1. 사실관계

가. 원고는 2013. 7. 26. 주식회사 B(이하 ‘소외 회사’라 한다)가 조성하는 산업단지 내 산업시설용지(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 매수하고, 2015. 3. 18. 소외 회사에 매매대금을 완납함으로써 이 사건 토지를 취득하였다.

나. 원고는 2016. 5. 31. 피고에게 구 지방세특례제한법(2016. 12. 27. 법률 제14477호로 개정되기 전의 것) 제78조 제4항이 정한 사업시행자 외의 자가 산업단지 등에서 취득하는 부동산에 대한 지방세 경감특례에 따라 경감된 취득세, 농어촌특별세 및 지방교육세(이하 ‘취득세 등’이라 한다)를 신고ㆍ납부하였다.

다. 원고는 이 사건 토지 위에 공장건물을 완공하여 2019. 5. 16. 사용승인을 받은 다음, 피고에게 위와 같이 경감된 취득세 등의 감면분을 추가로 신고하고, 피고가 고지한 납부불성실 가산세와 함께 납부하였다.

라. 원고는 2019. 7. 26. 위와 같이 납부한 취득세 등의 감면분(가산세 포함)의 반환을 구하는 취지의 경정청구를 하였는데, 피고는 2019. 7. 29. 구 지방세특례제한법(2021. 12. 28. 법률 제18656호로 개정되기 전의 것) 제78조 제5항 제1호(이하 ‘이 사건 추징규정’이라 한다)를 근거로 이를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

2. 쟁점

이 사건의 쟁점은 구 지방세특례제한법(2021. 12. 28. 법률 제18656호로 개정되기 전의 것) 제78조 제5항 제1호가 정한 취득세 추징 유예기간의 기산일이다.

3. 대상 판결의 요지(대법원 2022. 11. 17. 선고 2022두47063 판결)

가. 구 지방세특례제한법(2016. 12. 27. 법률 제14477호로 개정되기 전의 것) 제78조 제4항 제1호, 제2호 (가)목은 사업시행자 외의 자로서 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 산업단지 등에서 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2016년 12월 31일까지 경감한다고 정하고, 이 사건 추징규정은 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년(이하 ‘유예기간’이라 한다)이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다. 이 사건 추징규정을 둔 입법취지와 문언에 비추어 보면, 사업시행자 외의 자가 산업단지 등에서 취득하여 취득세를 감면받은 부동산을 정당한 사유 없이 유예기간이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 않았는지 여부는 특별한 사정이 없는 한 그 취득일을 기준으로 기산하여 판단하여야 한다.

나. 원심은, 그 판시 증거들을 종합하여 이 사건 토지는 소외 회사의 산업단지 조성공사가 마무리된 2016년 4월 무렵부터 사용가능하였다는 사실을 인정한 다음 원고가 이러한 사정을 과실 없이 알 수 없었다는 등의 이유를 들어 당초 이 사건 토지에 관한 매매계약에서 정한 토지사용가능일인 2016. 6. 30.에 이르러서야 비로소 원고가 이 사건 토지를 사용할 수 있었다고 보아야 하고, 그때로부터 3년이 경과하기 전인 2019. 5. 16. 이 사건 토지 위에 완공된 공장건물에 대한 사용승인을 받음으로써 이 사건 토지를 해당 용도로 직접 사용하였으므로, 이와 다른 전제의 이 사건 처분은 위법하다고 판단하였다.

다. 그러나 앞서 본 이 사건 추징규정의 내용 및 법리에 비추어 보면 원심의 이러한 판단은 그대로 받아들이기 어렵다. 즉 원심의 판단과 같이 원고가 2016. 6. 30. 전에는 이 사건 토지를 사용할 수 없어 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 데에 정당한 사유가 있었다고 보더라도, 원고가 이 사건 토지를 취득한 2015. 3. 18.부터 3년의 유예기간이 경과한 2018. 3. 18.까지 이 사건 토지를 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 이상, 2016. 6. 30.부터 2018. 3. 18.까지 이 사건 토지를 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 데에도 정당한 사유가 있는지 여부를 심리하여 이 사건 처분의 적법 여부를 판단하였어야 한다.

라. 그런데도 원심은 이 부분에 대한 아무런 심리 없이 취득일이 아닌 2016. 6. 30.부터 3년이 경과하기 전에 원고가 이 사건 토지를 직접 사용하였다는 이유만으로 이 사건 처분이 위법하다고 판단하고 말았다. 원심의 이러한 판단에는 이 사건 추징규정이 정한 정당한 사유에 관한 법리를 오해하는 등으로 심리를 다하지 아니하여 판결 결과에 영향을 미친 잘못이 있다.

