1. 사실관계

가. 원고는 지방자치단체의 공무원 등에 대한 효율적인 공제제도를 확립․운영함으로써 이들의 생활안정과 복리증진을 도모하기 위해 대한지방행정공제회법에 따라 설립된 비영리 내국법인(이하 ‘비영리법인’이라고 한다)이다.

나. 원고는 회원들로부터 수취한 퇴직급여 부담금, 한아름목돈예탁급여 부담금 등을 재원으로 각종 금융상품이나 부동산 등에 투자하고 이로써 얻는 수익으로 회원들에게 일정한 사유가 발생한 경우 회원들이 납부한 부담금에 원고의 정관 등에서 정한 지급기준에 따른 부가금을 합한 금액을 퇴직급여, 한아름목돈예탁급여 등으로 지급하는 급여사업을 하여 왔다. 그 구체적 내용은 다음과 같다.

1) 퇴직급여의 경우, 원고의 회원은 100구좌 이내에서 구좌 수를 선택하여 1구좌당 매월 10,000원의 비율로 산정한 부담금을 납부할 의무를 부담한다. 회원이 퇴직 등을 하면 그동안 납부한 부담금에 퇴직급여율 등에 따라 계산한 부가금을 더한 퇴직급여를 지급받게 된다.

2) 한아름목돈예탁급여의 경우, 원고의 회원이거나 회원이었다가 퇴직한 자는 5억 원 이내에서 100만 원 단위로 정한 부담금을 일시에 납부하고, 만기 등이 되면 납부한 부담금에 일정한 지급률에 따라 산정한 부가금을 더한 한아름목돈예탁급여를 지급받게 된다.

다. 원고는 2010 사업연도 손익계산서상 고유목적사업준비금 전입액 240,392,668,398원(= 퇴직급여준비금 205,504,862,880원 + 한아름목돈예탁급여준비금 30,443,295,340원 + 제급여준비금 4,444,510,178원)을 계상하고, 그중 고유목적사업준비금 한도액 239,180,777,128원을 초과하는 1,211,891,270원을 손금불산입하여 피고에게 법인세를 신고․납부하였다.

라. 원고는 2014. 3. 27. 피고에게, 위 고유목적사업준비금 전입액 중 위 퇴직급여준비금 및 한아름목돈예탁급여준비금 합계 235,948,158,220원(이하 ‘이 사건 부가금’이라고 한다)은 수익사업의 손금(이자비용)으로 산입하고 나머지 제급여준비금 4,444,510,178원만 고유목적사업준비금으로 계상하는 것으로 고유목적사업준비금조정명세서를 수정한 후 제급여준비금은 고유목적사업준비금 한도액의 범위 내에 있으므로 이를 전액 손금산입하여야 한다는 이유로, 당초 2010 사업연도 법인세 신고 시 고유목적사업준비금 한도초과액으로 손금불산입 신고한 부분인 1,211,891,270원을 손금으로 인정하여 2010 사업연도 법인세 등 374,972,628원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였다.

마. 피고는 2014. 5. 15. ‘비영리법인인 원고가 그 설립목적에 따라 회원들을 위해 영위하는 공제사업은 수익사업에 해당하지 아니하고, 고유목적사업 부문에서 지출한 비용인 부가금은 수익사업 부문의 손금으로 처리할 수 없다’는 이유로 원고의 위 경정청구를 거부(이하 ‘이 사건 거부처분’이라고 한다)하였다.

2. 이 사건의 쟁점

이 사건의 쟁점은 비영리법인이 고유목적사업과 관련하여 지출한 부가금을 이자비용으로서 직접 수익사업의 손금으로 산입하는 것이 허용되는지 여부이다.

3. 원심 판결의 요지(서울고등법원 2017. 11. 23. 선고 2017누60859 판결)

원심은, 비영리법인이 회원들로부터 수취한 부담금에 이를 재원으로 한 수익사업에서 발생한 운용수익으로 해당 회원의 부담금, 납입기간, 약정이율에 따라 계산된 부가금을 더하여 지급하는 경우 그 부가금이 이자비용으로 인정된다면 그 이자비용을 그 수익사업에 관한 손금으로 산입할 수 있다고 전제한 다음, 다음과 같은 사정에 비추어 볼 때, 이 사건 부가금은 이자비용으로서 원고의 수익사업에 관한 손금으로 산입할 수 있다는 이유로 이와 다른 전제의 이 사건 거부처분이 위법하다고 판단하였다.

