1. 사실관계

가. 원고의 지위 및 주식 양도에 따른 양도소득세 등 신고․납부 경위

(1) OO무역 주식회사(이하 ‘OO무역’이라 한다)의 대표이사이자 OO무역의 주식 25,188주(지분율 100%, 이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 보유하고 있던 원고는 2006. 6. 7. 소외인에게 이 사건 주식을 105억 원에 양도하기로 하는 계약(이하 ‘이 사건 주식양도계약’이라 한다)을 체결하고, 같은 날 계약금 15억 원을, 2006. 8. 1. 잔금 90억 원을 각 지급받은 다음 소외인에게 이 사건 주식을 모두 이전하였다.

(2) 원고는 이 사건 주식양도에 따른 증권거래세 52,500,000원과 양도소득세 2,216,096,110원을 신고․납부하였다.

나. 거래재구성에 따른 과세관청의 과세처분과 이에 관한 종전 소송의 경과

(1) OO세무서장은 OO무역의 유일한 자산인 서울 중구 (주소 생략) 외 3필지 토지 164.6㎡와 그 지상 3층 건물(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)이 이 사건 주식의 잔금지급일인 2006. 8. 1. OO무역으로부터 소외인에게 이전되었다는 사정 등에 기초하여 ‘이 사건 주식양도계약은 가장행위에 불과하고, OO무역이 소외인에게 이 사건 부동산을 105억 원에 양도한 것’으로 보고, 위 양도가액 105억 원을 OO무역의 2006 사업연도 익금에 산입하여 2010. 9. 1. OO무역에 2006 사업연도 법인세 4,005,854,370원(이하 ‘종전 법인세’라 한다)을 결정․고지하였다.

(2) OO세무서장은 위 105억 원을 OO무역의 대표이사였던 원고에 대한 2006년 귀속 상여로 소득처분하여 그에 따라 2010. 9. 7. OO무역에 소득금액변동통지(법인용)를 하고, 2010. 11. 16. 원고에게 소득금액변동통지(소득자통지용)를 하였다.

(3) 원고는 2010. 11. 10. 피고에게 위 소득금액변동통지에 따른 종합소득세 3,493,831,630원을 수정신고하면서 기납부한 양도소득세 2,216,096,110원과 증권거래세 52,500,000원을 제외한 나머지 1,225,235,520원을 납부하였다.

(4) 한편, OO세무서장은 OO무역이 종전 법인세를 납부하지 아니하자 구 국세기본법(2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제39조 제1항 제2호에 따라 원고를 OO무역이 체납한 종전 법인세에 대한 제2차 납세의무자로 지정하고 2010. 11. 9. 원고에게 종전 법인세 4,005,854,370원을 납부하라는 통지를 하였다(이하 위 납부통지를 ‘종전 부과처분’이라 한다).

(5) 원고는 2011. 9. 9. OO세무서장을 상대로 서울행정법원 2011구합30120호로 종전 부과처분의 취소 등을 구하는 소송을 제기하였는데, 위 법원은 2012. 6. 29. ‘이 사건 주식양도계약이 가장행위 혹은 조세회피행위에 해당한다고 볼 수 없으므로 OO무역이 2006. 7. 10. 소외인에게 이 사건 부동산을 105억 원에 매도한 것으로 볼 수 없다’는 이유로 종전 부과처분을 취소하는 내용의 판결을 선고하였고, 위 판결은 2015. 3. 26. 대법원의 상고기각으로 확정되었다(이하 ‘선행 확정판결’이라 한다).

다. 과세관청의 환급결정 및 원고에 대한 이 사건 부과처분 경위

(1) OO세무서장은 2015. 4. 15. 원고에게 선행 확정판결에 따라 원고에 대한 소득금액변동통지 및 제2차 납세의무자 지정을 각 취소하였고, 피고는 2015. 6. 9. 원고에게 종합소득세 3,493,831,630원을 환급하는 결정을 하였다.

(2) 피고는 원고에게 이 사건 주식양도와 관련하여, 2015. 5. 6. 양도소득세 2,216,096,110원을, 2015. 7. 3. 증권거래세 52,500,000원을 각 결정․고지하였다(이하 이를 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다).

2. 이 사건의 쟁점

이 사건의 쟁점은 거래의 재구성으로 과세한 처분을 취소하는 선행 확정판결 이후에 그 대상인 종전 부과처분과는 과세대상과 세목을 달리하여 새로운 부과처분을 한 경우 새로운 부과처분에 대하여 구 국세기본법 제26조의2 제2항 제1호에 따른 특례제척기간이 적용되는지 여부이다.

3. 대상 판결의 요지(대법원 2020. 8. 20. 선고 2017두30757 판결)

가. 구 국세기본법 제26조의2는 제1항에서 국세의 부과제척기간을 원칙적으로 5년으로 정하면서, 제2항에서 “국세에 관한 이의신청․심사청구․심판청구, 감사원법에 의한 심사청구 또는 행정소송법에 의한 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 그 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년이 경과하기 전까지는 당해 결정․판결에 따라 경정결정 기타 필요한 처분을 할 수 있다.”라고 규정하고 있다.

