◆ 사실관계 및 과세처분 개요

청구법인은 1999년 11월13일 수도권에 본사를 설립한 후 2011년9월28이 본사를 수도권 밖으로 이전하고, 2013년, 2016년, 2017사업연도에 대한 법인세 신고시 ‘조세특례제한법(이하 조특법)’ 제63조의2에 따른 법인세 감면(이하 쟁점감면)을 적용하여 법인세를 신고·납부하였으며, 이후 쟁점감면 대상 사업연도가 종료한 후인 2018년 5월 1일 본사를 다시 수도권으로 이전했다.

감사원은 2019년 11월 28일〜2019년 12월 18일 기간 동안 국세청에 대한 조세지출제도 운영실태 감사를 실시한 결과, 쟁점감면과 관련된 국세청 예규(이하 쟁점예규)에서 “쟁점감면 기간이 경과한 뒤에 수도권에 다시 본사를 설치한 경우 감면세액을 추징하지 않는다”고 회신하였으나, 이는 조특법령을 잘못 해석한 것이므로 감면기간이 종료된 이후 본사를 수도권으로 재이전한 경우 이미 감면받은 세액을 추징하도록 국세청에 처분요구를 하였고, 이에 처분청은 감면기간 종료 이후 수도권에 본사를 재설치한 청구법인으로부터 당초 감면받은 법인세를 추징하기 위해 2020년 8월25일 청구법인에게 2018사업연도 법인세를 경정·고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2020년 11월 12일 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 이를 기각했다. 다만 신고불성실가산세 부분은 인용했다.

◆ 청구법인의 주장과 처분청의 경정청구 거부사유

가. 청구법인의 주장

(쟁점①) 1) 국세청은 2008년부터 세법해석 사전답변제도에 따라 납세자의 신청이 들어오면 유권해석을 하면서 해석내용을 일반에 공개하고 있고, 세무서 역시 이에 따라 과세행정을 집행하고 있는바, 국세청의 답변이 특정 납세자의 요청에 대한 유권해석이라고 하더라도 이는 일반적인 납세자에 대한 견해 표명이라고 볼 수 있다.

2) 청구법인은 본사를 다시 수도권 내로 이전할 때는 비록 별도의 질의를 거치지 않았지만, 검토 당시 쟁점예규 외에 5건의 국세청 예규에서 감면기간이 경과한 후에 수도권 안에 공장 또는 본사를 설치하여도 감면받은 세액을 추징하지 않는다고 회신하는 등 유사한 사실관계에 대해 국세청의 지속적인 질의회신이 있었으므로 청구법인 입장에서는 별도의 질의회신을 하지 않아도 쟁점예규의 사실관계와 청구법인이 처한 입장이 일치하므로 쟁점예규를 신뢰하여 의사결정을 할 수 있었다.

3) 이 건은 국세청이 공적으로 표명한 견해(쟁점예규)를 나중에 잘못되었다고 하여 취소한 것인데, 해당 견해표명이 납세자가 부당한 원인을 제공하거나 사실을 은폐 또는 허위보고 하여 이루어진 것이 아닌 이상 납세자가 국세청의 견해 표명을 신뢰한 데에 아무런 과실이 없으므로 납세자의 신뢰를 보호하여야 한다.

(쟁점②) 이 건은 처분청이 감사원의 감사가 있기 전까지 유지하던 기존 예규를 취소하고 감면을 배제하여 추징한 건으로 본사 재이전에 따른 추징여부를 둘러싼 법령해석의 견해 대립에 기인한 것인 점, 중소기업인 청구법인이 쟁점예규를 신뢰한 데에 고의 또는 과실이 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점예규를 신뢰하여 2018사업연도 법인세를 신고하지 아니한 데에 무지와 착오를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다.

