1. 사실관계

가. 원고는 농업협동조합법에 의해 설립된 비영리법인이다.

나. 피고는 2013. 11. 5. 다음과 같은 처분사유 등으로 원고에게 2008 내지 2011 사업연도 각 법인세(가산세 포함)를 경정․고지하였다.

1) 원고는 회원인 지역조합과 품목조합(이하 ‘회원조합’이라 한다)이 소속 조합원 등과의 공제계약에 따라 부담하는 공제책임을 인수하는 재공제사업을 영위하면서 2008 내지 2011 사업연도에 재공제사업에서 발생한 이익금 중 합계 약 970억 원(이하 ‘이 사건 재공제이익수수료’라 한다)을 재공제이익수수료 명목으로 회원조합에 배분하고 이를 손금에 산입하였다. 그러나 이는 잉여금의 처분에 해당하므로 이 사건 재공제이익수수료는 법인세법 제19조 제1항, 제20조 제1호에 따라 손금에 산입될 수 없다(제1처분사유).

2) 원고는 2008 내지 2011 사업연도에 62명의 채무자들에게 합계 약 110억 원의 대출이자(이하 ‘이 사건 이자’라 한다)를 감면하고 이를 손금에 산입하였다. 그러나 이 사건 이자 감면액은 접대비에 해당하므로 접대비 한도초과액은 손금에 산입될 수 없다(제2처분사유).

3) 원고는 한국채택국제회계기준 도입을 위한 시스템을 구축하면서 개발팀을 조직하였는데, 2008, 2010 및 2011 사업연도에 개발팀 소속 근로자들에게 인건비(이하 ‘이 사건 인건비’라 한다)를 지급하고 이를 손금에 산입하였다. 그러나 이 사건 인건비는 감가상각자산인 개발비에 해당하므로 감가상각 한도초과액은 손금에 산입될 수 없다(제3처분사유).

4) 원고는 금융리스 방식으로 공과금수납기 1,864대를 취득하여 지역조합에 설치한 후 2009 내지 2011 사업연도에 리스회사에 합계 약 50억 원의 리스료(이하 ‘이 사건 리스료’라 한다)를 지급하고 이를 손금에 산입하였다. 그러나 이 사건 리스료는 접대비에 해당하므로 접대비 한도초과액은 손금에 산입될 수 없다(주위적 제4처분사유).

다. 피고는 원심에서 ‘원고가 특수관계에 있는 지역조합을 대신하여 이 사건 리스료를 지급한 것은 법인세법상 부당행위계산 부인의 대상에 해당한다’는 처분사유를 예비적으로 추가하였다(예비적 제4처분사유).

2. 쟁점

이 사건의 쟁점은 ① 농업협동조합중앙회가 공제사업에서 발생한 이익금 중 일부를 재공제이익수수료 명목으로 회원조합에 배분한 경우 실질적인 잉여금의 처분으로서 손금불산입 대상에 해당하는지 여부, ② 법인이 구 법인세법 시행령 제24조 제1항 제2호 (바)목에 정한 비용을 지출하였으나 개발비로 계상하지 아니한 경우에 구 법인세법 시행령 제31조 제1항의 즉시상각의제규정을 적용하여 감가상각 한도초과액을 손금불산입할 수 있는지 여부이다.
 

3. 대상 판결의 요지(대법원 2022. 7. 28. 선고 2019두58346 판결)

가. 이 사건 재공제이익수수료의 손금산입 가부

1) 구 법인세법(2011. 12. 31. 법률 제11128호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제19조는 제1항에서 “손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.”라고 규정하고, 제2항에서 “제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.”라고 규정하고 있다. 또한 구 법인세법 제20조 제1호는 ‘결산을 확정할 때 잉여금의 처분을 손비로 계상한 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다’고 규정하고 있다.

2) 원심은 아래와 같은 이유 등을 들어 원고가 회원조합에 배분한 재공제이익수수료는 구 법인세법 제19조 제1항, 제20조 제1호에 의해 손금불산입 대상이 되는 잉여금의 처분에 해당하므로, 같은 취지의 제1처분사유는 적법하다고 판단하였다.

