1. 사실관계

가. 주식회사 OO코퍼레이션은 구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제25조 제1항 제1호에서 정한 중소기업으로 2006 사업연도에 결손금이 발생하자 2007년 3월 무렵 같은 법 제72조 제1항에 따라 결손금의 소급공제에 의한 환급을 신청하여 그 무렵 피고로부터 2005 사업연도의 법인세액을 한도로 계산한 3,679,636,470원(이하 ‘이 사건 환급세액’이라 한다)을 환급받았다.

나. 서울중앙지방법원은 2014. 10. 16. 주식회사 OO코퍼레이션에 대하여 파산을 선고하고 원고를 파산관재인으로 선임하였다(이하 편의상 파산선고 전후를 묻지 않고 주식회사 OO코퍼레이션과 원고를 ‘원고’로 같이 부른다).

다. 원고는 2005 사업연도 법인세의 과세표준과 세액에 영향을 미치는 법원의 화해권고결정이 확정되었다는 이유로 2016. 9. 1. 피고에게 2005 사업연도 법인세의 환급을 구하는 취지의 후발적 경정청구를 하였다. 피고는 이를 받아들여 2016년 10월 무렵 원고에게 이 사건 환급세액에 상당하는 2005 사업연도 법인세에 국세환급가산금을 더한 4,035,527,260원을 환급하기로 결정하였다.

라. 한편 피고는 이처럼 이 사건 환급세액 계산의 기초가 된 2005 사업연도 법인세액이 달라져 이 사건 환급세액이 과다하게 환급된 결과가 되었다는 이유로, 2016. 10. 17. 원고에게 구 법인세법 제72조 제5항, 구 법인세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제110조 제5항, 제6항에 따라 이 사건 환급세액과 이에 대한 그 통지일 다음 날부터의 1일 0.03%의 비율에 따른 이자상당액을 합한 7,530,008,080원을 2006 사업연도 법인세로 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
 

2. 쟁점

이 사건의 쟁점은 구 법인세법상 결손금 소급공제에 따른 환급결정 후 그 환급세액 계산의 기초가 된 직전 사업연도의 법인세액이나 과세표준금액이 달라져서 당초의 환급세액을 재결정하여 과다 환급액을 징수하는 처분이 과세처분인지 징수처분인지 여부(과세처분이면 부과제척기간이 적용되고, 징수처분이면 소멸시효가 적용됨)이다.
 

3. 대상 판결의 요지(대법원 2022. 11. 17. 선고 2019두51512 판결)

가. 구 법인세법 제72조 제1항은 ‘중소기업은 각 사업연도에 결손금이 발생한 경우 그 결손금에 대하여 직전 사업연도의 소득에 대하여 과세된 법인세액을 한도로 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 환급신청할 수 있다’고 규정하고, 그 제3항은 관할세무서장이 이러한 환급신청을 받은 때에는 지체 없이 환급세액을 결정하여 환급하도록 규정하고 있다. 구 법인세법 제72조 제5항은 ‘제3항의 규정에 의하여 법인세를 환급한 후 결손금이 발생한 사업연도에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정함으로써 결손금이 감소된 경우’에는 관할세무서장이 환급세액 중 그 감소된 결손금에 상당하는 세액에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산한 금액을 당해 결손금이 발생한 사업연도의 법인세로서 징수하도록 규정하고, 그 제6항은 ‘결손금의 소급공제에 의한 환급세액의 계산 기타 필요한 사항’을 대통령령으로 정하도록 위임하고 있다. 구 법인세법 시행령 제110조 제6항은 ‘당초 환급세액을 결정한 후 당해 환급세액 계산의 기초가 된 직전 사업연도의 법인세액 또는 과세표준금액이 달라진 경우’에는 관할세무서장이 즉시 당초의 환급세액을 재결정하여 추가로 환급하거나 과다하게 환급한 세액상당액을 징수하도록 규정하면서, 과다하게 환급한 세액상당액을 징수할 때에는 제5항의 규정을 준용하도록 하고, 그 제5항은 구 법인세법 제72조 제5항에서 위임한 이자상당액의 계산방법을 정하고 있다. 이러한 법인세법 관련 규정의 내용과 체계 등에 비추어 보면, 구 법인세법 시행령 제110조 제6항 등에 따른 이 사건 처분은 2006 사업연도 법인세의 부과 및 징수처분으로 보아야 한다. 그 구체적인 이유는 다음과 같다.