부과제척기간에 관한 특별규정인 구 국세기본법 제26조의2 제2항에 규정된 특례제척기간은, 같은 조 제1항 소정의 과세제척기간이 일단 만료하면 과세권자는 새로운 결정이나 증액경정결정은 물론 감액경정결정 등 어떠한 처분도 할 수 없게 되는 결과, 과세처분에 대한 행정심판청구 또는 행정소송 등의 쟁송절차가 장기간 지연되어 그 결정 또는 판결이 과세제척기간이 지난 후에 행하여지는 경우 그 결정이나 판결에 따른 처분조차도 할 수 없게 되는 불합리한 사례가 발생하는 것을 방지하기 위하여 마련된 것임에 비추어 볼 때, 그 문언상 과세권자로서는 해당 판결 또는 결정에 따른 경정결정이나 그에 부수하는 처분만을 할 수 있을 뿐, 판결 또는 결정이 확정된 날로부터 1년 내라 하여 그 판결이나 결정에 따르지 아니하는 새로운 결정이나 증액경정결정까지도 할 수 있는 것은 아니다(대법원 1994. 8. 26. 선고 94다3667 판결, 대법원 2005. 2. 25. 선고 2004두11459 판결 등 참조).

나. 앞서 본 사실관계를 이러한 법리에 비추어 살펴보면, 선행 확정판결의 대상인 종전 부과처분은 법인인 OO무역과 소외인 사이의 부동산양도거래에 따른 OO무역의 토지 등 양도소득을 과세대상으로 하고 그 세목이 ‘법인세’인 반면, 이 사건 처분은 개인인 원고와 소외인 사이의 주식양도거래에 따른 원고의 주식양도소득과 양도 자체를 과세대상으로 하고 그 세목이 ‘양도소득세’와 ‘증권거래세’이므로, 이 사건 처분을 선행 확정판결에 따른 경정결정이나 그에 부수하는 처분이라고 보기 어렵다. 따라서 이 사건 처분은 종전 부과처분과는 다른 새로운 결정이라고 할 것이므로, 이 사건 처분에 대하여는 선행 확정판결에 따른 특례제척기간이 적용되지 않는다고 봄이 타당하다. 이 사건 처분에 대하여는 선행 확정판결에 따른 특례제척기간이 적용되지 않으므로 이 사건 처분은 통상의 부과제척기간(5년)이 도과한 이후에 이루어진 것이어서 위법하다.

4. 대상 판결에 대하여

가. 특례제척기간의 인적․물적 적용범위

(1) 관련 규정

특례제척기간에 대하여 국세기본법 제26조의2 제6항은 “제1항부터 제5항까지의 규정에도 불구하고 지방국세청장 또는 세무서장은 다음 각 호의 구분에 따른 기간이 지나기 전까지 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.1. 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구 또는 「행정소송법」에 따른 소송에 대한 결정이나 판결이 확정된 경우: 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년1의2. 제1호의 결정이나 판결이 확정됨에 따라 그 결정 또는 판결의 대상이 된 과세표준 또는 세액과 연동된 다른 과세기간의 과세표준 또는 세액의 조정이 필요한 경우: 제1호의 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년”이라고 규정하고 있다.

(2) 관련 법리

대법원은 특례제척기간의 인적 적용범위와 관련하여, ‘구 국세기본법(1993. 12. 31. 법률 제4672호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항, 제2항의 규정 취지에 비추어 보면, 과세권자는 판결 등이 확정된 날로부터 1년 내라 하더라도 납세의무가 승계되는 등의 특별한 사정이 없는 한, 당해 판결 등을 받은 자로서 그 판결 등이 취소하거나 변경하고 있는 과세처분의 효력이 미치는 납세의무자에 대하여서만 그 판결 등에 따른 경정처분 등을 할 수 있을 뿐 그 취소나 변경의 대상이 된 과세처분의 효력이 미치지 아니하는 제3자에 대하여서까지 재처분을 할 수 있는 것은 아니다.’라고 판시하여(대법원 2004. 6. 10. 선고 2003두1752 판결, 대법원 2005. 3. 24. 선고 2003두9473 판결, 대법원 2006. 2. 9. 선고 2005두1688 판결 등) 그 적용범위를 엄격하게 제한하고 있다.

또한 대법원은 특례제척기간의 물적 적용범위와 관련하여, ‘과세권자로서는 당해 판결 또는 결정에 따른 경정결정이나 그에 부수하는 처분만을 할 수 있을 뿐, 판결 또는 결정이 확정된 날로부터 1년 내라 하여 당해 판결이나 결정에 따르지 아니하는 새로운 결정이나 증액경정결정까지도 할 수 있는 것은 아니다.’라고 판시하였다(대법원 2005. 2. 25. 선고 2004두11459 판결 대법원 2010. 6. 24. 선고 2007두16493 판결 등). 다만, 제척기간의 도과 후에 증액경정처분이 있었다 하여도 당초 처분이 제척기간의 도과 전에 있었다면 그 증액경정처분이 전부 무효로 되는 것은 아니고 증액된 부분에 한하여서만 무효로 된다는 입장이다(대법원 1995. 5. 23. 선고 94누15189 판결).