가) 원고는 회원조합에 공제상품 판매의 대가로 판매수수료를 지급하였다. 그런데 원고는 전체 공제사업에서 이익금이 발생하는 경우에 한하여 재공제이익수수료를 별도로 지급하였고, 재공제사업의 구조상 재공제이익수수료의 지급 상대방은 출자자인 회원조합에 국한된다.

나) 사업이용실적에 따른 잉여금의 배분이라는 측면에서 이른바 이용고배당과 재공제이익수수료의 배분 사이에 아무런 차이가 없음에도 이용고배당은 잉여금의 처분으로 보고 재공제이익수수료의 배분은 잉여금의 처분이 아니라고 보는 것은 불합리하다.

다) 원고와 회원조합이 체결한 재공제계약과 민영 재보험사와 민영 보험사가 체결한 재보험계약은 그 성격이 본질적으로 달라 재공제이익수수료를 재보험이익수수료와 같이 매출에누리나 판매부대비용으로 볼 수 없다. 민영 재보험사는 재보험사업을 영위하면서 손실을 입더라도 개별 재보험계약별로 이익이 발생하는 경우에는 정해진 요율에 따라 재보험이익수수료를 지급하는 반면에, 원고는 공제사업을 영위하면서 손실을 입을 경우에는 개별 재공제계약별로 이익이 발생하더라도 재공제이익수수료를 지급하지 않는다는 점에서 더욱 그러하다.

라) 원고는 스스로 회원조합이 체결할 공제상품을 개발하고 자신의 업무처리 지시에 따라 회원조합이 체결한 공제계약에 따른 공제책임을 전부 인수하므로, 수익성이 높은 공제계약에 따른 공제책임만 선별하여 인수하기 위하여 회원조합에 별도의 수수료를 지급하는 등의 노력을 할 필요가 없다. 따라서 재공제이익수수료는 재공제사업의 수익과 직접 관련된 것으로 볼 수 없다.

3) 원심판결 이유를 앞에서 본 규정과 관련 법리에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단에 상고이유 주장과 같이 잉여금 처분의 의미, 손비의 요건 및 재공제이익수수료의 성격에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.

나. 이 사건 이자 감면액 전액의 손금산입 가부

원심은, 원고가 62명의 채무자들로부터 대출채권을 회수하기 위해서는 이 사건 이자를 포기할 수밖에 없을 정도로 해당 대출채권의 회수가능성이 지극히 낮았음을 인정할 증거가 부족하다는 등의 이유로, 이 사건 이자 감면액을 접대비로 보고 접대비 한도초과액을 손금에 산입하지 않은 제2처분사유가 적법하다고 판단하였다. 원심판결은 정당하다.
 

다. 이 사건 인건비 전액의 손금산입 가부

1) 구 법인세법 제23조는 제1항 본문에서 “고정자산에 대한 감가상각비는 내국법인이 각 사업연도에 손금으로 계상한 경우에만 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 ‘상각범위액’이라 한다)의 범위에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입하고, 그 계상한 금액 중 상각범위액을 초과하는 부분의 금액은 손금에 산입하지 아니한다.”라고 규정하고, 제3항에서 ‘제1항에 따른 고정자산은 토지를 제외한 건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 자산으로 한다’고 규정하고 있다(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 구 법인세법 및 2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 구 법인세법 제23조 제1항, 제2항도 같은 취지이다). 그 위임을 받은 구 법인세법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23589호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제24조 제1항은 “법 제23조 제3항에서 ‘건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 자산’이란 다음 각 호의 고정자산(이하 ‘감가상각자산’이라 한다)을 말한다.”라고 규정하고, 그 제2호 (바)목(이하 ‘이 사건 개발비 규정’이라 한다)에서 개발비를 감가상각자산의 하나로 정하면서 ‘상업적인 생산 또는 사용 전에 재료ㆍ장치ㆍ제품ㆍ공정ㆍ시스템 또는 용역을 창출하거나 현저히 개선하기 위한 계획 또는 설계를 위하여 연구결과 또는 관련지식을 적용하는 데 발생하는 비용으로서 당해 법인이 개발비로 계상한 것’으로 정의하고 있다(2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 구 법인세법 시행령의 같은 조항도 같은 취지이다). 한편 구 법인세법 시행령 제31조 제1항(이하 ‘이 사건 즉시상각의제 규정’이라 한다)은 “법인이 감가상각자산을 취득하기 위하여 지출한 금액과 감가상각자산에 대한 자본적 지출에 해당하는 금액을 손금으로 계상한 경우에는 이를 감가상각한 것으로 보아 상각범위액을 계산한다.”라고 규정하고 있다.

