과세대상을 확장한 규정에 해당된다는 점에서 문제가 있다.

특수관계 없는 자와의 거래를 통하여 특수관계인에게 이익을 분여하는 결과를 가져온 경우 그 이익분여에 대해 부당행위계산부인 규정을 적용하려면 위 시행령 제88조 제2항이 아니라 실질과세원칙을 적용하는 것이 타당하다. 국세기본법 제14조 제3항은 “제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.”고 규정하고 있다.

대상 판결의 결론에 따르면, 이 사건 2차 양수도계약시 원고와 이 사건 이사들이 보유한 주식 합계 606,500주를 소외 4에게 합계금 111억 원에 양도하였는데, 이 사건 이사들 보유 주식은 경영권과 관계가 없으므로 이 사건 이사들이 지급받은 양도대가 중 경영권 프리미엄에 상당하는 가액(소회 회사가 상장법인이므로 한국거래소 종가를 초과하는 가액)은 원고가 지급받을 가액을 이 사건 이사들에게 분여하였다는 것이다. 특수관계가 있는 원고와 이 사건 이사들 사이에 직접적인 거래는 없었지만, 원고는 특수관계 없는 소외 4와의 거래를 통하여 이 사건 이사들에게 이익을 분여한 것이 된다.

그렇다면, 대상 판결 사안의 경우 국세기본법 제14조 제3항에 따라 원고가 특수관계 없는 소외 4를 통한 간접적인 방법 내지 우회거래를 이용하여 특수관계인인 이 사건 이사들에게 이익을 분여한 것이라고 보는 것이 논리적이다. 즉, 원고와 이 사건 이사들 사이의 이익분여에 대한 과세의 근거는 법인세법 시행령 제88조 제2항이 아니라, 실질과세의 원칙에 관한 국세기본법 제14조 제3항으로 보는 것이 타당하다.

나. 관련 판결

대상 판결은 법인세법 시행령 제88조 제1항 제9호의 의미와 관련하여 대법원 2006. 11. 10. 선고 2006두125 판결을 들고 있는데, 이 판결은 아래에서 보는 바와 같이 위 제9호의 의미를 밝힌 판결은 아니다.

위 2006두125 판결은 특수관계에 있는 계열사를 위하여 아무런 대가나 경제적 이익을 받지 아니한 채 채무보증을 한 후, 기업개선작업(work-out) 대상기업으로 승인을 받으면서 채권금융기관협의회와 체결한 기업개선작업약정에서 보증채무액의 50%를 변제할 경우 나머지 50%의 보증채무를 면제해 주기로 함에 따라 보증채무의 이행으로 합계 531억여 원을 대위변제하였으나, 해당 계열사에 대하여 진행된 회사정리절차에서 대위변제로 취득한 구상채권을 전액 면제하기로 하는 내용의 정리계획이 확정됨에 따라 더 이상 구상권을 행사할 수 없게 됨으로써 대위변제금이 전액 손실로 남게 된 사안에서, ‘채무보증의 경위 및 내용, 대위변제로 인하여 원고가 얻게 된 이익과 구상채권의 소멸로 인하여 원고가 입게 된 손실의 정도, 특히 원고가 자신의 사업목적과는 무관하게 단지 계열회사라는 이유만으로 아무런 대가나 경제적 이익도 받지 아니한 채 자신의 자본총액을 초과하여 채무보증을 했던 점 등에 비추어 보면, 비록 원고가 대위변제를 한 것은 채권단과 사이에 체결한 기업개선작업약정에 따른 것으로서 원고 회사의 존속과 소생을 위한 것이었고, 이로 인해 50% 상당의 보증채무를 면하게 되는 이익을 얻었다는 사정을 감안하더라도, 채무보증 및 이에 따른 대위변제 등 일련의 행위는 경제적 합리성이 결여된 비정상적인 행위로서 법 제52조, 법 시행령 제88조 제9호 소정의 부당행위계산부인의 대상에 해당한다고 봄이 상당하다.’고 한 판결이다.

제3자를 통한 거래에 대해 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 있는지 여부에 관하여는 아래와 같은 판결들이 있다.