한편, 대법원은 기간과세 세목에서 귀속 사업연도가 다르다는 이유로 과세처분이 취소되는 경우 다른 사업연도(과세기간)에 대하여 특례제척기간을 적용할 수 있는지 여부와 관련하여, ‘구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것) 제26조의2는 제1항에서 국세부과권의 일반 제척기간에 관하여 규정한 다음, 제2항에서 국세의 부과에 관한 이의신청·심사청구·심판청구, 감사원법에 의한 심사청구 또는 행정소송법에 의한 소송의 제기가 있는 경우에는 제1항의 규정에도 불구하고 그 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년이 경과하기 전까지는 ‘해당 결정·판결’에 따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다고 규정하고 있다. 위 규정의 당초 입법 취지는 국세에 관한 부과처분이 있은 후에 그 처분에 대한 행정심판 또는 행정소송 등의 쟁송절차가 장기간 경과되어 그 결정 또는 판결이 부과제척기간이 지난 후에 확정된 경우에 과세관청이 쟁송절차에서 유리한 결과를 이끌어 낸 납세자에 대하여 그 결정이나 판결에 따른 처분조차도 할 수 없게 되는 불합리한 사태가 발생하는 것을 방지하려는 데에 있었던 점, 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하고 그 중에서도 예외규정 내지 특례규정은 더욱 엄격한 해석이 요구되는 점, 확정된 결정이나 판결의 기판력이 미치는 범위는 그 쟁송대상이 되었던 과세단위에 제한될 뿐이고 이를 넘어서 별개의 과세단위에 관련된 판단이 이루어졌다고 하더라도 이러한 판단에 기판력이 있다고 할 수 없으며, 따라서 그러한 판단을 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있는 근거가 되는 위 규정상의 ‘해당 결정·판결’에 해당한다고 할 수 없는 점 등을 종합해 보면, 비록 위 규정을 오로지 납세자를 위한 것이라고 보아 납세자에게 유리한 결정이나 판결을 이행하기 위한 경우에만 적용된다고 볼 수는 없다고 하더라도, 기간과세에 있어서 확정된 결정 또는 판결에서 다투어진 과세처분과 과세기간을 달리하는 기간에 대하여 해당 결정 또는 판결의 취지에 따른다는 명목으로 한 새로운 과세처분에 대해서까지 위 규정에 따른 특례제척기간의 적용을 허용할 수 있는 것은 아니다.’라고 판시하여 이를 부정하였다(대법원 2012. 10. 11. 선고 2012두6636 판결).

대법원 2020. 4. 9. 선고 2018두57490 판결은 해당 사안에서 공사도급계약과 관련하여 2007. 1. 1.부터 발생한 지체상금 채무의 면제나 채권의 임의포기로 인한 익금 등의 귀속시기는 2006 사업연도가 아니라 2007 사업연도라고 판단하였다. 위 판결에서 2007년 귀속 법인세 부과처분이 쟁송대상이 되지 않았다면, 과세관청은 위 2012두6636 판결의 법리에 따라 특례제척기간을 적용할 수 없고, 따라서 일반 부과제척기간의 경과로 인하여 2007년 귀속분에 대해서는 추가로 과세를 하지 못하게 될 것이다.

다만, 2016. 12. 20. 법률 제14382호로 개정시 국세기본법 제26조의2 제6항 제1호의2의 신설로 인하여 2017. 1. 1. 이후 과세관청은 과세기간이 다른 경우에도 ‘결정이나 판결이 확정됨에 따라 그 결정 또는 판결의 대상이 된 과세표준 또는 세액과 연동된 다른 과세기간의 과세표준 또는 세액의 조정이 필요한 경우 제1호의 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년’내에는 경정이나 필요한 처분을 할 수 있다.