2) 위 각 규정의 문언과 체계 및 입법 취지 등에 비추어 보면, 이 사건 즉시상각의제 규정의 적용 대상인 감가상각자산은 구 법인세법 시행령 제24조 제1항 각 호의 고정자산을 의미한다. 그런데 이 사건 개발비 규정에 의하면 위 규정에서 정한 비용을 당해 법인이 개발비로 계상한 경우에만 감가상각자산인 개발비가 될 수 있다. 따라서 당해 법인이 이 사건 개발비 규정에서 정한 비용을 지출하였더라도 개발비로 계상하지 않은 경우에는 위 규정에 따른 감가상각자산을 취득하였다고 볼 수 없고, 이에 대하여 이 사건 즉시상각의제 규정을 적용하여 감가상각 한도초과액을 손금에 산입하지 않는 것은 허용될 수 없다.

3) 원심은, 법인이 기업회계기준에 따른 개발비 요건을 모두 갖추었음이 명백한 비용을 개발비로 회계처리하지 않고 영업비용으로 회계처리하였다는 특별한 사정이 존재하지 않는 이상, 과세관청이 함부로 이를 감가상각자산인 개발비로 취급하는 것은 허용될 수 없다고 전제하였다. 그런 다음 원심은, 이 사건 인건비가 기업회계기준에 따른 개발비 요건을 모두 갖추었음이 명백하지 않다는 이유로, 이 사건 인건비 중 감가상각 한도초과액에 해당하는 부분을 손금에 산입하지 않은 제3처분사유가 위법하다고 판단하였다. 원심판결 이유를 앞에서 본 규정과 법리에 비추어 살펴보면, 원심의 이 부분 이유 설시에 다소 미흡한 부분이 있지만, 제3처분사유가 위법하다고 판단한 원심의 결론은 정당하다.
 

라. 이 사건 리스료 전액의 손금산입 가부

1) 주위적 제4처분사유의 적법 여부

피고의 이 부분 상고이유 주장은 원심의 판단과는 달리 원고가 지방자치단체의 금고로 지정되기 위해 지역조합에 공과금수납기를 설치한 것이 아니라는 취지인데, 이는 사실심인 원심의 전권사항에 속하는 증거의 취사선택과 사실인정을 탓하는 것에 불과하여 적법한 상고이유로 볼 수 없다.

2) 예비적 제4처분사유의 적법 여부

원심은, 원고가 금고 지정에 필요한 기준을 충족시켜 지방자치단체의 금고로 지정되기 위해 지역조합에 공과금수납기를 설치하였다는 등 그 판시와 같은 사정에 비추어 보면, 원고가 지역조합을 대신하여 이 사건 리스료를 지급한 것이 경제적 합리성이 없는 행위라고 볼 수 없다는 이유로, 이와 다른 전제에 선 예비적 제4처분사유가 위법하다고 판단하였다. 원심판결은 정당하다.
 

4. 대상 판결에 대하여

가. 실질적인 잉여금 처분이라는 이유로 손금불산입하는 경우

임직원의 급여와 같은 인건비는 원칙적으로 손금산입대상인데(법인세법 시행령 제19조 제3호), 인건비 중 과다하거나 부당하다고 인정되는 금액(법인세법 제26조 제1호)은 손금불산입대상이 된다. 대법원은 아래에서 보는 바와 같이 실질과세 원칙에 따라 형식은 인건비(급여, 상여금, 퇴직금)이지만 실질적으로 이익처분에 해당하는 비용을 손금불산입 대상으로 판단하고 있다.