1) 원고는 회원이 부담금을 예치한 데 대한 대가로서 그 운용실적과 관계없이 사전 약정에 따라 그 부담금에 일정한 지급률에 의하여 산정한 금액을 이 사건 부가금으로 설정하였으므로, 이 사건 부가금의 지급은 차입금에 대한 이자의 지급과 본질적으로 유사하다.

2) 이 사건 부가금은 금전의 사용에 따른 대가로서 지급받는 회원들의 입장에서는 소득세법상 이자소득세의 과세대상이 되므로, 이를 지출하는 원고의 입장에서는 이자비용에 해당한다고 보는 것이 논리적이다.

3) 원고가 회원으로부터 부담금을 예치받아 이를 각종 금융기관과 부동산 등에 투자하여 얻는 수익금으로 부가금을 지급하는 운용방식을 취하고 있는데, 이와 같은 운용방식은 은행 기타 다른 금융기관의 운용방식과 별로 다를 바 없다.

4. 대상 판결의 요지(대법원 2020. 5. 28. 선고 2018두32330 판결)

가. 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조는 제1항에서 비영리법인에 대하여는 ‘각 사업연도의 소득’ 및 ‘토지 등 양도소득’에 대하여만 법인세를 부과한다고 규정하고 있고, 제3항에서 비영리법인의 각 사업연도 소득은 그 각 호의 사업 또는 수입(이하 ‘수익사업’이라고 한다)에서 생기는 소득으로 한다고 규정하고 있다. 또한 구 법인세법 제113조 제1항은 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에는 자산․부채 및 손익을 해당 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하도록 규정하고 있다.

한편 구 법인세법 제29조 제1항은 비영리법인이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 등에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에 일정 한도액의 범위 안에서 해당 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하도록 규정하고 있고, 제3항 제4호는 고유목적사업준비금을 손금에 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 때에는 그 잔액을 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입하도록 규정하고 있다. 이와 같은 규정들은 비영리법인이 고유목적사업준비금으로 계상한 부분에 대하여 고유목적사업 등에 지출하기 전이라도 미리 손금에 산입할 수 있도록 허용하는 대신 고유목적사업준비금을 손금에 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지는 고유목적사업 등에 지출이 이루어져야 한다는 점을 전제로 하여 위 기간 동안 과세를 이연함으로써 비영리법인이 공익사업을 원활하게 수행할 수 있도록 하기 위한 것이다(대법원 2017. 3. 9. 선고 2016두59249 판결 등 참조).

위와 같은 관련 규정의 문언과 체계, 특히 구 법인세법이 비영리법인에 대하여 수익사업과 고유목적사업 등을 구분하고 수익사업에서 생기는 소득에 대하여만 과세하면서도 고유목적사업 등에 지출하기 위한 고유목적사업준비금을 일정 한도액의 범위 안에서 수익사업의 손금에 산입할 수 있도록 한 취지 등을 종합하면, 비영리법인의 경우 수익사업에서 얻은 소득을 고유목적사업 등에 지출한다고 하더라도, 특별한 사정이 없는 한 이는 수익사업의 소득을 얻기 위하여 지출한 비용으로 볼 수 없으므로, 이를 고유목적사업준비금의 손금산입한도액 범위 안에서 손금에 산입할 수 있을 뿐, 이와 별도로 비영리법인의 선택에 따라 그 지출금을 수익사업의 수익에 대응하는 비용으로 보아 손금에 산입하는 것은 허용될 수 없다고 봄이 타당하다.

나. 위 법리에 비추어, 원심판결 이유 및 원심이 적법하게 채택한 증거에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합해 보면, 이 사건 부가금은 원고가 고유목적사업인 급여사업에 지출한 것으로서 수익사업의 소득을 얻기 위해 지출한 비용으로 볼 수 없으므로, 이를 원고의 수익사업에 관한 손금에 산입할 수는 없다.