나. 실질과세원칙에 따른 거래의 재구성의 한계

(1) 실질과세 원칙에 따라 우회거래·다단계 거래를 하나의 거래로 재구성할 수 있는 요건

구 상증세법 제2조 제4항에서 제3자를 개입시키거나 여러 단계의 거래를 거치는 등의 방법으로 증여세를 부당하게 감소시키는 조세회피행위에 대하여 그 경제적 실질에 따라 증여세를 부과하도록 한 것은, 증여세의 과세대상이 되는 행위 또는 거래를 우회하거나 변형하여 여러 단계의 거래를 거침으로써 증여의 효과를 달성하면서도 부당하게 증여세를 감소시키는 조세회피행위에 대처하기 위하여 그와 같은 여러 단계의 거래 형식을 부인하고 실질에 따라 증여세의 과세대상인 하나의 행위 또는 거래로 보아 과세할 수 있도록 한 것으로서, 실질과세 원칙의 적용 태양 중 하나를 증여세 차원에서 규정하여 조세공평을 도모하고자 한 것이다. 다만 납세의무자는 경제활동을 할 때 특정 경제적 목적을 달성하기 위하여 어떤 법적 형식을 취할 것인지 임의로 선택할 수 있고 과세관청으로서도 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법적 형식에 따른 법률관계를 존중하여야 하며, 또한 여러 단계의 거래를 거친 후의 결과에는 손실 등 위험 부담에 대한 보상뿐 아니라 당해 거래와 직접적 관련성이 없는 당사자의 행위 또는 외부적 요인 등이 반영되어 있을 수 있으므로, 최종적인 경제적 효과나 결과만을 가지고 그 실질이 직접 증여에 해당한다고 쉽게 단정하여 증여세의 과세대상으로 삼아서는 안 된다는 것이 대법원의 입장이다(대법원 2017. 1. 25. 선고 2015두3270 판결 참조).

한편, 대법원은 ‘구 상증세법 제2조 제4항, 제3항에 의하여, 당사자가 거친 여러 단계의 거래 등 법적 형식이나 법률관계를 재구성하여 직접적인 하나의 거래에 의한 증여로 보고 증여세 과세대상에 해당한다고 하려면, 납세의무자가 선택한 거래의 법적 형식이나 과정이 처음부터 조세회피의 목적을 이루기 위한 수단에 불과하여 그 재산이전의 실질이 직접적인 증여를 한 것과 동일하게 평가될 수 있어야 하고, 이는 당사자가 그와 같은 거래형식을 취한 목적, 제3자를 개입시키거나 단계별 거래 과정을 거친 경위, 그와 같은 거래방식을 취한 데에 조세 부담의 경감 외에 사업상의 필요 등 다른 합리적 이유가 있는지 여부, 각각의 거래 또는 행위 사이의 시간적 간격, 그러한 거래형식을 취한 데 따른 손실 및 위험부담의 가능성 등 관련 사정을 종합하여 판단하여야 한다.’(대법원 2017. 2. 15. 선고 2015두46963 판결, 대법원 2019. 1. 31. 선고 2014두41411 판결)라고 하여 실질과세 원칙에 따라 거래를 재구성하기 위한 요건을 제시하였다.

대법원 2017. 2. 15. 선고 2015두46963 판결과 대법원 2019. 1. 31. 선고 2014두41411 판결이 밝힌 우회거래·다단계 거래를 하나의 거래로 재구성할 수 있는 요건은 구 상증세법에만 적용되는 것이 아니라, 그 규정과 동일한 내용으로 규정되어 있는 국세기본법 제14조 제3항이 문제되는 사안에는 모두 적용된다고 할 것이다.

(2) 거래의 재구성 관련 판결

(가) 대법원 2017. 1. 25. 선고 2015두3270 판결

대법원은, 소외 회사가 OO은행에 권면총액 50억 원의 분리형 국내사모 신주인수권부사채(이하 ‘본건 신주인수권부사채’라 합니다)를 발행하고, 발행 당일 소외 회사의 최대주주인 대표이사가 OO은행으로부터 본건 신주인수권부사채로부터 분리된 신주인수권증권 중 50%를 양수하여 보유하고 있다가 행사하여 소외 회사의 보통주를 취득하자, 과세관청이 대표이사가 신주인수권증권을 행사하여 취득한 주식 중 그의 소유주식비율을 초과하여 인수, 취득한 부분에 대하여 당시 주가와 행사가격의 차액 상당액을 증여받았다는 이유로 대표이사에게 증여세를 과세한 사안에서, ‘① 소외 회사는 매출액 급감과 KIKO 통화옵션계약으로 인한 거액의 손실로 운영자금 조달이 필요하였는데, 다른 금융기관들은 대출에 회의적인 태도를 보인 반면 OO은행이 신주인수권부사채에서 분리된 신주인수권증권을 매입하거나 매입처를 찾아주는 것을 조건으로 대출의사를 밝힘으로써 본건 신주인수권부사채 발행이 이루어진 것이므로 본건 신주인수권부사채의 발행은 그 자체로 사업상 목적이 있는 거래인 점, ② 대주주인 원고가 사채와 분리된 본건 신주인수권증권 중 50%를 매입한 것은 OO은행의 요구에 따른 것이었던 점, ③ 본건 신주인수권증권의 인수가격은 일반인이나 OO증권이 매입할 때에도 동일한 가격이 적용되었고, 그 행사가격은 유가증권의 발행 및 공시 등에 관한 규정에 따라 결정된 것으로, 특수관계가 없는 대주주와 OO은행 사이에서 객관적으로 정하여졌으며, 소외 회사의 주가는 원고의 신주인수권증권 취득 이후 행사가격 기준으로 등락을 반복한 점, ④ 본건 신주인수권증권의 인수와 그 행사에 따른 차익은 원고가 주가가 하락할 가능성을 상당기간 감수하였음을 전제로 한 것으로서 그 행사시점에 주가 상승이 충분히 예상된다고 단정한 근거가 부족하다는 점 등에 비추어 보면, 원고가 처음부터 본건 신주인수권부사채 발행과 신주인수권증권의 취득 및 신주인수권증권 행사라는 일련의 행위를 통하여 소외 회사의 신주를 취득하여 차익을 얻을 것을 예정하였다고 보기 어려운 점 등을 종합하여 보면, 본건 신주인수권부사채 발행부터 원고의 본건 신주인수권증권의 취득 및 행사에 따른 소외 회사 신주의 취득까지의 일련의 행위들이 별다른 사업상 목적이 없이 증여세를 부당하게 회피하거나 감소시키기 위하여 비정상적으로 이루어진 행위로서 그 실질이 소외 회사의 대주주인 원고에게 그 소유주식비율을 초과하여 신주를 저가로 취득하도록 하여 시가와 취득가액의 차액 상당을 증여한 것과 동일한 연속된 하나의 행위 또는 거래라고 단정하기 어려우며, 따라서 이에 대하여 구 상증세법 제2조 제4항을 적용하여 증여세를 과세할 수 없다.’고 판시하였다.