4. 대상 판결에 대하여

가. 지방세법상 취득시기(취득세 납세의무 성립시기인 취득일)

(1) 관련 규정

지방세법(2022. 6. 10. 법률 제18957호로 개정된 것) 제7조 제2항은 “② 부동산등의 취득은 「민법」, 「자동차관리법」, 「건설기계관리법」, 「항공안전법」, 「선박법」, 「입목에 관한 법률」, 「광업법」, 「수산업법」 또는 「양식산업발전법」 등 관계 법령에 따른 등기·등록 등을 하지 아니한 경우라도 사실상 취득하면 각각 취득한 것으로 보고 해당 취득물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다. 다만, 차량, 기계장비, 항공기 및 주문을 받아 건조하는 선박은 승계취득인 경우에만 해당한다.”고 규정하고 있다. 그리고 같은 법 시행령(2022. 8. 31. 대통령령 제32894호로 개정된 것) 제20조는 취득시기에 관하여 “① 무상승계취득의 경우에는 그 계약일(상속 또는 유증으로 인한 취득의 경우에는 상속 또는 유증 개시일을 말한다)에 취득한 것으로 본다.

다만, 해당 취득물건을 등기·등록하지 아니하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 서류에 의하여 계약이 해제된 사실이 입증되는 경우에는 취득한 것으로 보지 아니한다.1. 화해조서·인낙조서(해당 조서에서 취득일부터 60일 이내에 계약이 해제된 사실이 입증되는 경우만 해당한다)2. 공정증서(공증인이 인증한 사서증서를 포함하되, 취득일부터 60일 이내에 공증받은 것만 해당한다)3. 행정안전부령으로 정하는 계약해제신고서(취득일부터 60일 이내에 제출된 것만 해당한다)② 유상승계취득의 경우에는 다음 각 호에서 정하는 날에 취득한 것으로 본다.

1. 법 제10조 제5항 제1호부터 제4호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일2. 제1호에 해당하지 아니하는 유상승계취득의 경우에는 그 계약상의 잔금지급일(계약상 잔금지급일이 명시되지 아니한 경우에는 계약일부터 60일이 경과한 날을 말한다). 다만, 해당 취득물건을 등기·등록하지 아니하고 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 서류에 의하여 계약이 해제된 사실이 입증되는 경우에는 취득한 것으로 보지 아니한다.가. 화해조서·인낙조서(해당 조서에서 취득일부터 60일 이내에 계약이 해제된 사실이 입증되는 경우만 해당한다)나. 공정증서(공증인이 인증한 사서증서를 포함하되, 취득일부터 60일 이내에 공증받은 것만 해당한다)다. 행정안전부령으로 정하는 계약해제신고서(취득일부터 60일 이내에 제출된 것만 해당한다)라. 부동산 거래신고 관련 법령에 따른 부동산거래계약 해제등 신고서(취득일부터 60일 이내에 등록관청에 제출한 경우만 해당한다)”라고 규정하고 있다.

부동산에 대한 매매계약을 체결한 후 매수인이 잔대금지급채무를 이행하지 아니한다는 이유로 매도인이 매매계약을 해제하였다면, 위 매매계약은 소급하여 그 효력이 상실되므로 그 매매계약을 원인으로 한 양도소득세나 부가가치세를 과세할 수 없다는 것이 확립된 판례이다(대법원 2002. 9. 27. 선고 2001두5972 판결, 대법원 2002. 9. 27. 선고 2001두5989 판결 등).

그럼에도 불구하고 지방세법 시행령과 같이 공증을 받은 시기나 계약해제신고서의 제출시기를 기준으로 해제 효과를 제한하는 규정이 법리상 유효한 것인지, 그리고 입법론상 타당한 것인지 의문이다.

우선 법리상으로 아래 나.③항의 대법원 2016. 1. 28. 선고 2015두52012 판결은 구 지방세법 시행령 제20조 제1항 제2호가 명문으로 “취득일부터 60일 이내에 작성된 공정증서 등”이라고 규정하고 있음에도 불구하고 취득일부터 60일이 지나서 공증받은 서류를 근거로 부동산 지분의 증여가 취득일부터 60일 이내에 해제된 사실이 증명되었다고 판단하였고, 따라서 해당 사건의 원고가 위 지분을 취득한 것으로 볼 수 없다고 하였다. 위 2015두52012 판결의 취지대로라면, 현행 지방세법 시행령 제20조 제1항과 제1항에 의하더라도 동일한 결론이 나올 가능성이 높다. 법리상으로 볼 때 취득시기를 대통령령에 위임한 지방세법 제10조 제8항이 계약해제의 입증방법을 제한하는 내용도 위임한 것으로 보기는 어렵다. 입증방법을 제한하는 지방세법 시행령 제20조 제1항과 제2항은 모법의 위임범위를 넘은 규정으로 위임입법의 원칙에 위반되는 규정이라고 볼 수도 있다.