1) 구 대한지방행정공제회법(2012. 10. 22. 법률 제11491호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)의 규정과 원고의 정관 등에 의하면, 퇴직급여사업과 한아름목돈예탁급여사업은 회원들의 생활안정과 복지증진을 도모할 목적으로 하는 ‘회원에 대한 급여의 지급’을 위한 사업으로서 원고의 고유목적사업에 해당한다. 이 사건 부가금은 이와 같은 원고의 고유목적사업인 급여사업에 지출된 것이므로, 이를 원고가 수익사업과 관련하여 수익을 얻기 위하여 지출한 비용이라고 볼 수 없다.

2) 구 법인세법 제29조 제1항 및 구 대한지방행정공제회법의 규정 등에 의하면, 원고는 퇴직급여와 한아름목돈예탁급여에 포함되는 부가금의 지급을 위하여 고유목적사업준비금을 계상․적립하여야 하고, 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에만 그 한도액의 범위 안에서 수익사업에 관한 손금에 산입할 수 있을 뿐이다. 만약 이 사건 부가금을 수익사업의 손금에 모두 산입할 수 있다고 본다면, 이와 같은 고유목적사업준비금에 대한 손금산입 한도액 규정을 둘 이유가 없다.

3) 앞서 본 바와 같이 이 사건 부가금은 원고의 고유목적사업인 급여사업에 지출되는 것이므로, 구 법인세법 제113조 제1항 등에서 정한 비영리법인의 구분경리 원칙에 따라 고유목적사업, 즉 비수익사업의 회계에 구분하여 기장되어야 한다. 원고는 2010 사업연도 지급준비금 전입액 240,392,668,398원을 ‘고유목적사업준비금 전입액’으로 수익사업 부문의 비용항목에 회계처리하였을 뿐 수익사업 부문에서 발생하는 별도의 ‘이자비용’ 항목으로 회계처리 하지는 않았다. 그럼에도 위 전입액이 수익사업 부문의 비용항목에 회계처리되었다는 사정만으로 이 사건 부가금을 이자비용과 동일하게 보아 수익사업에 관련된 손금에 해당한다고 단정하기 어렵다.

4) 설령 원고의 회원들이 지급받는 이 사건 부가금이 이자소득세의 과세대상에 해당한다고 하더라도, 이 사건 부가금이 이를 지급받는 회원들의 이자소득세의 과세대상에 해당하는지 여부와 이를 지급하는 원고의 수익사업의 손금으로 인정되는지 여부는 별개의 문제이므로, 이를 지급하는 원고의 수익사업의 손금으로 반드시 인정되어야 한다고 볼 수 없다.

다. 그런데도 원심은 이와 달리 판시와 같은 이유만으로 고유목적사업 부문에서 지출된 이 사건 부가금이 수익사업 부문의 손금으로 산입할 수 없음을 전제로 한 이 사건 거부처분이 위법하다고 판단하였다. 이러한 원심 판단에는 이 사건 부가금 지급의 법적 성질 등에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다.

5. 대상 판결에 대하여

가. 법인세법상 비영리법인의 과세체계와 과세대상소득

비영리 내국법인의 과세소득은 각 사업연도 소득과 법인세법 제55조의2에 따른 토지 등 양도소득이고, 비영리 내국법인의 경우 청산소득은 과세대상이 되지 아니한다(법인세법 제4조 제1항, 제3항).

비영리 내국법인의 각 사업연도 소득은 법인세법 제4조 제3항에 열거된 수익사업에서 생기는 소득으로 한정한다. 이는 열거적 규정이므로 여기에 규정되지 않은 소득은 비영리 내국법인의 과세소득이 되지 아니한다.

법인세법 제4조 제3항 제5호 및 같은 법 시행령 제3조 제2항 전문은 비영리 내국법인이 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하지 아니하는 고정자산의 처분으로 생기는 수입에 관하여 법인세를 부과한다고 규정하고 있을 뿐, 고유목적사업에 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있는 경우에는 달리 본다는 규정을 두고 있지 아니하므로, 토지의 처분대금을 법인세 과세소득으로 보아야 하는지를 결정하는 경우 해당 비영리법인이 토지를 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있는지 없는지는 따질 필요가 없다(대법원 2006. 7. 27. 선고 2005두14370 판결, 대법원 2017. 7. 11. 선고 2016두64722 판결).

