주택조합이 부가가치세법상 '사업자등록'을 하지 않으면 미분양 주택도 종합부동산세 과세 대상에 포함된다는 법원 판단이 나왔다.

26일 법조계에 따르면 서울행정법원 행정2부(신명희 부장판사)는 A자산신탁이 삼성세무서를 상대로 낸 종합부동산세 등 부과 처분 취소소송에서 원고 패소로 판결했다.

A자산신탁은 2019년 4월 지방의 한 아파트 주택조합과 미분양 아파트 54세대에 대해 부동산담보 신탁계약을 맺었다.

이후 2020년 종합부동산세 과세기준일인 6월 1일까지 신탁계약을 한 아파트 가운데 23세대가 미분양 상태로 남아 있었다.

세무서는 이 미분양 아파트가 종부세 과세표준 합산 대상이라고 보고 A자산신탁에 종부세 2천519만원과 농어촌특별세 503만원을 부과했다.

A자산신탁은 이에 불복해 지난해 2월 조세심판원에 심판청구를 했다가 기각되자 행정소송을 제기했다.

개정 전 종부세법에 따르면 사업자등록을 한 위탁자(이 경우 주택조합)가 소유한 미분양주택은 종부세 과세표준 합산에서 제외된다.

그런데 이 사건에서 주택조합은 국세기본법에 따라 '법인으로 보는 단체'로 승인받고 고유번호는 부여받았지만, 법인세법이나 소득세법상 '사업자등록'은 하지 않은 상태였다.

A자산신탁 측은 고유번호 발급이 '사실상 사업자등록에 준하는 것'이라고 주장했지만, 법원 판단은 달랐다.

재판부는 "부가가치세법은 사업자등록을 한 자와 고유번호를 부여받은 자 간에 그 권리와 의무를 달리 부여하고 있다"면서 "단지 고유번호만을 부여받은 사업자를 사업자등록을 한 자와 성질상 동일하다고 평가할 수 없다"고 판단했다.

그러면서 "만일 지역주택조합이 법인세법이나 소득세법상 소득의 귀속 주체가 되는데도 고유번호만을 유지한 채 사업자등록을 하지 않는다면 조세 탈루의 우려가 있다"라고도 지적했다.