대법원 2014. 4. 10. 선고 2013두20127 판결은 A법인과 특수관계에 있는 B건설회사가 특수관계 없는 시행사로부터 아파트와 호텔 공사대금을 지급받지 못하고 있는 상황에서 A법인이 시행사로부터 그 아파트와 호텔을 분양받고 분양대금을 납부하자, 시행사가 그 분양대금으로 B건설회사에 대한 공사대금채무를 변제하였는데, 과세관청이 이를 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제2호, 제9호에 해당하는 부당행위계산부인 대상으로 보아 과세한 사안에서, ‘분양계약 당시를 기준으로 할 때 원고가 매입한 ○○아파트와 호텔은 임직원들을 위한 복리후생시설이나 연수시설로 사용될 수 있어서 이를 보유하지 못하였을 경우와 비교하여 그에 관한 비용을 절감함으로써 수익에 기여할 가능성이 없었다고 할 수 없고 이 사건 호텔의 운용수익이나 시세차익을 기대하는 것이 전혀 불합리하다고 볼 수 없으며, 시행사들이 원고로부터 지급받은 분양대금을 반드시 B건설회사에 지급하게 될 것으로 단정할 수도 없으므로, 원고가 매입한 ○○아파트와 호텔을 원고의 수익과 전혀 관련이 없는 자산에 해당한다거나 원고의 매입행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 행위라고 할 수 없고, 설령 원고와 특수관계에 있는 B건설회사가 원고가 지급한 분양대금을 재원으로 하여 공사대금채권을 변제받음으로써 결과적으로 경제적인 이익을 얻었고 분양계약 이후에 원고의 예상과 다른 사정이 일부 발생하였다고 하더라도 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제2호, 제9호를 적용하여 원고가 무수익 자산을 매입하거나 이에 준하는 행위를 함으로써 우회적으로 특수관계에 있는 B건설회사에 이익분여행위를 한 것으로 볼 수도 없다.’고 판시하였다.

또한 대법원 2018. 3. 15. 선고 2017두63887 판결은 카지노업 등을 영위하는 갑 주식회사가 ‘을 관광개발공사 정상화 유도를 통한 지역경제 활성화 기여’를 지정기탁사유로 150억 원의 기부금을 병 지방자치단체에 지급하였고, 을 공사가 병 지방자치단체로부터 위 기부금을 교부받아 운영자금으로 사용하였는데, 갑 회사가 위 기부금이 지방자치단체에 무상으로 기증하는 금품에 해당한다고 보아 해당 사업연도의 손금에 산입한 후 법인세를 신고ㆍ납부하자, 과세관청이 갑 회사가 특수관계인의 지위에 있는 을 공사에 제3자인 병 지방자치단체를 통하여 우회지원을 한 것이므로 법인세법 제52조의 부당행위계산부인 규정을 적용하여 위 기부금 전액을 손금불산입하여 갑 회사에 법인세 부과처분을 한 사안에서, ‘위 기부금은 손금산입이 허용되는 법정기부금에 해당하고, 갑 회사의 기부행위와 병 지방자치단체의 자금지원행위를 하나의 행위 또는 거래라고 섣불리 단정하여 과세대상으로 삼아서는 아니 된다’고 판시하였다.

위 사안에서 기부금의 출연 당사자와 기부금의 사용에 관여한 갑 회사와 병 지방자치단체, 을 공사는 모두 법인세법상 특수관계인이다. 갑 회사는 위 기부금을 을 공사에 직접 대여하거나 무상 증여할 수 있음에도 불구하고 업무상 배임이 문제되자 중간에 병 지방자치단체를 통해 법정기부금 형식으로 출연하였고, 병 지방자치단체는 이를 그대로 을 공사에 지급하여 운영자금으로 사용하게 하였다. 이를 통해 갑 회사는 위 기부금을 법정기부금으로 손금산입함으로써 법인세를 줄일 수 있었다. 위 기부금 거래에 있어서 병 지방자치단체는 도관에 불과하고, 갑 회사와 을 공사가 위 기부금의 직접적인 당사자라고 할 것이다. 갑 회사는 병 지방자치단체를 통하여 법정기부금 형식으로 위 기부금을 지출하였으나, 그 실질은 갑 회사의 을 공사에 대한 우회적인 운영자금 지원이라고 할 것이다. 그렇다면, 국세기본법 제14조 제3항과 법인세법 제52조에 따라 위 기부금의 손금산입을 부인한 처분은 적법한 처분이라는 점에서 위 2017두63887 판결은 문제가 있다.

다. 대상 판결의 의미

대상 판결은 법인세법 시행령 제88조 제1항 제9호를 적용하여 부당행위계산부인을 긍정한 사례로서 의미가 있다. 대상 판결은 특수관계 없는 제3자를 통한 특수관계인 사이의 이익분여에 관한 사안이고, 법인세법 시행령 제88조 제2항은 위 가.항에서 본 바와 같이 문제가 있으므로 국세기본법 제14조 제3항을 과세근거로 하는 것이 논리적으로 타당하다. 한편, 이 사건 2차 양수도계약 당시 매수인인 소외 4가 원고 보유 주식만 매수하는 경우와 이 사건 이사들 보유주식까지 매수하는 경우에 매수가격에 차이를 두었을 것인지 여부에 대해 심리하여 어느 경우이든 매수가격에 차이를 두지 않았을 것이라면 부당행위게산부인 대상으로 삼기 어려웠을 것이다.

[유철형 변호사 프로필]

△ 법무법인(유한) 태평양 변호사
△ 행안부 고문변호사
△ 행안부 지방세예규심사위원회 위원
△ 기재부 고문변호사
△ 대한변호사협회 부협회장
△ 전 기재부 세제실 국세예규심사위원회 위원
△ 전 국세청 고문변호사
△ (사)한국조세연구포럼 회장