대법원은 ‘구 법인세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것) 제2조 제2항 전문의 위임규정인 구 법인세법 제3조 제2항 제5호1) 괄호 규정이 ‘고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산’이라고 규정함으로써 그 문언상으로도 비과세대상이 될 수 있는 범위를 어느 정도 한정하고 있는 점, 일정한 범위 내에서 비영리 내국법인의 고정자산처분 수입에 대하여 비과세하도록 규정한 것은 비영리 내국법인으로 하여금 상당한 기간 동안 부동산과 같은 고정자산을 고유목적사업에 직접 사용하도록 유도하는 데에 그 취지가 있는 점, 소득세법ㆍ지방세법ㆍ조세특례제한법 등도 비영리단체의 자산에 관하여 비과세를 규정하는 경우 일정한 기간 동안 그 고유목적사업에 직접 사용할 것을 요건으로 하고 있는 점 등을 유기적ㆍ체계적으로 종합하여 보면, 구 법인세법 제3조 제2항 제5호 괄호 규정의 위임에 의하여 대통령령에서 정하여질 내용은 고정자산의 처분 당시 그 고유목적사업에 직접 사용한 기간 등과 같은 사항이 될 것임을 충분히 예측할 수 있고, 이 사건 시행령 조항도 그러한 위임의 범위 내에서 비과세소득의 대상이 될 수 있는 고정자산의 요건 등을 규정하고 있으므로, 이 사건 시행령 조항은 위임의 범위와 한계를 벗어난 무효의 규정이라고 할 수 없다.’고 판시하였다(대법원 2013. 5. 23. 선고 2013두1829 판결).

비영리 내국법인의 과세소득인 수익사업의 판단기준이 문제되는데, 대법원은 ‘비영리 내국법인에 대하여는 소득이 있더라도 그 소득이 수익사업으로 인한 것이 아닌 이상 법인세를 부과할 수 없는 것이고, 어느 사업이 수익사업에 해당하는지의 여부를 가림에 있어 그 사업에서 얻는 수익이 당해 법인의 고유목적을 달성하기 위한 것인지의 여부 등 목적사업과의 관련성을 고려할 것은 아니나 그 사업이 수익사업에 해당하려면 적어도 그 사업 자체가 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 영위한 것이어야 한다’는 입장이다(대법원 1980. 11. 11. 선고 80누278 판결, 1996. 6. 14. 선고 95누14435 판결, 대법원 2005. 9. 9. 선고 2003두12455 판결 등).2)

한편, 대법원은 수익사업을 영위하지 않는 비영리내국법인인 甲 재단법인이 토지를 양도한 후 같은 사업연도 내에 수익사업인 부동산임대업을 개시한 사안에서, ‘구 법인세법(2006. 12. 30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제62조의2의 문언 체계 및 수익사업을 영위하지 않는 비영리법인은 영리를 추구하는 법인이 아닌 점을 고려하여 자산양도소득에 대한 법인세 부담이 양도소득세보다 과중하여지지 않도록 하려는 입법 취지 등에 비추어, 甲 법인이 수익사업을 영위하지 않던 기간에 토지를 양도하여 양도소득이 발생했으므로, 그 후 같은 사업연도 내에 수익사업을 영위했더라도 양도소득에 대하여 과세특례조항인 구 법인세법 제62조의2를 적용할 수 있다고 본 원심판단은 정당하다’고 판시하였다(대법원 2012. 1. 26. 선고 2010두3763 판결).

나. 고유목적사업준비금

(1) 관련 규정

비영리 내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당)이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 법인세법이 정한 손금산입 한도액의 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다. 이 경우 이자소득과 배당소득은 그 전액을, 그 외 수익사업에서 발생한 소득에 대해서는 100분의 50

을 고유목적사업준비금으로 적립할 수 있다(법인세법 제29조 제1항). 조세특례제한법 제74조는 학교법인이나 사회복지법인 등에 대하여 법인세법 제29조 제1항 제2호의 한도 제한 없이 고유목적사업준비금으로 손금산입할 수 있는 특례를 규정하고 있다.

그러나 비영리 내국법인이 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 경우에는 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다(법인세법 제29조 제5항).