(1) 납세의무자가 조세를 납부할 의무는 조세법규에서 정한 과세요건이 충족되면 성립한다. 그러나 국가가 납세의무자에 대한 조세채권으로 징수절차에 나아가기 위해서는 그 납세의무의 내용을 구체적으로 확인하는 확정절차로서 납세의무자의 신고행위나 과세권자의 결정․경정 등의 부과처분이 필요하다. 그러한 절차를 통해 그 납세의무와 관련된 과세표준과 세액이 구체적으로 확정되어야 구체적 조세채무․채권관계가 발생한다.

(2) 구 법인세법 제72조 제5항 및 구 법인세법 시행령 제110조 제5항, 제6항에 따르면, 결손금 소급공제에 의하여 환급세액이 결정된 후 당초의 환급세액 계산의 기초가 된 직전 사업연도의 법인세액 또는 과세표준이 감소한 경우 관할세무서장은 과다하게 환급한 세액상당액에 그에 대한 이자상당액을 가산하여 해당 결손금이 발생한 사업연도의 법인세로서 징수하게 된다. 이러한 법인세 납부의무는 관할세무서장이 직전 사업연도 법인세액의 감소 등 그 요건의 충족 여부를 판단하여 환급세액을 재결정한 후 과다환급세액 및 그에 대한 이자상당액을 계산하여 세액을 확정하는 절차를 거쳐야 비로소 구체적 조세채무로 확정된다.

(3) 구 국세기본법(2017. 12. 19. 법률 제15220호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제51조 제8항은 국세환급금의 결정이 취소됨에 따라 세무서장이 이미 충당되거나 지급된 금액의 반환을 청구하는 경우에는 국세징수법의 고지․독촉 및 체납처분의 규정을 준용하도록 정하고 있다. 그런데 위 규정에 따른 국세환급금의 환수와 구 법인세법 시행령 제110조 제6항 등에 따른 환급세액의 환수는 그 부과 또는 징수하는 세액의 계산방법, 환수절차 등에서 서로 구분되므로, 구 법인세법 시행령 제110조 제6항 등에 따라 이루어진 이 사건 처분이 구 국세기본법 제51조 제8항에 따라 국세징수법이 준용되는 징수처분에 해당한다고 볼 수도 없다.

나. 원심은 같은 취지에서 이 사건 처분이 2006 사업연도 법인세의 부과 및 징수처분에 해당한다고 보고, 그에 관한 부과제척기간이 경과하여 위법하다고 판단하였다. 원심의 이러한 판단에 상고이유 주장과 같이 이 사건 처분의 법적 성격에 대한 법리 등을 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.
 

