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국세청의 꼼꼼한 ’R&D세액공제 사후검증’…중소기업들, “연구에만 전념할 수 있나요”

채흥기 기자l승인2019.09.18 10:11:01

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인력수급 어려운 중소기업들, “영업지원 등 ‘1인다역’은 필수…탄력적 운용 필요”
 

▲ 사진은 경기도 소재 기업연구소 모습. 기사와 특별한 관련은 없습니다.

경기불황과 한일경제전쟁 등 중소기업들의 어려움이 가중되면서 국세청이 전방위적으로 세정지원을 펼치고 있는 가운데 기업현장에서는 그간 중소기업들의 애로사항으로 꼽혀왔던 연구소 전담인력에 대한 문제를 시급히 개선해야 한다는 목소리가 나오고 있다.

현행법은 중소기업들이 기업내 연구 전담부서를 두고 연구개발에 투자할 경우 많은 금액의 세액공제혜택을 주고 있어 법인들이 앞 다퉈 부설 연구소를 설립해 운영하고 있다. 실제로 경기도에서 사업 중인 한 중소기업은 제법 큰 금액을 연구개발에 투자해 3년 동안 법인세를 한 푼도 내지 않는 경우도 있다.

중소기업의 당기에 발생한 연구인력개발비 공제율은 25%로 매우 높은 편이다. 예를 들어 한 중소기업의 연구개발비가 1억원이라면 2500만원의 법인세를 절감할 수 있다.

상황이 이렇다보니 세무대리를 하는 세무사나 회계사들은 중소기업들에 세액공제 혜택이 크므로 부설연구소 설립을 적극 추천 자문하고 있다.

하지만 부작용도 있다. 형식적인 부설연구소를 설립해 운영하여 세액공제를 받다가 적발되어 공제받은 세액을 다시 토해내는 경우도 종종 발생하고 있는 것. 실제로 국세청은 해마다 연구인력개발비 세액공제 신고대상 금액의 적정성 여부에 대해 꼼꼼한 사후검증을 하고 있다.

연구원이 연구에만 전담하는 규모가 큰 대기업의 경우는 별 문제가 없으나 중소기업의 경우 인원이 적어 ‘1인 다역’을 해야 하는 현실에서 연구에만 전념할 수 없어 법과 현실사이에서 줄타기를 할 수밖에 없는 실정인 것이다.

현행 제도상 연구전담인력은 연구 외 일반사무나 영업지원 등 행위를 할 수가 없으며 만일 이러한 행위를 할 경우 세액공제를 받을 수 없다.

제도가 이렇다보니 적은 인력으로 기업을 이끌어가는 중소기업들은 이를 지키지 못하는 것이 현실이다. 기업형편상 연구원이 1인다역을 해야 하는 상황에서 일례로 기업이 해외전시회에 참가할 경우 연구인력을 파견해 사실상 영업지원을 할 수밖에 없기 때문이다.

여의도에서 중소기업을 하고 있는 C 대표는, “우리 회사는 거의 수출에 의존하는 기업으로 연구원들은 해외전시회 참가나 바이어들과 미팅시 함께 영업지원을 했었다. 대부분 중소기업들이 이렇게 한다. 만약 규정대로 한다면 거의 연구소를 닫아야 할 것”이라고 말했다.

이 문제에 해박한 한 세무대리인은 “중소기업들은 대부분 소규모 법인으로 부설연구소가 있는 경우 연구 전담 인력으로만 활용할 수 없는 것이 현실이다. 일반사무 업무도 하고, 영업지원을 위해 해외 출장도 가는 것이 다반사다. 대기업의 경우는 문제가 없지만 중소기업의 경우 연구 인력의 탄력적인 운용이 필요하다 것이 대부분 중소기업들의 호소다. 특히 세액공제에 대한 것들이 애매한 부분들이 있어 좀 더 명확한 법 개정이 필요하다”고 지적했다.

또 경기도에서 세무대리 업무를 하고 있는 한 세무사는 “현장 중소기업들은 전담 연구 인력의 운용에 대해 고민을 많이 하고 이를 개선해야 한다는 목소리가 많다. 또한 사실상 연구에만 전념하지 못하고 일반사무나 영업지원 등 할 수밖에 없는 실정”이라면서 “특히 기술적인 문제에 있어서는 바이어에게 직접 설명할 필요가 있다. 물론 이는 영업지원의 한 방법이기는 하지만, 이러한 활동에 대해서는 제도개선이 필요한 부분”이라고 촉구했다.

이처럼 중소기업들의 경우 연구인력 부분에 대한 개선 목소리와는 달리 중견 이상 기업들은 연구 전담 인력이 연구에만 전념하는 것에 대해 특별히 불편해 하지 않는 것으로 전해진다.

경기도의 한 코스닥기업업체 D사의 C 대표는 “우리의 경우 기계를 만들고 있는데, 연구소의 연구 전담인력은 연구만 전담하고 있다. 제도 운용에 불만이 없이 잘 이행되고 있다”고 밝혔다.

한편, 연구인력개발비 세액공제는 연구개발을 위한 정부출연금은 제외되며, 독립된 공간의 기업부설연구소, 연구개발전담부서를 설치해야 하고 연구개발을 전담하는 연구원이 있어야 한다. 또한 다른 업무를 일체 수행하지 못하도록 하고 있다.

더불어 물적‧인적 요건을 갖춘 후 한국산업기술진흥협회에 신청을 해 인증서를 발급 받은 연구개발비만 세액공제 대상이다.

인건비의 경우 연구개발과 관련이 없는 연구개발 인력과 행정관리인력은 인건비에서 제외해야 되며 외부에서 위탁받은 연구에 들어가는 비용 또한 세액공제를 받을 수 없다. 연구 인력개발의 인건비 중 퇴직금, 복리후생비, 출장비, 여비교통비, 회의비도 제외된다. 하지만 연구용으로 사용하는 재료비, 부품, 견본품의 구입비와 콘텐츠 분야의 창작용 소프트웨어 등은 재료비에 추가된다.

다른 세액공제 또는 세액감면과 중복해서 공제가 가능하고 수도권 배제 규정은 없으며, 일반세액 공제의 경우는 20%의 농어촌특별세를 내야 하지만 연구개발비는 내지 않아도 된다.

아울러 공제받지 못한 대부분의 세액공제는 5년간 이월 공제되나 2016년 이후 발생된 창업초기(설립일로부터 5년 이내)의 중소기업에 대해서는 연구 인력개발비 세액공제가 10년간, 중소기업투자세액공제는 7년간(2014년 투자분부터) 이월공 제되고, 2020년 귀속부터 시행규칙에서 정하는 연구계획서, 연구보고서, 연구노트(신성장기술)를 작성해 세액공제 신청 시 제출해야 한다.


채흥기 기자  chai9207@hanmail.net

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