(2) 관련 판결

(가) 대법원 2019. 12. 27. 선고 2018두37472 판결

구 법인세법(2015. 12. 15. 법률 제13555호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제29조 제1항, 제8항, 구 법인세법 시행령(2016. 2. 12. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제56조 제3항, 구 법인세법 제24조 제1항, 제2항의 문언 내용과 체계, 구 법인세법 제24조 제1항 제1호와 제2호에서 ‘법 제24조 제2항에 따른 기부금'과 ‘법 제24조 제2항에 따라 손금에 산입되는 기부금'을 구분하고 있는 점 및 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하는 점(대법원 2017. 9. 7. 선고 2016두35083 판결 등 참조) 등을 종합하면, 고유목적사업준비금 손금산입 한도액의 전제가 되는 ‘수익사업에서 발생한 소득'의 계산에 관한 구 법인세법 시행령 제56조 제3항 괄호 밖의 부분에서 말하는 ‘법 제24조 제2항에 따른 기부금'은 구 법인세법 제24조 제2항에 따라 손금에 산입되는 기부금인 ‘법정기부금의 손금산입 한도액'이 아니라 ‘비영리내국법인이 법정기부금으로 지출한 금액'을 의미하는 것으로 보아야 한다.

또한 구 법인세법 제24조 제1항은 제1호에서 ‘해당 사업연도의 소득금액(제44조, 제46조 및 제46조의5에 따른 양도손익은 제외하고 제2항에 따른 기부금과 지정기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)'을 규정하고, 같은 조 제2항은 법정기부금의 손금산입 한도액을 해당 사업연도의 소득금액에서 제13조 제1호에 따른 결손금을 뺀 후의 금액에 100분의 50을 곱하여 산출하도록 정하고 있다. 이러한 규정에 의하면, 법정기부금 손금산입 한도액 계산의 기초가 되는 ‘해당 사업연도의 소득금액'은 법정기부금과 지정기부금만을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 의미하고, 법정기부금과 지정기부금 외에 고유목적사업준비금까지 손금에 산입하기 전의 소득금액으로 해석할 수는 없다.

(나) 대법원 2017. 3. 9. 선고 2016두59249 판결

대법원은 비영리 내국법인이 토지 매각대금을 고유목적사업준비금으로 손금산입하여 법인세를 신고한 후 5년 내에 아파트를 매입하여 고유목적사업이 아닌 임대사업에 사용한 사안에서, ‘구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것) 제29조 제1항, 제3항 제4호 규정들은 비영리 내국법인이 고유목적사업준비금으로 계상한 부분에 대하여 고유목적사업 등에 지출하기 전이라도 미리 손금에 산입할 수 있도록 허용하는 대신 고유목적사업준비금을 손금에 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지는 고유목적사업 등에 지출이 이루어져야 한다는 점을 전제로 하여 위 기간 동안 과세를 이연함으로써 비영리 내국법인이 공익사업을 원활하게 수행할 수 있도록 하기 위한 것이다.

따라서 비영리 내국법인이 5년의 유예기간 중에 고유목적사업준비금을 고유목적사업 등이 아닌 다른 용도에 사용하여 더 이상 고유목적사업에 지출할 수 없다는 점이 분명하게 드러남으로써 앞서 본 바와 같은 과세혜택을 부여할 전제가 상실된 경우라면, 5년의 유예기간에도 불구하고 사용금액 상당을 사유가 발생한 사업연도의 익금에 곧바로 산입할 수 있다.’고 판시하였다.

(다) 대법원 2007. 6. 28. 선고 2005두11234 판결

1) 공제권유비의 손금산입 여부원고는 농업협동조합법에 정한 원고의 고유목적사업의 하나로 회원조합 또는 조합원 및 일반인으로부터 공제료를 받아 일정기간 내에 미리 약정한 사고가 발생하면 공제금을 교부하는 공제사업을 실시하여 오면서, 원고의 임직원이 공제를 신규모집하는 경우 공제수입수수료의 일정 비율(공제수입수수료의 30% 이내를 기본한도로 하여 전년 공제수입수수료 실적대비 성장률에 따라 차등계산한 3~20%의 실적가산한도를 합산)을 공제권유비로 지급하여 왔는데, 원고가 1998 사업연도에 임직원들에게 원고 소유 물건의 화재공제 등 가입에 따른 공제권유비(이하 ‘물건공제권유비’라 한다)로 202,362,812원을, 원고의 직원이 본인 또는 가족의 명의로 공제에 가입하거나 혹은 여신취급시 공제권유를 하고 그 가입에 따른 권유비(이하 ‘일반공제권유비’라 한다)로 10,363,403,656원을 각 지급한 사실을 인정한 다음, 일반공제권유비는 원고의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것에 해당하여 손금산입 대상이 되고, 원고 소유의 물건에 대하여 화재공제 등에 가입하는 것은 원고 회사의 방침에 따른 것일 뿐 담당 직원의 노력에 의한 성과라고는 할 수 없으므로 물건공제권유비는 손금산입 대상이 아니다.