4. 대상 판결에 대하여

가. 국세환급에 관한 과세관청의 행위의 처분성

(1) 대법원은, 국세환급금의 충당은 국세기본법 제51조 제2항, 같은 법 시행령 제31조 등에 그 요건이나 절차, 방법이 따로 정하여져 있고 그 효과로 같은 법 제26조 제1호가 납세의무의 소멸을 규정하고 있으나, 그 충당이 납세의무자가 갖는 환급청구권의 존부나 범위 또는 소멸에 구체적이고 직접적인 영향을 미치는 처분이라기보다는 국가의 환급금 채무와 조세채권이 대등액에서 소멸되는 점에서 오히려 민법상의 상계와 비슷하고, 소멸대상인 조세채권이 존재하지 아니하거나 당연무효 또는 취소되는 경우에는 그 충당의 효력이 없는 것으로서 이러한 사유가 있는 경우에 납세의무자로서는 충당의 효력이 없음을 주장하여 언제든지 민사소송에 의하여 이미 결정된 국세환급금의 반환을 청구할 수 있다고 할 것이므로, 이는 국세환급결정이나 그 국세환급신청에 대한 거부결정과 마찬가지로 항고소송의 대상이 되는 처분이라고 할 수 없다는 입장이다(대법원 2004. 3. 25. 선고 2003다64435 판결 ; 대법원 1994. 12. 2. 선고 92누14250 판결 등).

(2) 또한 대법원은 국세환급금결정이나 이 결정을 구하는 신청에 대한 환급거부결정의 처분성에 관하여 대법원 1989. 6. 15. 선고 88누6436 전원합의체 판결 이래 현재까지 그 처분성을 부인하고 있다. 즉, 구 국세기본법(2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것) 제51조의 오납액과 초과납부액은 조세채무가 처음부터 존재하지 않거나 그 후 소멸되었음에도 불구하고 국가가 법률상 원인 없이 수령하거나 보유하고 있는 부당이득에 해당하고, 그 국세환급금결정에 관한 규정은 이미 납세의무자의 환급청구권이 확정된 국세환급금에 대하여 내부적 사무처리절차로서 과세관청의 환급절차를 규정한 것에 지나지 않고 위 규정에 의한 국세환급금결정에 의하여 비로소 환급청구권이 확정되는 것은 아니므로, 위 국세환급금결정이나 이 결정을 구하는 신청에 대한 환급거부결정은 납세의무자가 갖는 환급청구권의 존부나 범위에 구체적이고 직접적인 영향을 미치는 처분이 아니어서 항고소송의 대상이 되는 처분이라고 볼 수 없다는 것이다(대법원 2010. 2. 25. 선고 2007두18284 판결 ; 대법원 2009. 11. 26. 선고 2007두4018 판결 등).

(3) 대법원은 부가가치세 환급세액에 관하여 적용되는 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로개정되기 전의 것) 제24조1) 제1항에 따라 각각 발생한 부가가치세 환급세액 지급청구권을 양수하였음을 근거로 양수인이 국가를 상대로 제기한 부당이득반환청구의 민사소송에서, ‘부가가치세법령이 환급세액의 정의 규정, 그 지급시기와 산출방법에 관한 구체적인 규정과 함께 부가가치세 납세의무를 부담하는 사업자(이하 ‘납세의무자’라 한다)에 대한 국가의 환급세액 지급의무를 규정한 이유는, 입법자가 과세 및 징수의 편의를 도모하고 중복과세를 방지하는 등의 조세 정책적 목적을 달성하기 위한 입법적 결단을 통하여, 최종 소비자에 이르기 전의 각 거래단계에서 재화 또는 용역을 공급하는 사업자가 그 공급을 받는 사업자로부터 매출세액을 징수하여 국가에 납부하고, 그 세액을 징수당한 사업자는 이를 국가로부터 매입세액으로 공제ㆍ환급받는 과정을 통하여 그 세액의 부담을 다음 단계의 사업자에게 차례로 전가하여 궁극적으로 최종 소비자에게 이를 부담시키는 것을 근간으로 하는 전단계세액공제 제도를 채택한 결과, 어느 과세기간에 거래징수된 세액이 거래징수를 한 세액보다 많은 경우에는 그 납세의무자가 창출한 부가가치에 상응하는 세액보다 많은 세액이 거래징수되게 되므로 이를 조정하기 위한 과세기술상, 조세 정책적인 요청에 따라 특별히 인정한 것이라고 할 수 있다.