나. 처분청의 의견

(쟁점①) 국세청은 질의회신 방법으로 “서면질의” 및 “세법해석 사전답변”제도를 두고 있는데, 쟁점예규는 서면질의에 해당하여 국세법령사무처리규정에 따른 답변의 구속력이 없으며, 쟁점예규는 2003. 12. 30. 개정된 조특법 제63조의2 제7항 제3호를 명백하게 위배한 법해석이므로 신뢰보호의 대상이 될 수 없다.

신의성실의 원칙 등은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 이익을 보호할 가치가 있는 경우에는 합법성의 원칙을 훼손하더라도 신뢰이익을 더 보호해야 할 필요한 있는 경우에만 제한적으로 적용되는 것이다.

1) 과세관청의 공적인 견해표명으로 인정되려면 지속적인 견해표명이 있어야 하나 쟁점예규와 같은 내용의 예규는 단 한차례에 불과(나머지 예규는 모두 2003.12.30. 개정 전 조특법이 적용된 건에 대한 것임)하여 공적인 견해표명으로 보기 어렵고(국심 2000중2781, 2001. 1. 29.), 청구법인은 쟁점예규와 관련하여 질의회신의 당사자가 아니다.

2) 2003. 12. 30. 개정된 조특법 제63조의2 제7항 제3호는 문리해석상 명확하므로 법률과 정면으로 배치되는 쟁점예규를 신뢰한 데에 청구법인의 귀책이 없었다고 보기도 어렵다.

(쟁점②) 위와 같이 쟁점예규는 상위법령인 조특법령을 명백히 위배하여 쟁점예규를 신뢰한 데에 납세자의 귀책사유가 없었다고 인정하기 어려우므로 가산세 감면대상이 아니다.

또한, 청구법인은 2018사업연도 법인세 신고납세의무에 해태에 정당한 사유가 있다고 하며 가산세 뿐만 아니라 과다환급액에 더하여 징수되는 이자상당가산액에 대해서도 감면해야 한다고 주장하나, 이자상당가산액은 가산세가 아니라 본래 납부하여야 할 세액의 이자성격으로 조특법에 따라 감면세액 추징시 당연히 가산되는 금액이므로 「국세기본법」제48조의 가산세 감면의 정당한 사유 규정을 적용할 수 없다.

◆ 조세심판원의 결정(조심 2021중566 결정, 2021. 7. 19.)

조세심판원은 쟁점①에 대하여, 청구법인은 2011년에 본사를 수도권 밖으로 이전하여 2003. 12. 30. 개정된 조특법이 적용되는바, 같은 법 제63조의2 제7항에서 법인세를 감면받은 지방이전법인이 감면받은 기간이 경과한 이후에도 수도권에 본사를 설치한 경우 감면받은 세액을 납부하도록 명백하게 규정되어 있는 점, 쟁점예규는 과세관청 내부에 있어서 세법해석의 기준 및 집행기준을 시달한 행정규칙에 불과하여 그 자체만으로 과세관청의 공적 견해표명에 해당하지 아니한 점 등에 비추어 신뢰보호의 원칙에 위배된다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단하였다.

그리고 쟁점②에 대하여는 국세청이 2003. 12. 30. 개정된 조특법이 적용된 쟁점예규를 2012년에 생성한 후 감사원의 감사지적에 따라 2020. 6. 8. 공식적으로 폐기하기 전까지 계속하여 국세법령정보시스템에 게시하여 왔는바, 청구법인이 이를 근거로 수도권에 본사를 재이전함에 따라 감면받은 법인세를 신고를 아니한 것에 대하여 청구법인에게만 귀책사유가 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어 청구법인이 수도권으로 본사를 재이전함에 따라 감면받은 법인세를 신고하지 못한 정당한 사유가 있다고 보는 것이 타당하다 할 것이ㅏ고 경정했다.

다만, 납부불성실가산세는 법정납부기한과 납부일 간의 기간에 대한 이자에 상당하는 금액임과 동시에 정상적으로 납부한 자와의 형평성을 유지하기 위한 성격도 있다고 보아 신고불성실가산세 부분만 청구주장을 인용결정하였다.

