인천시 연수구와 '세금 분쟁'을 겪은 기업과 기관이 수백억원이 걸린 조세 심판 결과에 희비가 엇갈렸다.

2일 인천시 연수구 등에 따르면 조세심판원은 최근 롯데쇼핑이 연수구를 상대로 제기한 조세심판 청구에 대한 기각 결정을 내렸다.

조세심판원은 행정청인 연수구가 '롯데몰 송도' 건립 사업 중단에 따라 사업자인 롯데쇼핑에 세금을 부과한 처분은 정당하다고 판단했다.

앞서 연수구는 롯데쇼핑이 송도국제도시에 복합쇼핑몰 건립을 추진하며 착공 신고를 했으나, 실질적인 공사를 진행하지 않은 사실을 파악했다.

이에 2016년부터 2020년까지 영업용 건축부지에 적용하는 별도합산세율이 아닌 종합합산세율을 적용해 10억3천만원의 재산세를 추징했다.

국세청이 이를 근거로 종합부동산세를 책정하면서 롯데쇼핑이 부담해야 할 세금은 약 320억원으로 불어났다.

지방세법에 따르면 건축 허가를 받아 개발 사업이 진행 중인 토지에는 세율이 낮은 별도합산세율이 적용되지만, 6개월 이상 공사가 중단된 경우 종합합산세율을 적용받는다.

롯데쇼핑은 공사 현장에 인력을 파견하고 지속해서 공사를 진행했다고 주장했으나 조세 심판에서 받아들여지지 않았다. 롯데쇼핑 측은 마지막 수단으로 행정소송에 나설 가능성이 큰 것으로 전해졌다.

이와 달리 송도국제도시에 국제캠퍼스를 둔 연세대는 연수구를 상대로 청구한 조세 심판에서 '과세 취소' 결정을 받으며 한숨을 돌렸다.

조세심판원은 연수구가 연세대에 재산세 등을 과세한 처분은 잘못됐다고 판단했다.

앞서 연수구는 연세대가 2015년부터 사설업체와 계약을 맺어 병원 건립 예정지를 사설 야구장으로 유상 임대한 것을 근거로 2016∼2020년 면제 세금 30억여원을 거둬들였다. 종부세까지 고려하면 100억원 이상의 지출이 예상되는 상황이었다.

지방세특례제한법에 따르면 학교와 외국 교육기관이 해당 용도에 맞게 부지를 사용할 경우 취득·재산세를 면제할 수 있다.

그러나 세금이 면제된 재산이 유료로 사용되는 경우 이미 면제가 이뤄진 재산세 등을 추징 조치할 수 있다고 명시돼 있다.

조세심판원은 "연세대는 학교 운동장을 주말에 개방하고 관리비 성격의 학교발전기금과 수수료를 받았다"면서도 "주중에는 학교용으로 직접 사용한 사실과 외부인에게 개방한 경위, 수취한 액수 등을 고려할 때 과세는 타당하지 않다"고 밝혔다.