농협중앙회 분할 등에 대한 과세특례는 연간 555억원, 수협중앙회 분할 등에 대한 과세특례는 연간 49억원 등 약 600억원 이상의 조세특례가 이루어지고 있으나 조세특례 제도의 효과성은 없는 것으로 나타났다.

8일 기획재정부가 의뢰해 한국조세재정연구원에서 수행한 2021 조세특례 예비타당성평가 결과보고서에 따르면 고유목적사업준비금의 계산 및 사용에 대한 특례, 명칭사용용역 및 전산용역에 대한 부가가치세 면제에 대한 심층평가를 진행한 결과, 농‧수협중앙회 사업구조개편을 지원하는 제도의 효과성은 크지 않은 것으로 나타났다.

1차적으로 농‧수협중앙회의 안정적인 경영을 지원하고, 경제사업활성화를 목표로 해 일몰 연장을 거듭했지만 그동안 재무제표 및 성과지표 수치상, 그리고 정부의 평가로 검토했을 때 사업구조개편의 효과는 발견할 수 없었다.

농협중앙회는 1957년 법정 조합법인으로 설립됐으나 농업은행과 농업협동조합이 통합하는 과정 속에서 정부입법에 의해 재탄생했다. 농업협동조합의 사업은 비조합원대상 사업인 신용(은행)사업 수익 제고에만 치중하고, 농민이 요구하는 경제사업을 소홀히하는 문제가 지속적으로 제기됐고, 협동조합으로서의 정체성이 불명확한 상황에 직면하게 되면서 농협중앙회에서 신용사업과 경제사업을 분리하는 논의가 있었다.

농협중앙회가 사업구조를 개편함에 따라 이에 대한 세제지원을 함과 아울러 농어민 지원을 위한 안정적인 재원 마련을 목적으로 지난 2011년말 과세특례제도가 도입됐다.

농협중앙회 분할 등에 따른 감면실적은 2011년 신설된 이후 2012년부터 실적현황을 파악할 수 있으며 제도 도입 후 3년간 1343억원이었고, 그중에서 부가가치세는 평균 약 523억원이었다.

법인세의 경우 2012년 848억, 2013년 975억, 2014년 535억, 2015년 384억원이었으나, 2016년 이후 실적이 거의 없었다. 부가가치세 조세지출은 조세지출 내역과 대조적으로 약 400~500억원 규모의 조세지출이 매년 발생하고 있다. 앞으로도 명칭사용료 부가가치세 부분에서 조세지출이 대부분 발생할 것으로 예상된다.

아울러 수협중앙회 분할 등에 대한 과세특례는 2015년 신설돼 2016년에는 10억원의 감면실적이 있었고, 2017~2019년까지 평균 약 49억3000만원의 감면이 있었다. 2020년과 2021년에도 평균 50억원의 감면이 발생할 것으로 예상된다.

대부분 조세지출은 농협중앙회와 마찬가지로 부가가치세에서 발생하고 있으며 법인세 조세지출규모는 2019년 이후 작은 수준이다.

보고서는 제도의 궁극적인 도입 목표인 농가 및 어가소득 향상에 미치는 효과 역시 제한적이라고 평가했으며, 부가가치세와 관련해 명칭사용료는 수익사업에 해당하므로 원칙적으로 과세하는 것이 바람직하고 이는 다른 영리법인 및 비영리법인과의 형평성 차원에서도 동일하게 적용돼야 할 사안이라고 판단했다.

아울러 전산사용용역에 대해서는 농‧수협이 분할된 이후에 안정화의 방편으로 일시적으로 제공하는 것으로서, 이는 농어업인의 이익을 위한 것으로 보기 어렵고, 다른 지주회사와 비교했을 때에도 차별할 특별한 근거가 없다는 점에서 과세평등의 관점에서 부당한 조세특례라고 판단돼 일몰제를 폐지하고 부가세에 대한 면세혜택을 폐지하는 것이 적절하다고 밝혔다.