(나) 대법원 2017. 2. 15. 선고 2015두46963 판결

대법원은, 갑 주식회사의 주주들이며 남매 사이인 을과 병 및 병의 배우자가 각자 소유 중인 갑 회사 주식을 을은 병 부부의 직계비속들에게, 병 부부는 을의 직계비속들에게 교차증여하자 과세관청이 실질은 각자가 자신의 직계비속들에게 직접 증여한 것으로 보아 을과 병 부부의 직계비속들에게 증여세 부과처분을 한 사안에서, 합산과세로 인한 증여세 누진세율의 적용을 회피하고자 증여자들이 상대방의 후손들에게 교차증여를 한 경우 실질과세 원칙을 적용하여 자기의 직계후손에게 직접 증여한 것으로 거래를 재구성할 수 있는지와 관련하여 위 가.항에서 본 법리를 전제한 다음, ‘소외 2가 원고 8과 원고 9에게 소외 회사 주식 합계 16,000주를 증여한 것과 소외 3, 소외 1이 원고 1 외 6인에게 소외 회사 주식 합계 16,000주를 증여한 것은 증여자들 사이에 상대방의 직계후손에게 동일한 수의 동일 회사 주식을 교차증여하기로 한 약정에 따른 것으로서, 약정 상대방이 자신의 직계후손에게 주식을 증여하지 않는다면 자신도 증여를 하지 않았을 것이다. 이 사건 교차증여로써 증여자들은 자신의 직계후손에게 소외 회사 주식을 직접 증여하는 것과 동일한 효과를 얻으면서도 합산과세로 인한 증여세 누진세율 등의 적용을 회피하고자 하였고, 이러한 목적이 아니라면 굳이 교차증여 약정을 체결하고 직계후손이 아닌 조카 등에게 주식을 증여할 이유가 없었다. 결국 소외 2와 소외 3, 소외 1은 각자의 직계비속인 원고들에게 소외 회사 주식을 증여하면서도 증여세 부담을 줄이려는 목적 아래 그 자체로는 합당한 이유를 찾을 수 없는 이 사건 교차증여를 의도적으로 그 수단으로 이용한 것으로 볼 수 있다. 이러한 점들을 종합하여 보면, 이 사건 교차증여는 구 상증세법 제2조 제4항에 따라 그 실질에 맞게 재구성하여 소외 3, 소외 1의 원고 1 외 6인에 대한 각 증여분은 소외 2가 위 원고들에게 직접 추가로 증여한 것으로, 소외 2의 원고 8, 원고 9에 대한 각 증여분은 소외 3, 소외 1이 위 원고들에게 직접 추가로 증여한 것으로 보아 증여세를 과세할 수 있다.’라고 판시하였다.

위 대법원 2015두46963 판결은 실질과세 원칙을 적용하여 우회거래·다단계 거래를 하나의 거래로 재구성할 수 있는 구체적인 요건을 처음으로 제시하였다는 점에서 의미가 크다.

(다) 대법원 2017. 12. 22. 선고 2017두57516 판결

위 대법원 2017두57516 판결은 ‘국세기본법에서 제14조 제3항을 둔 취지는 과세대상이 되는 행위 또는 거래를 우회하거나 변형하여 여러 단계의 거래를 거침으로써 부당하게 조세를 감소시키는 조세회피행위에 대처하기 위하여 그와 같은 여러 단계의 거래 형식을 부인하고 실질에 따라 과세대상인 하나의 행위 또는 거래로 보아 과세할 수 있도록 한 것으로서, 실질과세의 원칙의 적용 태양 중 하나를 규정하여 조세공평을 도모하고자 한 것이다. 한편, 납세의무자는 경제활동을 할 때에 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여 여러 가지의 법률관계 중의 하나를 선택할 수 있고 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 하며(대법원 2001. 8. 21. 선고 2000두963 판결 등 참조), 또한 여러 단계의 거래를 거친 후의 결과에는 손실 등의 위험 부담에 대한 보상 뿐 아니라 외부적인 요인이나 행위 등이 개입되어 있을 수 있으므로, 그 여러 단계의 거래를 거친 후의 결과만을 가지고 그 실질이 하나의 행위 또는 거래라고 쉽게 단정하여 과세대상으로 삼아서는 아니 된다.’고 판시하여 구 상증세법 제2조 제4항과 동일한 내용을 규정하고 있는 국세기본법 제14조 제3항의 적용 여부를 판단하면서 위 2015두46963 판결이 밝힌 구 상증세법 제2조 제4항의 취지를 그대로 인용하고 있다.

