1. 사실관계

가. 원고는 2013. 12. 31. OO하이스코 주식회사의 냉연강판 제조 및 판매사업 부문을 분할합병하였다(이하 분할합병 전후를 묻지 않고 ‘원고’라 한다).

나. 원고는 충남 당진 제2냉연공장을 건설하기 위하여 2011. 6. 7. 피고로부터 보세건설장 설치․운영 허가를 받은 후, 2012. 9. l.부터 2013. 1. 29.까지 13회에 걸쳐 벨기에 법인으로부터 아연도금라인 및 냉연도금복합라인 공장 설비(이하 ‘이 사건 설비’라 한다)에 사용될 물품들(이하 ‘이 사건 물품들’이라 한다)을 수입하였다.

다. 원고는 이 사건 물품들 중 각 라인용 열교환기를 관세법 제50조 제1항 [별표] 관세율표(이하 ‘관세율표’라 한다)상 열교환기(품목번호 제8419.50호)로 품목분류하고 「대한민국과 유럽연합 및 그 회원국 간의 자유무역협정」(이하 ‘한-EU 자유무역협정’이라 한다)에 따른 협정관세율 4%를 적용하여 관세를 신고․납부하였고, 나머지 물품들은 ‘노(爐)의 부분품(품목번호 제8417.90호)’으로 품목분류하고 일반관세율 8%를 적용하여 관세를 신고․납부하였다.

라. 원고는 2013. 10. 28. 피고에게 ‘이 사건 물품들은 모두 노의 부분품(품목번호 제8417.90호)에 해당하고, 이에 대하여는 한-EU 자유무역협정에 따른 협정관세율인 0%가 적용되어야 하므로, 원고가 이 사건 물품들에 관하여 납부한 관세 2,106,151,110원을 감액하여 달라’는 취지로 경정청구를 하였는데, 피고는 2013. 12. 26. 이를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2014. 2. 3. 조세심판원에 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 2014. 11. 7. ‘피고는 이 사건 물품들에 대하여 거래내용, 품목분류 및 원산지기준 충족 여부 등을 재조사하고 그 결과에 따라 세액을 경정하라’는 취지의 재조사결정을 하였다(이하 ‘이 사건 재조사결정’이라 한다).

바. 피고는 2015. 4. 7. 원고에게 이 사건 물품들에 대한 재조사 결과 이 사건 처분을 그대로 유지한다는 뜻을 통지하였다.

2. 쟁점

이 사건의 쟁점은 관세 경정청구거부처분 취소소송에서 정당한 세액의 판단 기준이 수입신고 건별인지, 개별 수입물품인지 여부(과세단위)이다.

3. 대상 판결의 요지(대법원 2022. 4. 14. 선고 2017두53767 판결)

가. 원심은 이 사건과 같은 여러 건의 수입신고에 대한 경정거부처분 취소소송에서 처분의 적법 여부는 수입신고 건별로 정당한 세액을 초과하는지 여부에 따라 판단하여야 한다고 전제한 다음, 이 사건 처분 중 기본세율이 0%인 품목에 해당하는 물품이 포함된 2건의 수입신고에 관한 부분은 정당한 세액을 산출할 수 없다는 이유로 해당 부분 전부를 취소하였다.

나. 그러나 원심의 이러한 판단은 수긍할 수 없다.

관세의 과세물건, 과세표준 및 수입신고 등에 관한 관세법령의 규정과 이를 통해서 알 수 있는 관세의 과세단위 및 신고․납부의 기준 등에 관한 아래의 여러 사정에 비추어 보면, 관세에 대한 경정거부처분 취소소송에서 납세의무자가 신고․납부한 세액이 정당한 세액을 초과하는지 여부는 특별한 사정이 없는 한 수입신고 건별이 아니라 수입신고에 포함된 수입물품을 기준으로 판단하여야 한다.

1) 관세의 과세물건은 수입물품이고(관세법 제14조), 관세의 과세표준은 수입물품의 가격 또는 수량으로 하며(제15조), 관세는 수입신고를 하는 때의 물품의 성질과 그 수량에 따라 부과한다(제16조). 따라서 관세는 수입신고 건별이 아니라 수입신고에 포함된 수입물품을 기준으로 과세단위가 구분된다고 보아야 한다.