따라서 이와 같은 부가가치세법령의 내용, 형식 및 입법 취지 등에 비추어 보면, 납세의무자에 대한 국가의 부가가치세 환급세액 지급의무는 그 납세의무자로부터 어느 과세기간에 과다하게 거래징수된 세액 상당을 국가가 실제로 납부받았는지와 관계없이 부가가치세법령의 규정에 의하여 직접 발생하는 것으로서, 그 법적 성질은 정의와 공평의 관념에서 수익자와 손실자 사이의 재산상태 조정을 위해 인정되는 부당이득 반환의무가 아니라 부가가치세법령에 의하여 그 존부나 범위가 구체적으로 확정되고 조세 정책적 관점에서 특별히 인정되는 공법상 의무라고 봄이 타당하다. 그렇다면 납세의무자에 대한 국가의 부가가치세 환급세액 지급의무에 대응하는 국가에 대한 납세의무자의 부가가치세 환급세액 지급청구는 민사소송이 아니라 행정소송법 제3조 제2호에 규정된 당사자소송의 절차에 따라야 한다.‘고 판시함으로써 확정된 부가가치세액의 반환을 구하는 청구는 민사소송이 아닌 당사자소송이라는 점을 최초로 밝혔다(대법원 2013. 3. 21. 선고 2011다95564 전원합의체 판결).

위 2011다95564 전원합의체 판결은 모든 환급세액 지급청구를 당사자소송의 대상으로 본 것이 아니라, 당사자와 과세관청 사이에 다툼이 없이 확정된 부가가치세액의 환급청구만을 당사자소송의 대상으로 본 것이다.2) 일반적으로 청구권의 법적 성질에 따라 그 소송형식(민사소송인 부당이득반환청구소송, 행정소송인 당사자소송 또는 항고소송으로서의 취소소송 등)이 다르게 되는데, 문제는 법률에 규정된 청구권의 법적 성질이 명확하지 않고, 이 점에서 납세자의 입장에서 권리구제방법의 선택에 큰 혼란을 주게 되는 문제가 있다.

(4) 대법원은 구 법인세법상 결손금 소급공제 환급결정이 행정처분에 해당하는지 여부와 관련하여, ‘구 법인세법상 결손금 소급공제는 일정한 중소기업을 대상으로 특별히 조세정책적 목적에서 인정된 제도로서 납세자의 신청에 기하여 관할 세무서장이 이월결손금의 발생 등 그 실체적 요건 및 절차적 요건의 충족 여부를 판단하여 환급세액을 결정함으로써 납세자의 환급청구권이 비로소 확정되므로(대법원 2000. 10. 27. 선고 2000다25590 판결 참조), 결손금 소급공제 환급결정은 납세자의 권리․의무에 직접 영향을 미치는 과세관청의 행위로서 행정처분에 해당한다고 보아야 한다. 따라서 과세관청은 결손금 소급공제 환급결정을 직권으로 취소한 이후에야 비로소 납세자를 상대로 착오환급 내지 과다환급한 환급세액을 강제징수할 수 있다’고 하였다(대법원 2016. 2. 18. 선고 2013다206610 판결).

(5) 결어

국세환급과 관련한 과세관청의 행위의 처분성을 부인하는 대법원의 입장과 관련하여, 국세환급금의 충당은 국세기본법 제51조에 그 요건이 법정되어 있고 그 요건이 충족되면 과세관청은 충당결정을 하여야 하며, 이를 납세의무자에게 통지하여야 하고, 이러한 충당에 의해 납세의무자의 재산권인 환급채권이 소멸하며, 그 한도에서 조세채무가 소멸하는 효과가 발생한다는 점 등을 근거로 국세기본법 제51조에 따른 국세환급금의 충당은 권리의무에 직접적인 영향을 미치는 것으로서 공권력의 행사인 처분이라고 해석하여야 한다는 견해가 있다.3)