위 대법원 2017두57516 판결은, 네덜란드 소재 다국적 항공운송기업인 OO그룹(최종 모회사는 네덜란드 법인 OO익스프레스로서, 이하 ‘이 사건 최종 모회사’라 한다) 내 국내계열사인 원고가 원심 판시 금융기관 대출로 OO그룹 계열사인 네덜란드 법인 OO파이낸스(이하 ‘OO파이낸스'라 한다)에 대한 채무를 상환하고, 유상증자로 위 금융기관 대출금을 상환하였으며(이하 이를 통틀어 ‘이 사건 거래’라고 한다), 원고의 모회사인 네덜란드 법인 OO익스프레스 월드와이드(이하 ‘이 사건 모회사’라 한다)가 그 유상증자 주식을 전부 인수한 사안에 대하여 과세관청이 실질과세 원칙에 따라 이 사건 거래를 ‘이 사건 최종 모회사의 원고에 대한 채권(채무)출자전환행위’로 보아 주식발행액면초과액 중 주식의 시가(0원, 당시 원고는 결손법인이었다)를 초과하는 금액을 익금 산입하여 과세한 사안에서, ‘이 사건 모회사와 OO파이낸스는 독자적인 실체를 가지고 고유한 목적사업을 수행하는 그룹 내 중간지주회사 내지는 금융회사로서, 이 사건 거래에서 단지 이 사건 최종 모회사의 도관에 불과하다고 보아 세법상으로 그 실체나 형식을 부인하기 어렵다. 원고는 항공운송사업을 영위하면서 발생한 OO파이낸스 등에 대한 사업상 채무를 부담하고 있는 상태에서 이 사건 거래를 통하여 유상증자로 조달한 자금으로 재무구조를 개선한 것으로서 뚜렷한 동기 내지는 목적이 있는 행위라고 평가할 수 있고, 이 사건 모회사는 위 사업상 채무의 채권자가 아니어서 채권의 출자전환이 불가능하며, 이 사건 거래로 인하여 어떠한 손해가 발생하였다고 보기 어려운 사정 등을 종합하면, 이 사건 거래에 관한 개별 행위들이 구 법인세법(2011. 12. 31. 법률 제11128호로 개정되기 전의 것) 제17조 제1항 제1호 단서에 따른 조세부담을 회피할 목적에서 한 독자적인 의미를 갖기 어려운 중간행위로서 그 경제적 실질이 채무의 출자전환행위에 해당한다고 보기 어렵다.’고 하여 과세처분이 위법하다고 판시하였다.