① 대표이사 급여와 관련하여, 대법원 2017. 9. 21. 선고 2015두60884 판결은 대부업을 영위하는 법인이 1인 주주 겸 대표이사에게 월 급여로 3,000만 원 이하의 보수를 지급하다가 특별한 사정 변경이 없음에도 월 3억 원으로 인상하였고, 이에 과세관청이 동종 대부업체 12개 중 대표이사의 급여가 높은 상위 3개 업체의 대표이사 급여 평균액을 초과하여 지급된 급여를 손금불산입하여 법인세를 부과한 사안에서, ‘법인이 임원에게 직무집행의 대가로서 지급하는 보수는 법인의 사업수행을 위하여 지출하는 비용으로서 원칙적으로 손금산입의 대상이 된다. 하지만 앞서 본 규정들의 문언과 법인의 소득을 부당하게 감소시키는 것을 방지하기 위한 구 법인세법 제26조, 법인세법 시행령 제43조의 입법취지 등에 비추어 보면, 법인이 지배주주인 임원(그와 특수관계에 있는 임원을 포함한다)에게 보수를 지급하였더라도, 그 보수가 법인의 영업이익에서 차지하는 비중과 규모, 해당 법인 내 다른 임원들 또는 동종업계 임원들의 보수와의 현저한 격차 유무, 정기적ㆍ계속적으로 지급될 가능성, 보수의 증감 추이 및 법인의 영업이익 변동과의 연관성, 다른 주주들에 대한 배당금 지급 여부, 법인의 소득을 부당하게 감소시키려는 주관적 의도 등 제반 사정을 종합적으로 고려할 때, 해당 보수가 임원의 직무집행에 대한 정상적인 대가라기보다는 주로 법인에 유보된 이익을 분여하기 위하여 대외적으로 보수의 형식을 취한 것에 불과하다면, 이는 이익처분으로서 손금불산입 대상이 되는 상여금과 그 실질이 동일하므로 법인세법 시행령 제43조에 따라 손금에 산입할 수 없다.’라고 하여 부과처분이 적법하다고 판시하였다.

② 임원의 상여금과 관련하여, 대법원 2013. 7. 12. 선고 2013두4842 판결은 특별한 근거 없이 인상한 임원의 상여금을 손금불산입하여 법인세를 부과한 사안에서, ‘구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법’이라 한다) 제19조 제1항, 제20조 제1호 본문, 구 법인세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법 시행령’이라 한다) 제43조 제1항은 ‘이익처분에 의하여 지급하는 상여금’을 원칙적으로 손금에 산입하지 않도록 규정하고, 법인세법 제26조는 “다음 각 호의 손비 중 대통령령이 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정되는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.”고 규정하면서 제1호에서 ‘인건비’를 들고 있으며, 그 위임에 의한 법인세법 시행령 제43조 제2항은 “법인이 임원에게 지급하는 상여금 중 정관ㆍ주주총회ㆍ사원총회 또는 이사회의 결의에 의하여 결정된 급여지급기준에 의하여 지급하는 금액을 초과하여 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.”고 규정하고 있다. 원고가 그 취업규칙에서 경영실적에 따라 상여금을 지급할 수 있다고 규정하고 원고의 2008. 3. 26.자 정기주주총회에서 임원 보수 한도를 회장ㆍ부회장의 경우 0000원으로 결의하였다고 하더라도 그것만으로는 법인세법 시행령 제43조 제2항 소정의 ‘급여지급기준’이 정해져 있다고 할 수 없고, 나아가 이 사건 상여금의 액수를 0000원으로 정한 근거를 알 수 없을 뿐만 아니라 그 액수가 2008 사업연도 당기순이익의 약 42%에 이르는 거액이어서 이를 임원 개인에 대한 임금으로 보기도 어렵다는 점 등에 비추어, 이 사건 상여금은 원고가 유보된 이익을 원고의 발행주식 71%를 보유한 지배주주인 강OO에게 배분하기 위하여 상여금의 형식을 취한 것으로서 실질적으로 이익처분에 의하여 지급되는 상여금에 해당한다.’라고 하여 손금불산입한 부과처분이 적법하다고 판시하였다.