2) 조합상호지원기금의 익금산입 여부기록과 원심판결이 인용한 제1심판결에 나타난 비영리법인으로서의 원고의 특수성, 고유목적사업준비금으로서 조합상호지원기금의 적립취지, 조합상호지원기금의 사용용도, 원고가 조합상호지원기금을 비영리사업회계인 지도사업특별회계의 부채계정에서 동일 회계 내의 자본계정의 이익잉여금 항목으로 대체한 이유와 계정 대체 후 조합상호지원기금이 당초의 조성목적대로 사용되고 있는 점 및 조합상호지원기금은 5년이 경과되기 전에는 법정사유가 없는 한 임의환입이 불가능한 점 등 제반사정을 참작할 때, 원심이 제1심판결을 인용하여 원고가 1997 사업연도에 조합상호지원기금을 지도사업특별회계의 부채계정에서 자본계정으로 대체한 사정만으로는 조합상호지원기금을 수익사업회계로 환원한 것으로 볼 수 없고, 따라서 이를 원고의 1997 사업연도의 익금에 산입한 후 행한 피고의 이 부분 부과처분은 위법하다고 판단한 것은 정당하다.

3) 부외(부외) 자산의 익금산입시기과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 과세관청에 있으므로 어느 사업연도의 소득에 대한 과세처분의 적법성이 다투어지는 경우 과세관청으로서는 과세소득이 있다는 사실 및 그 소득이 그 사업연도에 귀속된다는 사실을 입증하여야 하며, 그 소득이 어느 사업연도에 속한 것인지 확정하기 곤란하다 하여 과세대상 소득의 확정시기와 관계없이 과세관청이 그 과세소득을 조사ㆍ확인한 대상 사업연도에 소득이 귀속되었다고 할 수는 없다(대법원 2000. 2. 25. 선고 98두1826 판결 참조). 따라서 이 사건 부외자산의 익금산입시기는 피고가 이 사건 부외자산을 조사ㆍ확인한 사업연도가 아니라 원고가 이 사건 부외자산을 실제 취득한 사업연도인데, 원고가 1998 사업연도에 이 사건 부외자산을 취득하였다고 볼 증거가 없으므로 이 사건 부외자산의 익금산입시기가 1998년 사업연도임을 전제로 한 피고의 이 부분 부과처분은 위법하다.

다. 대상 판결의 의의

대상 판결은 비영리법인의 경우 수익사업에서 얻은 소득을 고유목적사업 등에 지출한다고 하더라도, 특별한 사정이 없는 한 이는 수익사업의 소득을 얻기 위하여 지출한 비용으로 볼 수 없으므로, 이를 고유목적사업준비금의 손금산입 한도액 범위 안에서 손금에 산입할 수 있을 뿐, 이와 별도로 비영리법인의 선택에 따라 그 지출금을 수익사업의 수익에 대응하는 비용으로 보아 손금에 산입하는 것은 허용될 수 없다고 함으로써 비영리 내국법인의 고유목적사업준비금의 손금산입 법리, 고유목적사업과 수익사업의 구분경리 등에 관한 법리를 명확하게 확인해 준 의미가 있는 판결이다.

[관련 설명]