(라) 대법원 2018. 2. 28. 선고 2017두60741 판결

대법원은, 동일한 양수인에게 주주는 토지 수분양권을 보유한 법인의 발행 주식(100억원)을, 법인은 수분양권(44억원)을 동시에 양도하는 거래를 하자, 과세관청이 주식양도가액(이하 ‘이 사건 쟁점 금액’이라 한다)은 수분양권에 대한 프리미엄이라고 하여 위 2개의 거래(발행 주식 100억원과 수분양권 44억원의 양도거래)를 법인의 수분양권만 양도한 하나의 거래로 재구성할 수 있는지(과세관청은 100억원을 법인의 익금에 산입하고 이를 상여와 배당으로 소득처분함)가 쟁점이 된 사안에서, ‘① 법인 또는 개인이 다른 법인 소유의 부동산을 취득하고자 하는 경우 이를 위한 거래의 법적 형식은 해당 부동산을 법인으로부터 직접 취득하는 방식과 그 부동산을 소유하는 법인 자체에 대한 지배권을 취득할 수 있는 주식을 양수하는 방식 모두가 가능하고, 따라서 원고 등의 OO디앤아이 주식 양도와 OO디앤아이의 이 사건 분양권 양도가 동시에 이루어진 이 사건 거래에 대하여 OO스타에게 이 사건 분양권을 이전하기 위한 목적에서 이루어졌다는 사정만으로 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하였다고 보아 그중 원고 등의 OO디앤아이 주식 양도만을 부인할 수는 없다는 점, ② 이 사건 분양권의 프리미엄은 거래의 형식에 따라서 얼마든지 원고 등이 보유하던 OO디앤아이 주식의 재산적 가치에 반영되어 거래될 수 있고, OO스타가 원고 등으로부터 OO디앤아이 주식을 양수할 당시부터 그 주식이 사실상 아무런 가치가 없었다고 보기 어려우므로, 이 사건 쟁점 금액이 이 사건 분양권의 프리미엄 가치와 동일하다고 하여 그 경제적 효과만을 따져 실질적으로 OO디앤아이에 귀속되었다고 할 수도 없다는 점, ③ 원고 등은 OO디앤아이를 설립하기 이전부터 OO스타로부터 이 사건 분양권의 매도 제안을 받고 있었고, 당시 원고 등이 이 사건 분양권을 OO디앤아이에 양도하여 이 사건 토지의 개발사업을 진행하여야 할 필요가 있었다고 볼만한 구체적인 사정도 보이지 않으며, 이 사건 쟁점 금액이 실제로도 OO스타로부터 원고 등에게 직접 지급된 사정 등을 고려할 때, 이 사건 거래를 OO디앤아이로부터 이 사건 분양권만을 취득하는 하나의 거래로 재구성하여 이 사건 쟁점 금액이 OO디앤아이에 귀속된 후 다시 원고 등에게 사외유출되었다고 보기 어렵다는 점, ④ 오히려 이 사건 거래와 같이 원고 등의 OO디앤아이 주식 양도와 OO디앤아이의 이 사건 분양권 양도가 동시에 이루어진 경우라면, 원고 등이 거친 여러 단계의 거래가 처음부터 조세회피의 목적을 이루기 위한 수단에 불과하여 그 실질이 원고 등이 이 사건 분양권을 OO스타에 직접 양도하는 것과 동일하게 평가되는 경우가 있을 수는 있지만, 그러한 경우 역시 이 사건 쟁점 금액이 OO디앤아이에 귀속되는 것은 아니라는 점에는 변함이 없다는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 쟁점 금액이 OO디앤아이의 자산양도소득에 해당하여 그중 일부가 원고들에게 배당으로 귀속된 것으로 볼 수는 없다.’라고 판시하였다.

(마) 대법원 2018. 7. 24. 선고 2015두46239 판결

대법원은, 원고가 자기발행 외화표시 전환사채를 현물출자 당시의 기준환율로 평가하여 현물출자받고 당초 전환사채 발행계약에서 정해진 전환가액을 발행가액으로 하여 발행주식 수를 산정, 신주를 발행함에 따라 발생한 외화차손 및 미상각 사채할인발행차금 등 사채상환손실을 손익거래로 보아 손금에 산입할 수 있는지가 문제된 사안에서, ‘① 현물출자는 금전 이외의 재산으로 하는 출자로서 이 사건 전환사채도 그 목적물이 될 수 있고, 따라서 이 사건 전환사채를 발행한 원고와 이를 인수한 소외 회사로서는 아직 전환권 행사기간이 도래하지 않아 전환권을 행사할 수 없는 이 사건 전환사채를 원고에 현물출자하는 방법을 선택할 수 있다는 점, ② 이 사건 현물출자 계약은 특수관계에 있지 아니한 원고와 소외 회사 간에 체결된 것으로서, 특히 원고로서는 당시 엔화의 환율이 급격히 상승함에 따라 향후 이 사건 전환사채를 현금으로 상환하거나 전환권이 행사될 경우 그로 인한 손실이 확대될 수 있으므로, 이를 방지하기 위하여 이 사건 전환사채를 조기에 현물출자받은 것으로 보이는 점, ③ 원고는 이 사건 전환사채의 현물출자에 관한 이사회 결의 등을 거치고, 이 사건 전환사채의 가액 등에 관하여 감정인의 감정을 받아 그 감정 결과에 대하여 법원의 심사를 받는 등 상법에서 정한 절차를 모두 갖추었다는 점, ④ 이 사건 전환사채에 앞서 원고가 소외 회사에 발행한 1차 외화표시 전환사채는 현금으로 조기 상환되는 등 전환권의 행사 없이 변제되었고, 이 사건 전환사채 역시 당시의 경영상황 등을 고려한 합리적인 거래의 일환으로 이루어진 것으로 보일 뿐, 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하였다고 볼 만한 사정도 찾기 어려우며, 비록 이 사건 현물출자 계약에서 정한 주식의 발행가액이 당초의 전환가액과 동일하다거나 원고가 위 현물출자 당시 회계처리를 제대로 하지 못하였더라도, 그러한 사정만으로 곧바로 전환사채의 전환권 행사 시기만을 앞당긴 것으로 볼 것은 아니라는 점 등을 관련 법리에 비추어 살펴보면, 원고는 소외 회사로부터 이 사건 전환사채를 현물출자받은 것으로 봄이 타당하다.’라고 판시하여 거래의 재구성을 부인하고 손금산입을 인정하였다.