◆ 시사점

(쟁점①) 조세법률관계에 있어서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 ① 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적견해를 표명하여야 하고, ② 과세관청의 견해 표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, ③ 납세자가 그 견해 표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, ④ 과세관청이 위 견해 표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자에게 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다.

그런데 공적인 견해표명에 대한 해석과 관련하여 대법원은 다른 사건에서 해당 국세청장의 질의회신이 원고들의 질의에 대한 답변이 아니어서 위 질의회신을 원고들에 대한 견해표명으로 볼 수 없고, 위 질의회신 등이 예규로서 대외적으로 공표되었다 하더라도 이는 불특정의 납세자를 상대로 일반적으로 공표한 세법 해석에 관한 견해의 표명에 불과한 것이어서 이와 같은 경우에는 역시 신의성실 원칙의 적용에 요구되는 과세관청의 공적 견해표명에 해당하지 않는다고 판시한 바 있다(대법원 2000.9.29. 선고 97누4661 판결).

그리고 또 다른 사건에서는 당사자가 직접 재정경제부장관에게 질의한 경우에도 재정경제부장관이 “국내사업장 없는 외국 법인에게 지급한 용역대가가 국내 원천소득에 해당하지 않으나, 구체적 내용은 관할 세무서장이 사실판단할 사항”이라고 한 경우에 대하여 그 회신내용과 답변방식에 비추어 위 검토의견은 외국법인의 국내원천소득에 대한 재정경제부장관의 일반론적인 견해표명에 불과하므로 그에 대하여 신의성실의 원칙이 적용된다고 할 수 없다고 판시하였다(대법원 2010. 4. 29. 선고 2007두19447 판결).

이와 같이 법원에서 공적견해표명에 관한 해석을 엄격히 하는 이유는 행정관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 합법성의 원칙을 희생하여서라도 처분 상대방의 신뢰를 보호함이 정의의 관념에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 예외적으로 적용된다(대법원 2004.7.22. 선고 2002두11233 판결)는 판결에서 찾을 수 있겠고, 이는 신의성실의 원칙을 적용하기 위해 합법성의 원칙을 희생하는 것은 법적 안정성을 해치는 등의 문제를 야기할 수 있으므로 이를 쉽게 인정하기는 어렵다는 것을 설명하는 것이라고 볼 수 있다.

그러나 질의회신에 대한 답변의 경우 법집행기관의 권위있는 해석이라는 점, 질의회신에 대한 답변은 당연히 법령에 대하여 전문가들이 세법에 대한 검토를 전제로 한 것으로 해석되므로, 그 질의회신이 잘못된 것으로 예상한다는 것은 납세자에게 기대가능성이 없는 점, 구체적인 답변인지 일반론적 답변인지는 주관적 인식차이가 있는 것이므로, 이를 기준으로 공적견해표명에 해당하는지 여부를 좌우하는 것은 부적절하다고 보이는 점, 질의회신시 과세당국의 착오로 인한 납세자의 불이익을 예방하기 위해서는 과세당국으로 하여금 신중한 견해표명을 하도록 유도할 필요가 있는 점 등의 사정을 감안할 때, 과세관청의 세법해석을 신뢰한 납세자를 보다 두텁게 보호하기 위해서는 공적인 견해표명의 인정 기준을 다소 완화하는 해석이 필요하지 않을까 생각된다.

(쟁점②) 처분청이 쟁점예규를 2012년에 생성한 후 감사원의 감사지적에 따라 2020. 6. 8. 공식적으로 폐기하기 전까지 계속하여 국세법령정보시스템에 게시하여 온 사실을 들어 조세심판원이 신고불성실가산세를 취소한 것은 국세청의 세법해석을 신뢰한 납세자를 구제하기 위하여 바람직한 결정을 한 것으로 볼 수 있다.

(법무법인 세종 조세심판전문팀 변호사 김형원 공동검토)