③ 임원의 퇴직금과 관련하여, 대법원 2016. 2. 18. 선고 2015두50153 판결은, ‘임원에게 지급할 퇴직급여의 금액 또는 그 계산 기준을 정한 정관이나 정관에서 위임된 퇴직급여 지급규정(이하 통틀어 ‘임원 퇴직급여 규정’이라 한다)에 따라 지급된 임원 퇴직급여는 전액이 손금에 산입되는 것이 원칙이나, 임원 퇴직급여 규정이 근로 등의 대가로서 퇴직급여를 지급하려는 것이 아니라 퇴직급여의 형식을 빌려 특정 임원에게 법인의 자금을 분여하기 위한 일시적인 방편으로 마련된 것이라면, 이는 구 법인세법 시행령(2011. 3. 31. 대통령령 제22812호로 개정되기 전의 것) 제44조 제4항 제1호 또는 제5항에서 정한 임원 퇴직급여 규정에 해당하지 아니한다고 볼 것이다. 따라서 임원 퇴직급여 규정이 종전보다 퇴직급여를 급격하게 인상하여 지급하는 내용으로 제정 또는 개정되고, 그 제정 또는 개정에 영향을 미칠 수 있는 지위에 있거나 그와 밀접한 관계에 있는 사람이 퇴직임원으로서 급격하게 인상된 퇴직급여를 지급받게 되며, 그에 따라 지급되는 퇴직급여액이 해당 퇴직임원의 근속기간이나 근무내용 또는 다른 비슷한 규모의 법인에서 지급되는 퇴직급여액 등에 비추어 볼 때 도저히 재직기간 중의 근로나 공헌에 대한 대가라고 보기 어려운 과다한 금액이고, 그 규정 자체나 해당 법인의 재무상황 또는 사업전망 등에 비추어 그 이후에는 더 이상 그러한 퇴직급여가 지급될 수 없을 것으로 인정되는 등 특별한 사정이 있는 경우에는, 그 퇴직급여 규정은 실질적으로 근로의 대가로서 퇴직급여를 지급하기 위한 것이 아니라 퇴직급여의 형식을 빌려 그 임원에게 법인의 자금을 분여하기 위한 일시적 방편에 불과하다고 볼 것이므로, 이 경우에는 구 법인세법 시행령 제44조 제4항 제2호의 규정에 따라 산정되는 금액을 넘는 부분은 퇴직급여로 손금에 산입될 수 없다. 그리고 그와 같은 일시적인 방편에 불과한 임원 퇴직급여 규정을 만든 법인이 특정 임원에게 퇴직급여의 형식으로 법인의 자금을 분여하기 위하여 그 임원의 퇴직 직전에 퇴직급여의 산정 기초가 되는 월 급여를 아무런 합리적인 이유 없이 인상한 경우에는 인상되기 전의 월 급여를 기초로 하여 산정되는 금액만이 퇴직급여로 손금산입 대상이 된다고 보아야 한다.’라고 판시하였다.

④ 위와 같이 임원의 인건비 손금산입 여부와 관련하여, 대법원 2017. 9. 21. 선고 2015두60884 판결은 임원 인건비 중 손금불산입 대상이 되는 보수(급여)의 판단기준을 제시하였고, 대법원 2013. 7. 12. 선고 2013두4842 판결은 손금불산입 대상이 되는 임원 상여금의 판단기준을 제시하였으며, 대법원 2016. 2. 18. 선고 2015두50153 판결은 손금불산입 대상이 되는 퇴직금의 판단기준을 제시하였다.
 

나. 대상 판결의 의의

대상 판결은 재공제이익수수료 명목으로 회원 조합에게 배분한 금원의 실질이 잉여금의 처분에 해당하므로 손금에 산입할 수 없다고 판시하였다. 이는 실질과세 원칙에 따른 판단이다.

[유철형 변호사 프로필]

△ 법무법인(유한) 태평양 변호사
△ 기재부 고문변호사
△ (사)한국국제조세협회 부이사장
△ (사)한국세무학회 부회장
△ (사)한국세법학회 감사
△ (사)한국지방세학회 부회장
△ 전 행안부 고문변호사
△ 전 행안부 지방세예규심사위원회 위원
△ 전 기재부 세제실 국세예규심사위원회 위원
△ 전 국세청 고문변호사
△ 전 대한변호사협회 부협회장
△ 전 서울지방변호사회 부회장
△ 전 (사)한국조세연구포럼 회장