(바) 대법원 2019. 1. 31. 선고 2014두41411 판결

대법원은, 원고들의 아버지인 D가 경영하였던 C 회사가 자신의 영업부서와 설계부서를 D와 원고들이 주주로 있는 E 회사에 무상 양도하고, 그 이후 C가 E에 영업 및 설계 등 일감을 몰아주어 이익을 얻게 한 다음, C가 E를 흡수합병하면서 E의 주주인 원고들에게 C 주식을 합병 신주로 교부한 사실과 관련하여, 과세관청이 E 설립 이후 영업양도 및 일감몰아주기, 합병에 이르기까지의 일련의 행위들을 통하여 원고들이 실질적으로 C의 기존 주주인 D와 주식회사 G로부터 합병 신주를 무상 교부받은 것이라고 보아 구 상증세법 제2조 제4항 등을 근거로 증여세를 과세한 사안에서, ‘영업양도 이후 합병까지의 일련의 행위는 그 실질이 D가 자신이 지배ㆍ운영하는 C중 일부 부서의 인적, 물적 설비를 자식들인 원고들과 함께 설립한 기업가치가 미미한 E에 무상으로 넘기는 외형을 만든 후, C에 불리하고 E에 전적으로 유리한 공급거래와 영업대행거래를 통하여 C의 부(富)를 E에 2년 8개월간 이전한 후 다시 E를 합병하는 외형을 갖추어, 건실한 회사인 C에 대한 D와 특수관계 회사 G의 지분율을 낮추고 원고들의 지분율을 높이는 결과를 만들어낸 것이므로, 이는 구 상증세법 제2조 제3항, 제4항에 따라 연속된 하나의 거래로서 증여세 과세대상인 증여에 해당한다.’고 판시하였다.

(사) 결어

위에서 본 바와 같이 실질과세 원칙을 적용하여 우회거래·다단계 거래를 하나의 거래로 보아 과세할 수 있는지에 대해서는 대법원 2017. 2. 15 선고 2015두46963 판결이 최초로 구체적인 적용요건을 제시하였고, 대법원 2019. 1. 31. 선고 2014두41411 판결이 그 적용요건을 다시 한번 확인해 주었다. 위 대법원 2015두46963 판결과 2014두41411 판결은 구 상증세법 제2조 제4항에 대한 판결인데, 구 상증세법 제2조 제4항은 국세기본법 제14조 제3항과 동일한 내용의 규정이어서 그 해석은 국세기본법 제14조 제3항의 적용이 문제되는 사안에도 동일하게 적용된다고 할 것이다. 위 대법원 2015두46963 판결 이후 선고된 위 (다)항 이하의 판결들이 이를 확인해 주고 있다.

다. 대상 판결의 의의

대상 판결은 법인의 부동산양도소득에 대한 법인세인 종전 처분과 개인의 주식양도소득에 대한 양도소득세에 대한 재처분은 과세대상과 세목을 달리하는 것이어서 특례제척기간을 적용할 수 없다고 판단하였다. 이는 관련 법리에 따른 것으로 타당하다. 결과적으로 원고는 주식양도소득에 대한 양도소득세 납세의무를 면하게 되었는데, 대상 판결은 이를 제척기간제도에 따른 부득이한 결과로 보고 있다.

그런데, 과세관청이 애초에 부과권을 행사하지 아니하여 부과제척기간이 경과된 경우와 달리 부과권을 적극적으로 행사한 사안에서 과세관청이 법령을 잘못 해석하였다고 하여 대상 판결과 같은 결과를 용인하는 것은 과세형평성에서 문제가 있다. 이러한 사례는 국제조세에서도 종종 발생하고 있다. 외국법인이 국내에서 소득을 얻은 경우 국내 고정사업장이 없는 경우에는 국내원천소득으로 원천징수를 하고, 국내 고정사업장이 있는 경우에는 내국법인으로 보아 법인세를 과세하게 되는데, 외국법인의 국내사업장이 있는지 여부가 명확하지 않을 경우 과세관청으로서는 고정사업장 과세에 대해 큰 부담을 지게 된다. 만약 고정사업장 과세를 하였다가 납세자의 불복으로 법원에서 고정사업장이 존재하지 않는 것으로 최종 확정되었을 때 다시 원천징수를 하려고 하면 선행처분인 고정사업장 과세를 다투는 동안 이미 5년의 징수권 소멸시효가 완성되어 결국 징수할 수 없게 된다. 납세의무가 있음에도 불구하고 과세절차상의 이유로 과세를 하지 못하게 되는 이와 같은 불합리한 결과를 방지하기 위해서는 입법적인 보완이 필요하다. 즉, 대상 판결의 사안과 같이 소득 발생과 관련한 기초사실이 동일하다면 과세관청이 법령 해석을 잘못하였다거나 고정사업장 존부에 대한 판단을 잘못한 경우 등에도 특례제척기간이나 소멸시효의 중단을 적용할 수 있도록 국세기본법에 명문화할 필요가 있다.

[유철형 변호사 프로필]

△ 법무법인(유한) 태평양 변호사
△ 행안부 고문변호사
△ 행안부 지방세예규심사위원회 위원
△ 기재부 고문변호사
△ 대한변호사협회 부협회장
△ 전 기재부 세제실 국세예규심사위원회 위원
△ 전 국세청 고문변호사
△ 전 서울지방변호사회 부회장
△ 전 (사)한국조세연구포럼 회장