위에서 본 바와 같이 국세환급충당, 국세환급금결정이나 환급거부결정의 처분성에 대해 대법원이 일부 다른 입장을 취함으로 인하여 납세자는 국세환급과 관련한 과세관청의 어떠한 처리가 있을 때에 어떤 권리구제절차(민사소송 또는 행정소송으로 해야 할지, 행정소송으로 하는 경우에도 취소소송 또는 당사자소송으로 해야 할지 등)를 취하여야 할지 매우 혼란스럽게 된다. 국세환급충당, 국세환급금결정이나 환급거부결정이 납세자의 재산권에 직접 영향을 미친다는 점을 부인하기는 어렵고, 따라서 이를 행정처분으로 보더라도 특별한 문제가 없다면 납세자 권리구제의 측면에서는 모두 처분으로 인정할 필요가 있다.
 

나. 국세환급금의 분류

국세기본법 제51조에 따른 국세환급금에는 오납금, 과납금, 환급세액의 세 가지가 있다. 오납금은 납부 또는 징수의 기초가 된 신고 또는 부과처분이 부존재하거나 당연무효임에도 불구하고 납부 또는 징수된 세액을 하고, 이러한 오납금은 납부 또는 징수시에 발생하여 확정되고, 곧바로 민사소송으로 환급금의 지급을 청구할 수 있다는 것이 현재까지 판례의 입장이다.

과납금은 신고 또는 부과처분이 당연무효는 아니나 그 후 취소 또는 경정됨으로써 그 전부 또는 일부가 감소된 세액을 말하고, 따라서 신고나 부과처분과 같은 조세채권 확정행위가 취소·경정되어야 발생한다. 이러한 과납금은 민사소송으로 바로 그 이행을 청구할 수 없고, 먼저 부과처분이나 경정처분, 경정거부처분에 대한 취소소송으로 그 처분을 취소한 후 과세관청이 환급하지 않는 경우 민사소송으로 구제받을 수 있다는 것이 현재 판례의 입장이다.

한편, 환급세액은 적법하게 납부 또는 징수되었으나 그 후 국가가 보유할 정당한 이유가 없게 되어 각 개별 세법에서 환부하기로 정한 세액을 말한다.
 