2) 물품을 수입하려면 해당 물품의 품명․규격․수량 및 가격 등을 세관장에게 신고(수입신고)하여야 하고(관세법 제241조 제1항), 관세의 납세의무자는 수입신고를 할 때 세관장에게 해당 물품의 가격에 대한 신고(가격신고)를 하여야 한다(제27조 제1항). 아울러 물품을 수입하려는 자는 수입신고를 할 때 세관장에게 관세의 납부에 관한 신고(납세신고)를 하여야 하는데(관세법 제38조 제1항), 납세신고를 하고자 하는 자는 수입신고서에 당해 물품의 관세율표상의 품목분류․세율과 품목분류마다 납부하여야 할 세액 및 그 합계액 등을 기재하여 세관장에게 제출하여야 한다(관세법 시행령 제32조 제1항). 이처럼 관세의 신고․납부는 수입물품을 기준으로 하여야 한다.

3) 납세의무자는 신고․납부한 세액이 과다한 것을 알게 되었을 때에는 최초로 납세신고를 한 날부터 5년 이내에 신고한 세액의 경정을 세관장에게 청구할 수 있는데(관세법 제38조의3 제2항), 경정의 청구를 하고자 하는 자는 ‘당해 물품의 수입신고번호와 품명․규격 및 수량’(제1호), ‘경정 전의 당해 물품의 품목분류․과세표준․세율 및 세액’(제2호), ‘경정 후의 당해 물품의 품목분류․과세표준․세율 및 세액’(제3호) 등을 기재한 경정청구서를 세관장에게 제출하여야 한다(관세법 시행령 제34조 제1항). 이와 같이 관세의 경정청구도 수입물품을 기준으로 이루어진다.

다. 그런데도 원심은 수입물품이 아닌 각 수입신고 건을 기준으로 정당한 세액을 산출하기 어렵다는 이유로, 이 사건 처분 중 기본세율이 0%인 품목에 해당하는 물품이 포함된 2건의 수입신고에 관한 부분 전부가 위법하다고 판단하였다. 원심의 이러한 판단에는 관세에 대한 경정거부처분 취소소송에서의 심판대상 등에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다.

4. 대상 판결에 대하여

가. 과세단위 관련 법리

과세단위는 세금계산 단위로서 소득세의 경우 과세물건인 소득을 계산하는 단위를 의미한다. 소득세의 과세단위는 인적 과세단위(납세의무자), 물적 과세단위(세목), 시간적 과세단위(과세기간) 단위로 다시 세분할 수 있다. 실무상 과세단위와 관련해서는 과세단위가 달라졌을 때 특례제척기간을 적용할 수 있는지 여부와 처분사유의 변경으로 인한 처분의 동일성 여부 등이 문제되는데, 이에 관한 판례의 법리를 본다.

대법원 2020. 8. 20. 선고 2017두30757 판결은 거래의 재구성으로 과세한 처분을 취소하는 선행 확정판결 이후에 그 대상인 종전 부과처분과는 과세대상과 세목을 달리하여 새로운 부과처분을 한 경우 새로운 부과처분에 대하여 구 국세기본법 제26조의2 제2항 제1호에 따른 특례제척기간이 적용되는지 여부가 쟁점이 된 사안에서, ‘부과제척기간에 관한 특별규정인 구 국세기본법 제26조의2 제2항에 규정된 특례제척기간은, 같은 조 제1항 소정의 과세제척기간이 일단 만료하면 과세권자는 새로운 결정이나 증액경정결정은 물론 감액경정결정 등 어떠한 처분도 할 수 없게 되는 결과, 과세처분에 대한 행정심판청구 또는 행정소송 등의 쟁송절차가 장기간 지연되어 그 결정 또는 판결이 과세제척기간이 지난 후에 행하여지는 경우 그 결정이나 판결에 따른 처분조차도 할 수 없게 되는 불합리한 사례가 발생하는 것을 방지하기 위하여 마련된 것임에 비추어 볼 때, 그 문언상 과세권자로서는 해당 판결 또는 결정에 따른 경정결정이나 그에 부수하는 처분만을 할 수 있을 뿐, 판결 또는 결정이 확정된 날로부터 1년 내라 하여 그 판결이나 결정에 따르지 아니하는 새로운 결정이나 증액경정결정까지도 할 수 있는 것은 아니다(대법원 1994. 8. 26. 선고 94다3667 판결, 대법원 2005. 2. 25. 선고 2004두11459 판결 등 참조).