또한 입법론에서 볼 때 계약해제의 입증방법을 위와 같이 제한할 이유가 있는지 의문이다. 실제로는 취득일부터 60일 이내에 계약을 해제하였고, 그러한 사실이 관련 증거로 충분히 증명되었음에도 불구하고 단지 현행 지방세법 시행령 제20조 제1항 및 제2항 각호에 해당되는 서류를 작성하지 아니하였다는 이유로 취득으로 간주하는 것은 지나치게 과세관청의 편의만을 고려한 입법이라는 비난을 면할 수 없다. 계약해제 여부는 사실인정의 문제이므로 입법론으로는 취득일부터 60일 이내에 계약이 해제된 사실이 인정되는 경우에는 취득에서 제외하고, 그와 같은 계약해제사실의 입증방법에 대해서는 아무런 제한을 둘 필요가 없다. 어떤 방법으로든 취득일부터 60일 이내에 계약이 해제된 사실이 증명되었다면 계약해제의 법리상 그 매매계약의 효력은 소급적으로 소멸하여 매수인의 취득이 인정될 수 없기 때문이다.

(2) 취득시기 관련 판례

① 대법원 2020. 1. 16. 선고 2019두53075 판결은 구 도시 및 주거환경정비법 제65조 제2항 후단에 따라 사업시행자가 용도폐지되는 정비기반시설을 구성하는 부동산을 취득하는 경우 이에 대한 취득세 납세의무 성립일인 취득시기와 관련하여, ‘구 「도시 및 주거환경정비법」(2017. 2. 8. 법률 제14567호로 전부개정되기 전의 것, 이하 ‘구 도시정비법’이라고 한다) 제65조 제2항은 “시장․군수 또는 주택공사 등이 아닌 사업시행자가 정비사업의 시행으로 새로이 설치한 정비기반시설은 그 시설을 관리할 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 귀속되고, 정비사업의 시행으로 인하여 용도가 폐지되는 국가 또는 지방자치단체 소유의 정비기반시설은 그가 새로이 설치한 정비기반시설의 설치비용에 상당하는 범위 안에서 사업시행자에게 무상으로 양도된다.”라고 규정하고 있다.

위 조항 후단에 따라 사업시행자가 용도폐지되는 정비기반시설을 구성하는 부동산을 취득하는 것은 무상의 승계취득에 해당하는데(대법원 2019. 4. 3. 선고 2017두66824 판결 등 참조), 이에 대한 취득세 납세의무 성립일인 취득시기는 구 도시정비법 제65조 제4항에서 정한 ‘정비사업이 준공인가되어 관리청에 준공인가통지를 한 때’라고 봄이 타당하다.’고 판시하였다.

② 대법원 2018. 3. 22. 선고 2014두43110 전원합의체 판결은 3자간 등기명의신탁에서 취득세 납세의무의 성립시기(취득일)와 납세의무자가 쟁점이 된 사안에서, ‘관련 규정의 문언 내용과 아울러 구 지방세법 제105조 제2항에서 규정한 ‘사실상 취득’이란 일반적으로 등기와 같은 소유권 취득의 형식적 요건을 갖추지는 못하였으나 대금의 지급과 같은 소유권 취득의 실질적 요건을 갖춘 경우를 말하는 점 등을 종합하여 보면, 매수인이 부동산에 관한 매매계약을 체결하고 소유권이전등기에 앞서 매매대금을 모두 지급한 경우 사실상의 잔금지급일에 구 지방세법 제105조 제2항에서 규정한 ‘사실상 취득’에 따른 취득세 납세의무가 성립하고(대법원 2005. 1. 13. 선고 2003두10343 판결, 대법원 2007. 5. 11. 선고 2005두13360 판결, 대법원 2014. 1. 23. 선고 2013두18018 판결 참조), 그 후 그 사실상의 취득자가 그 부동산에 관하여 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마치더라도 이는 잔금지급일에 ‘사실상 취득’을 한 부동산에 관하여 소유권 취득의 형식적 요건을 추가로 갖춘 것에 불과하므로, 잔금 지급일에 성립한 취득세 납세의무와 별도로 그 등기일에 구 지방세법 제105조 제1항에서 규정한 ‘취득’을 원인으로 한 새로운 취득세 납세의무가 성립하는 것은 아니다(대법원 2013. 3. 14. 선고 2010두28151 판결 참조). 이러한 법리는 매매대금을 모두 지급하여 부동산을 사실상 취득한 자가 3자간 등기명의신탁 약정에 따라 명의수탁자 명의로 소유권이전등기를 마쳤다가 그 후 해당 부동산에 관하여 자신의 명의로 소유권이전등기를 마친 경우에도 마찬가지로 적용된다.’라고 판시하여 3자간 등기명의신탁의 경우에는 명의신탁자가 잔금을 지급한 날에 해당 부동산을 사실상 취득한 것이고, 이 날을 취득일로 하여 명의신탁자에게만 1회적으로 취득세 납세의무가 성립한다고 하였다.