다. 부과처분과 징수처분의 구분 관련 사례

대법원 2022. 6. 16. 선고 2022두35749 판결(심리불속행 상고기각)의 원심(서울고등법원 2022. 1. 20. 선고 2021누33014 판결)은, A법인이 B법인으로부터 상품을 매입하여 C법인에게 공급하였으나, 과세관청은 B법인이 C법인에게 직접 상품을 공급한 것이고 A법인과 B법인 사이의 거래는 가공거래라는 이유로 A법인에게 위 상품에 관한 매출액과 매입액의 차액을 과세표준에서 제외하여 법인세를 환급하였는데, 그 후 감사원 감사에서 위 차액을 A법인의 자산수증익으로 과세하여야 한다고 하자, 과세관청이 A법인에게 환급액과 동일한 금액의 법인세를 부과한 사안에서, ① 이 사건 처분 관련 처분서인 ‘납세고지서 겸 영수증’(갑 제1호증)의 ‘세액 산출근거’란에는 ‘이 납세고지는 2012년에 귀속되는 법인세’라고 그 세목 및 귀속사업연도가 명시되어 있고, 과세표준, 세율, 산출세액, 가산세 및 각종 공제세액 등 고지된 세액의 산출근거가 구체적으로 기재되어 있을 뿐만 아니라 ‘가산세 산출근거’란에도 가산세 세부내역으로 ‘중간예납미납부’라고 명시되어 있으며, 위 납세고지서 어디에도 그것이 국세환급금의 환수처분임을 알 수 있는 내용은 전혀 기재되어 있지 않은바, 이러한 납세고지서의 기재내용에 의할 때 이 사건 처분 관련 납세고지서는 통상의 부과처분에 따른 납부고지서라고 보일 뿐인 점, ② 국세환급금의 환수처분에 관한 납세고지서에는 그것이 국세환급금의 환수처분임을 명시함으로써 납세의무자의 불복 여부의 결정이나 불복신청에 지장을 초래하지 아니하도록 하여야 하고, 그 납세고지서에 이러한 사항이 제대로 기재되지 아니하였다면 특별한 사정이 없는 한 그에 관한 환수처분은 위법하다고 보아야 할 것인데(대법원 2014. 1. 16. 선고 2013두17305 판결 등 참조), 이 사건 납세고지서의 기재내용만으로는 환수처분임을 전혀 알 수 없어 그 자체로도 위법하여 취소사유에 해당할 뿐인 점, ③ 피고는 원고에게 이 사건 환급을 하기에 앞서 당초 처분에 대한 감액경정결의서를 작성하였는데, 그 경정결의서에 의하면 이 사건 거래가 가공거래라는 이유로 관련 매출액 및 매입액에 대하여 익금불산입 및 손금불산입하는 것으로 세무조정을 하였고, 이후 감사원 지적에 따라 이 사건 처분을 하면서도 이 사건 거래가 여전히 가공거래임을 전제로 관련 매출액 및 매입액에 대하여 익금불산입 및 손금불산입을 하면서, 이 사건 차액에 상당하는 4,434,420,840원에 대해서는 ‘잡수익’으로 하여 익금에 가산하는 것으로 세무조정을 하였는바, 이와 같은 경정결의서 기재내용에 비추어 보더라도 이 사건 처분은 감액경정 후 추가로 증액경정사유가 발생함에 따라 이루어진 증액경정처분이라고 봄이 상당하다는 점, ④ 피고는 이 사건 처분을 통하여 당초 원고가 신고한 법인세 과세표준이 전혀 증가하지 않았으므로 이 사건 처분은 부과처분이 될 수가 없다고 주장하나, 이 사건 처분은 원고의 당초 신고에 의하여 확정된 법인세에 대한 감액경정 후에 이루어진 것으로 과세표준의 증가 여부는 당초 신고한 것과 비교할 것이 아니라 감액경정에 따른 과세표준과 비교해야 하는 것이므로, 주장 자체로 타당하지 않다는 점, ⑤ 피고는 ‘국세환급통지서’(갑 제6호증)상의 금액과 ‘납세고지서 겸 영수증’(갑 제1호증)의 금액이 완전히 일치한다는 점을 근거로 이 사건 처분이 환수처분에 따른 징수처분이라고도 주장하나, 원고에 대한 환급은 당초 이 사건 거래가 가공거래임을 이유로 관련 매입액과 매출액을 손금불산입 및 익금불산입함으로써 이루어진 것임에 반하여, 이 사건 처분은 위와 같이 이 사건 거래 관련 매입액과 매출액에 대하여 세무조정을 하는 것은 맞지만 그 이외에도 이 사건 차액이 자산수증이익이기 때문에 이를 익금산입함에 따라 한 것이기 때문에 결과적으로 세액이 동일하다고 하더라도 그 처분의 근거까지 동일하다고 할 수는 없고, 또한 이 과정에서 피고는 환급가산금에 해당하는 금액에 대해서는 경정결의서에 의하더라도 가산세로서 부과하였음이 명백하다는 점 등 이 사건 처분 관련 납부고지서 및 경정결의서의 각 기재 내용 및 이 사건 처분의 경위, 이 사건 소송의 경과 등에 비추어 볼 때, 이 사건 처분은 감액경정 후에 이루어진 증액경정에 따른 부과처분에 해당하고, 이와 달리 환수처분에 따른 징수처분으로 볼 수는 없다고 판단한 다음, ‘원고(A)는 당초 2012 사업연도 법인세를 신고하면서 이 사건 거래에 따른 매출액 및 매입액에 관하여 익금 및 손금산입함으로써 이 사건 차액에 해당하는 금액을 모두 과세표준에 포함시켰고, 그에 따른 산출세액을 모두 납부하였으므로 2012 사업연도 법인세를 포탈한 적이 없다. 이후 피고는 이 사건 거래가 가공거래임을 이유로 원고의 이러한 세무처리를 부정하고 이 사건 거래 관련 매출액 및 매입액 모두에 대하여 익금불산입 및 손금불산입하는 세무조정을 하였고, 그 결과 이 사건 차액에 해당하는 금액이 과세표준에서 제외되어 세액이 감액됨에 따라 감액경정을 거쳐 이 사건 환급을 2018. 3. 15.에 하였다. 이러한 피고의 감액경정에 따른 이 사건 환급 후 감사원 지적이 있자, 피고는 이 사건 차액 상당액을 자산수증이익으로 보고 증액경정을 거쳐 이 사건 처분을 한 것이다. 이처럼 이 사건 차액 상당액에 관한 법인세가 원고에게 환급됨에 따라 결과적으로 위 법인세 상당액의 과세누락이 발생하기는 하였으나, 이는 피고가 세무조사에 따라 원고에게 위 법인세 상당액을 환급하였기 때문이다. 그 외 원고가 위 법인세 상당액을 환급받기 위하여 사기나 그 밖의 부정한 행위를 한 사실은 없고, 그에 관한 피고의 주장이나 입증도 없다. 또한 원고의 환급금 수령행위 자체를 부정행위로 볼 수도 없다. 사정이 이러하다면 비록 피고의 주장과 같이 원고가 당초 C와 함께 ERP 기록 등을 조작하는 등으로 이 사건 거래와 관련하여 사기･기타 부정한 행위를 하였다고 하더라도 당초 법인세 신고･납부에 있어서 어떠한 조세 포탈도 하지 않은 이상 10년의 부과제척기간을 적용할 수는 없다. 따라서 원고에 대한 2012 사업연도 법인세에 있어서는 5년의 부과제척기간이 적용되어야 하는데, 이 사건 처분은 2012 사업연도 법인세를 부과할 수 있는 날인 2013. 4. 1.부터 5년이 도과하였음이 역수상 명백한 2019. 8. 1. 이루어졌다. 그러므로 이 사건 처분은 위법하다.’라고 판시하였다.
 