앞서 본 사실관계를 이러한 법리에 비추어 살펴보면, 선행 확정판결의 대상인 종전 부과처분은 법인인 OO무역과 소외인 사이의 부동산양도거래에 따른 OO무역의 토지 등 양도소득을 과세대상으로 하고 그 세목이 ‘법인세’인 반면, 이 사건 처분은 개인인 원고와 소외인 사이의 주식양도거래에 따른 원고의 주식양도소득과 양도 자체를 과세대상으로 하고 그 세목이 ‘양도소득세’와 ‘증권거래세’이므로, 이 사건 처분을 선행 확정판결에 따른 경정결정이나 그에 부수하는 처분이라고 보기 어렵다. 따라서 이 사건 처분은 종전 부과처분과는 다른 새로운 결정이라고 할 것이므로, 이 사건 처분에 대하여는 선행 확정판결에 따른 특례제척기간이 적용되지 않는다고 봄이 타당하다. 이 사건 처분에 대하여는 선행 확정판결에 따른 특례제척기간이 적용되지 않으므로 이 사건 처분은 통상의 부과제척기간(5년)이 도과한 이후에 이루어진 것이어서 위법하다.’라고 판시하였다.

대법원 2006. 6. 15. 선고 2004두3823 판결은 과세표준과 세액의 산출ㆍ결정과정에 잘못이 있는 과세처분에 의하여 부과고지된 세액이 정당한 산출 세액의 범위를 넘지 아니하고 잘못된 방식이 과세단위와 처분사유의 범위를 달리하지 않는 경우에 그 과세처분의 취소 여부와 관련하여, ‘과세처분의 취소를 구하는 소송에서 그 과세처분의 위법 여부는 그 과세처분에 의하여 인정된 세액이 정당한 세액을 초과하는지 여부에 의하여 판단하여야 할 것이므로(대법원 1982. 5. 11. 선고 81누296 판결, 대법원 1999. 9. 3. 선고 98두4993 판결 등), 과세관청이 과세표준과 세액의 산출ㆍ결정과정에서 잘못을 저질러 과세처분이 위법한 경우라도 그와 같이 하여 부과고지된 세액이 정당한 산출 세액의 범위를 넘지 아니하고 잘못된 방식이 과세단위와 처분사유의 범위를 달리하는 정도의 것이 아니라면 정당세액 범위 내의 부과고지처분이 위법하다 하여 이를 취소할 것은 아니다(대법원 1992. 7. 28. 선고 91누10695 판결, 대법원 1993. 9. 28. 선고 92누10180 판결 등).

기록에 의하면, 이 사건 과세처분의 기초가 된 양도차익은 기준시가에 의한 종전 건물의 양도차손과 이 사건 대지의 양도차익을 합산하여 산출된 것인데, 이 사건 신축건물을 대상으로 기준시가에 의한 양도차익을 산정할 경우 위 신축건물은 종전 건물과 달리 경과연수가 오래되지 않은 관계로 양도차손이 발생할 가능성이 거의 없음을 쉽게 알 수 있을 뿐만 아니라 설령 발생한다고 하더라도 종전 건물의 양도차손보다 더 커지기 어려움은 경험칙상 분명해 보인다. 그럼에도 불구하고, 원심이 이 사건 신축건물의 기준시가에 의한 양도차손이 종전 건물의 그것보다 더 큰지 여부에 관한 아무런 심리도 하지 아니한 채 위와 같은 양도차익 및 세액 산출과정에 잘못이 있다는 이유만으로 이 사건 과세처분을 전부 취소한 것은 과세처분 취소소송에서의 심판의 범위에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 아니한 위법이 있다’라고 판시하였다.