1) 5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

2) 서울행정법원 2002. 8. 2. 선고 2001구16605 판결은 수익사업의 판단기준에 관하여, ‘어느 사업이 수익사업에 해당하는지의 여부를 가림에 있어 그 사업에서 얻는 수익이 당해 법인의 고유목적을 달성하기 위한 것인지의 여부 등 목적사업과의 관련성을 고려할 것은 아니나, 그 사업이 수익사업에 해당하려면 적어도 그 사업 자체가 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 영위한 것이어야 한다{대법원 1980. 11. 11. 선고 80누278 판결, 1996. 6. 14. 선고 95누14435 판결, 1997. 2. 28. 선고 96누14845 판결 등 참조. 마지막 판결은 지방세법(1991. 12. 14. 법률 제4415호로 개정된 것) 제184조, 제234조의12 소정의, 재산세 등의 비과세대상에서 제외되는 수익사업에 관한 것이지만, 그 수익사업의 판단기준은 법인세법상 수익사업의 판단기준과 크게 다르지 않다고 할 것이다. 한편, 1974. 12. 21. 법률 제2686호로 법인세법이 개정된 결과, 그 제1조 제1항 단서 중 "다음 각 호에 게기하는 수익사업 또는 수입에서 생기는 소득 이외의 소득에 대하여는 법인세를 부과하지 아니한다."라는 부분이 "그 법인의 정관 또는 규칙상의 사업목적에 불구하고 다음 각 호에 게기하는 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 대하여만 법인세를 부과한다."라는 내용으로 변경되었으나, 이 개정은 수익사업 여부의 판단에 있어 목적사업과의 관련성을 고려할 것인지의 여부와 관련된 것일 뿐, 수익성 내지 수익의 목적을 요구할 것인지의 여부와 관련된 것은 아니다}. 그리고 당해 사업에 의한 재화 또는 용역의 공급과 그 사업에서 얻는 수입 사이에 경제적 대가관계가 있는 이상, 그 수입이 실비변상에 불과한 액수라고 하더라도, 그 수입을 재화 또는 용역의 공급에 대한 대가로 보아야 하고(대법원 1996. 6. 14. 선고 95누14428 판결, 2000. 7. 4. 선고 98두9301 판결 등 참조), 또 수입금액이 적다는 이유만으로 그 사업의 수익성을 부정할 것은 아니지만(위 대법원 1997. 2. 28. 선고 96누14845 판결 참조), 그렇다고 하여 대가가 수수된다는 사정만으로 바로 그 사업에 수익성이 있어서 그 사업이 수익사업에 해당한다고 단정할 것은 아니고, 가사 대가가 수수된다고 하더라도, 그 대가가 객관적으로 보아 채산성(이는 '경영상, 수지나 손익을 따지거나 셈하여 이익이 나는 정도'라는 뜻이다.)을 고려함이 없이 책정된 것으로서 실비변상의 수준에 불과하고, 그리하여 당초부터 그 사업에서 이익이 생길 여지가 없다면, 그 사업은 수익성이 결여된 것으로서 수익사업에 해당하지 아니한다고 보아야 할 것이다(위 대법원 1996. 6. 14. 선고 95누14428 판결, 같은 날 선고 95누14435 판결 참조). 뿐만 아니라, 비영리법인의 수익사업에서 생기는 소득에 대하여 법인세를 부과하는 것은, 비영리법인이 영리법인과 동일한 사업을 영위하는 경우에 영리법인에만 법인세를 부과한다면 조세부담의 형평성을 잃게 될 뿐만 아니라 양자간의 공정한 경쟁을 저해함으로써 경제ㆍ사회질서를 문란하게 할 것이라는 점과 비영리법인이라는 이유만으로 사업내용 여하와 관계없이 법인세를 부과하지 않는다면 영리법인이 비영리법인의 형태를 차용하여 조세를 회피하는 것을 방지하기 어렵게 될 것이라는 점을 감안하여, 비영리법인이라 할지라도 수익사업을 영위하는 경우에는 법인세를 부과함으로써 조세부담의 형평성 및 경쟁의 공정성을 제고함과 아울러 조세의 회피를 방지하려는 데 그 취지가 있다고 할 것이니, 어느 사업이 수익사업에 해당하는지의 여부를 판단함에 있어서는 그 사업이 영리법인이 영위하는 유사 사업과 경쟁관계에 있는지의 여부와 그 사업소득에 대한 비과세가 영리법인에 의하여 조세회피의 수단으로 악용될 여지는 없는지의 여부 등도 아울러 고려하여야 한다(수익사업의 요건으로 수익성 내지 수익의 목적을 요구하는 이유도 여기에 있다고 볼 수 있다).’고 판시하였다.

[유철형 변호사 프로필]

△ 법무법인(유한) 태평양 변호사
△ 행안부 고문변호사
△ 행안부 지방세예규심사위원회 위원
△ 기재부 고문변호사
△ 대한변호사협회 부협회장
△ 전 기재부 세제실 국세예규심사위원회 위원
△ 전 국세청 고문변호사
△ 전 서울지방변호사회 부회장
△ 전 (사)한국조세연구포럼 회장