③ 대법원 2016. 1. 28. 선고 2015두52012 판결은 공증인이 인증한 사서증서가 구 지방세법 시행령 제20조 제1항 단서에서 정한 ‘화해조서ㆍ인낙조서ㆍ공정증서 등’에 포함되는지, 무상승계취득일부터 60일 이내에 계약이 해제되고 그 사실이 화해조서ㆍ인낙조서ㆍ공정증서 및 공증인이 인증한 사서증서에 의하여 증명되는 경우 구 지방세법 시행령 제20조 제1항 단서에 해당하여 물건을 취득한 것으로 보지 아니하는지, 화해조서ㆍ인낙조서ㆍ공정증서의 작성 및 사서증서에 대한 공증인의 인증이 취득일부터 60일이 지난 후에 이루어졌다는 사유만으로 달리 볼 것인지 여부가 쟁점이 된 사안에서, ‘가. 지방세법 제10조 제7항의 위임에 따라 취득세 과세물건의 취득시기 등을 정하고 있는 구 지방세법 시행령(2014. 8. 12. 대통령령 제25545호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제20조 제1항(이하 ‘이 사건 시행령 규정’이라 한다)은 “무상승계취득의 경우에는 그 계약일(상속 또는 유증으로 인한 취득의 경우에는 상속 또는 유증 개시일을 말한다)에 취득한 것으로 본다.

다만 해당 취득물건을 등기․등록하지 아니하고 취득일부터 60일 이내에 계약이 해제된 사실이 화해조서․인낙조서․공정증서 등으로 입증되는 경우에는 취득한 것으로 보지 아니한다.”고 규정하고 있다. 한편 2014. 8. 12. 대통령령 제25545호로 개정된 지방세법 시행령 제20조 제1항 단서는, 무상승계취득의 경우에 해당 취득물건을 등기ㆍ등록하지 아니하고 각 호에서 정한 서류에 의하여 취득일부터 60일 이내에 계약이 해제된 사실이 입증되는 경우에는 취득한 것으로 보지 아니한다고 규정하고, 그 증명 서류가 ‘화해조서ㆍ인낙조서’인 경우에는 이 사건 시행령 규정과 마찬가지로 그 작성시기를 제한하지 아니한 반면(제1호), 그 증명 서류가 공정증서인 경우에는 ‘취득일부터 60일 이내에 작성된 공정증서’로 제한하였다(제2호). 그리고 공증인이 인증한 사서증서는 특별한 사정이 없는 한 이 사건 시행령 규정 단서에서 정한 ‘화해조서ㆍ인낙조서ㆍ공정증서 등’에 포함된다(대법원 2008. 12. 24. 선고 2008두17806 판결 참조).

조세법률주의의 요청에 의하여 조세법령의 해석과 적용은 엄격하게 하여야 하고 유추적용이나 확대해석이 허용되지 아니함이 원칙이므로(대법원 1983. 12. 27. 선고 83누213 판결 등 참조), 이에 비추어 이 사건 시행령 규정 단서의 문언과 그 개정 경위 및 공정증서 등의 범위에 관한 법리를 종합하여 보면, 무상승계취득의 경우에 그 취득일부터 60일 이내에 계약이 해제되고 그 사실이 화해조서ㆍ인낙조서ㆍ공정증서 및 공증인이 인증한 사서증서에 의하여 증명되는 때에는 이 사건 시행령 규정 단서에 해당하여 해당물건을 취득한 것으로 보지 아니한다고 해석함이 타당하며, 그 화해조서ㆍ인낙조서ㆍ공정증서의 작성 및 위 사서증서에 대한 공증인의 인증이 그 취득일부터 60일이 지난 후에 이루어졌다는 사유만으로 달리 볼 것은 아니다.