대법원 2006. 4. 27. 선고 2005두17058 판결은 증여자를 1인으로 보고 행해진 과세처분 이후 실제 증여자가 2인 이상으로 밝혀진 사안에서, ‘과세관청이 당초의 부과처분 당시 인정한 사실의 일부에 착오나 오류가 있다 하여도 그 후 인정된 사실이 당초의 과세원인사실과 동일한 사실의 범위 내로서 과세의 기초사실이 달라지는 것이 아니라면 처분의 동일성은 유지된다고 할 것이지만(대법원 1997. 2. 11. 선고 96누3272 판결 참조), 수인으로부터 재산을 증여받은 경우에는 증여자별로 과세단위가 성립하므로 각 증여자별로 세율을 적용하여 각각의 증여세액을 산출하는바, 증여자를 1인으로 보고 과세처분을 하였는데 실제 증여자가 2인 또는 그 이상인 것으로 밝혀진 경우와 같이 증여자의 수에 차이가 있으면 과세단위가 달라지므로 과세의 기초사실이 달라져 당초 처분의 동일성이 유지된다고 할 수 없다.’고 판시하였다.

대법원은 특례제척기간의 인적 적용범위와 관련하여, ‘구 국세기본법(1993. 12. 31. 법률 제4672호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항, 제2항의 규정 취지에 비추어 보면, 과세권자는 판결 등이 확정된 날로부터 1년 내라 하더라도 납세의무가 승계되는 등의 특별한 사정이 없는 한, 당해 판결 등을 받은 자로서 그 판결 등이 취소하거나 변경하고 있는 과세처분의 효력이 미치는 납세의무자에 대하여서만 그 판결 등에 따른 경정처분 등을 할 수 있을 뿐 그 취소나 변경의 대상이 된 과세처분의 효력이 미치지 아니하는 제3자에 대하여서까지 재처분을 할 수 있는 것은 아니다.’라고 판시하여(대법원 2004. 6. 10. 선고 2003두1752 판결, 대법원 2005. 3. 24. 선고 2003두9473 판결, 대법원 2006. 2. 9. 선고 2005두1688 판결 등) 그 적용범위를 엄격하게 제한하고 있다.

또한 대법원은 특례제척기간의 물적 적용범위와 관련하여, ‘과세권자로서는 당해 판결 또는 결정에 따른 경정결정이나 그에 부수하는 처분만을 할 수 있을 뿐, 판결 또는 결정이 확정된 날로부터 1년 내라 하여 당해 판결이나 결정에 따르지 아니하는 새로운 결정이나 증액경정결정까지도 할 수 있는 것은 아니다.’라고 판시하였다(대법원 2005. 2. 25. 선고 2004두11459 판결 대법원 2010. 6. 24. 선고 2007두16493 판결 등). 다만, 제척기간의 도과 후에 증액경정처분이 있었다 하여도 당초 처분이 제척기간의 도과 전에 있었다면 그 증액경정처분이 전부 무효로 되는 것은 아니고 증액된 부분에 한하여서만 무효로 된다는 입장이다(대법원 1995. 5. 23. 선고 94누15189 판결).

한편, 대법원은 기간과세 세목에서 귀속 사업연도가 다르다는 이유로 과세처분이 취소되는 경우 다른 사업연도(과세기간)에 대하여 특례제척기간을 적용할 수 있는지 여부와 관련하여, ‘구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것) 제26조의2는 제1항에서 국세부과권의 일반 제척기간에 관하여 규정한 다음, 제2항에서 국세의 부과에 관한 이의신청·심사청구·심판청구, 감사원법에 의한 심사청구 또는 행정소송법에 의한 소송의 제기가 있는 경우에는 제1항의 규정에도 불구하고 그 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년이 경과하기 전까지는 ‘해당 결정·판결’에 따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다고 규정하고 있다.