라. 대상 판결의 의의

대상 판결은 구 법인세법상 결손금 소급공제에 따른 환급결정 후 그 환급세액 계산의 기초가 된 직전 사업연도의 법인세액이나 과세표준금액이 달라져서 당초의 환급세액을 재결정하여 과다 환급액을 징수하는 처분의 법적 성격이 징수처분이 아니라 과세처분이라는 점을 명확하게 확인해 준 판결로서 의미가 있다.

[관련 설명]

1) 제24조 (환급)① 사업장 관할세무서장은 각 과세기간별로 당해 과세기간에 대한 환급세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업자에게 환급하여야 한다.
② 사업장 관할세무서장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 의하여 환급세액을 사업자에게 환급할 수 있다.1. 제11조의 규정이 적용되는 때2. 사업설비를 신설·취득·확장 또는 증축하는 때
2) 김동국, “부가가치세 환급세액 지급청구가 당사자소송의 대상인지 여부”, 대법원판례해설 제95호(2013).
3) 김영순·서대원, “조세환급금 충당통지의 처분성에 관한 연구”, 행정판례연구 제17-1집(2012. 6.).

[유철형 변호사 프로필]

△ 법무법인(유한) 태평양 변호사
△ 기재부 고문변호사
△ 전 행안부 고문변호사
△ 전 행안부 지방세예규심사위원회 위원
△ 전 기재부 세제발전심의위원회 위원
△ 전 대한변호사협회 부협회장
△ 전 기재부 세제실 국세예규심사위원회 위원
△ 전 국세청 고문변호사
△ 전 서울지방변호사회 부회장
△ 전 (사)한국조세연구포럼 회장