위 규정의 당초 입법 취지는 국세에 관한 부과처분이 있은 후에 그 처분에 대한 행정심판 또는 행정소송 등의 쟁송절차가 장기간 경과되어 그 결정 또는 판결이 부과제척기간이 지난 후에 확정된 경우에 과세관청이 쟁송절차에서 유리한 결과를 이끌어 낸 납세자에 대하여 그 결정이나 판결에 따른 처분조차도 할 수 없게 되는 불합리한 사태가 발생하는 것을 방지하려는 데에 있었던 점, 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하고 그 중에서도 예외규정 내지 특례규정은 더욱 엄격한 해석이 요구되는 점, 확정된 결정이나 판결의 기판력이 미치는 범위는 그 쟁송대상이 되었던 과세단위에 제한될 뿐이고 이를 넘어서 별개의 과세단위에 관련된 판단이 이루어졌다고 하더라도 이러한 판단에 기판력이 있다고 할 수 없으며, 따라서 그러한 판단을 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있는 근거가 되는 위 규정상의 ‘해당 결정·판결’에 해당한다고 할 수 없는 점 등을 종합해 보면, 비록 위 규정을 오로지 납세자를 위한 것이라고 보아 납세자에게 유리한 결정이나 판결을 이행하기 위한 경우에만 적용된다고 볼 수는 없다고 하더라도, 기간과세에 있어서 확정된 결정 또는 판결에서 다투어진 과세처분과 과세기간을 달리하는 기간에 대하여 해당 결정 또는 판결의 취지에 따른다는 명목으로 한 새로운 과세처분에 대해서까지 위 규정에 따른 특례제척기간의 적용을 허용할 수 있는 것은 아니다.’라고 판시하여 이를 부정하였다(대법원 2012. 10. 11. 선고 2012두6636 판결).

대법원 2020. 4. 9. 선고 2018두57490 판결은 해당 사안에서 공사도급계약과 관련하여 2007. 1. 1.부터 발생한 지체상금 채무의 면제나 채권의 임의포기로 인한 익금 등의 귀속시기는 2006 사업연도가 아니라 2007 사업연도라고 판단하였다. 위 판결에서 2007년 귀속 법인세 부과처분이 쟁송대상이 되지 않았다면, 과세관청은 위 2012두6636 판결의 법리에 따라 특례제척기간을 적용할 수 없고, 따라서 일반 부과제척기간의 경과로 인하여 2007년 귀속분에 대해서는 추가로 과세를 하지 못하게 될 것이다.

다만, 2016. 12. 20. 법률 제14382호로 개정시 국세기본법 제26조의2 제6항 제1호의2의 신설로 인하여 2017. 1. 1. 이후 과세관청은 과세기간이 다른 경우에도 ‘결정이나 판결이 확정됨에 따라 그 결정 또는 판결의 대상이 된 과세표준 또는 세액과 연동된 다른 과세기간의 과세표준 또는 세액의 조정이 필요한 경우 제1호의 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년’내에는 경정이나 필요한 처분을 할 수 있다.

나. 대상 판결의 의의

대상 판결은 관세 경정청구거부처분 취소소송에서 정당한 세액의 판단 기준이 수입신고 건별인지, 아니면 개별 수입물품인지 여부와 관련하여, 관세의 과세단위는 수입신고 건별이 아니라 개별 수입물품이므로, 납세의무자가 신고·납부한 세액이 정당한 세액을 초과하는지 여부는 개별 수입물품을 기준으로 판단하여야 한다는 점을 명확하게 밝혀주었다. 관세의 신고·납부는 개별 수입물품을 기준으로 하고 있다는 점에서 타당하다.

[유철형 변호사 프로필]

△ 법무법인(유한) 태평양 변호사
△ 기재부 고문변호사
△ (사)한국국제조세협회 부이사장
△ (사)한국세무학회 부회장
△ (사)한국세법학회 감사
△ (사)한국지방세학회 부회장
△ 전 행안부 고문변호사
△ 전 행안부 지방세예규심사위원회 위원
△ 전 기재부 세제실 국세예규심사위원회 위원
△ 전 국세청 고문변호사
△ 전 대한변호사협회 부협회장
△ 전 서울지방변호사회 부회장
△ 전 (사)한국조세연구포럼 회장