나. 이러한 사실관계를 앞에서 본 법리에 비추어 살펴보면, 비록 위 증여계약일부터 60일이 지난 후에 위 해제계약서를 인증받았다 하더라도, 그 해제계약서 인증 서류에 의하여 위 증여계약일부터 60일 이내에 증여계약이 해제된 사실이 증명된다고 인정되는 경우에는, 이 사건 시행령 규정 단서에 의하여 원고가 이 사건 부동산 지분을 취득하지 아니한 것으로 볼 수 있다.’고 판시하였다.

나. “직접 사용” 관련 법리

(1) 지방세관계법상 ‘직접 사용’ 관련 규정의 개정 경위

종전에 구 지방세법이나 조례 등에 비과세나 감면 사유로 규정되었던 ‘직접 사용’의 의미는 당해 재산의 용도가 직접 그 본래의 업무에 사용하는 것이면 충분하고, 그 사용의 방법이 소유자가 스스로 그와 같은 용도에 제공하거나 혹은 제3자에게 임대 또는 위탁하여 그와 같은 용도에 제공하는지 여부는 가리지 않는다는 것이 판례의 입장이었다(대법원 2011. 1. 27. 선고 2008두15039 판결, 대법원 1984. 7. 24. 선고 84누297 판결 등).

그러나 2014. 1. 1. 법률 제12175호로 개정된 지방세특례제한법 제2조 제1항 제8호는 “‘직접 사용’이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.”고 하여 ‘직접 사용’의 의미를 명문으로 규정하였다. 이러한 법률의 개정 취지는 ‘직접 사용’의 주체를 구분하지 아니할 경우 소유자가 직접 사용하지 아니하고 제3자 임대 등 다른 수익적 방법이 있는 경우까지 과도한 감면혜택으로 이어지는 불합리한 점이 있다는 측면에서 그러한 경우에는 특례를 제한함으로써 취득세를 감면하고자 하는 본래의 입법 취지에 맞추어 그 사용의 주체를 명확히 하고자 함에 있다[대전고등법원 2018. 11. 14. 선고 2018누11089 판결, 대법원 2019. 4. 5. 선고 2018두65996 판결(심리불속행 기각)로 확정]. 따라서 위 개정 법률이 시행된 2014. 1. 1. 이후로는 관련 규정의 문언상 부동산의 소유자가 사용하는 경우에만 ‘직접 사용’으로 되고, 임대 또는 위탁의 방법으로 사용하는 경우에는 ‘직접 사용’ 요건을 충족하지 못하는 것으로 되었다.

(2) 위 개정 이후 관련 판결

2014. 1. 1. 법률 제12175호로 개정된 지방세특례제한법 제2조 제1항 제8호로 ‘직접 사용’의 정의 규정이 신설된 이후 ‘직접 사용’에 임대나 위탁에 의한 사용도 포함되는지 여부가 쟁점이 된 사건이 대법원에 올라갔으나, 대법원은 아래에서 보는 바와 같이 구체적인 판단을 하지 아니하고 결론이 상반된, 서로 모순되는 심리불속행 상고기각 판결을 하였다.

즉, 대법원은 부동산 소유자가 해당 부동산을 목적에 맞게 사용하면 그 사용방법이 임대인 경우라도 ‘직접 사용’에 해당한다고 판단한 서울고등법원 2018. 5. 16. 선고 2017누68488 판결의 상고심에서 심리불속행 상고기각 판결(대법원 2018. 10. 4. 선고 2018두46643 판결)을 하여 원심을 확정하였다. 그런데, 대법원은 그로부터 몇 개월 뒤 위와 반대의 결론을 내렸다. 즉, 대법원은 부동산을 임대하는 행위는 관련 조례 제11조 제1항에서 규정하는 ‘직접 사용’에 포함되지 않는다고 판단한 대전고등법원 2018. 11. 14. 선고 2018누11089 판결의 상고심에서 역시 심리불속행 상고기각 판결(대법원 2019. 4. 5. 선고 2018두65996 판결)을 하였다.

이와 같이 대법원이 지방세관계법상 ‘직접 사용’의 의미에 관해 명확한 해석을 하지 아니하자, 감사원은 위 2개의 사안과 유사한 심사청구 사건에서 서울고등법원과 동일한 입장을 취하는 결정을 하였다. 즉, 감사원은 위 서울고등법원 2018. 5. 16. 선고 2017누68488 판결 및 상급심인 대법원 2018. 10. 4. 선고 2018두46643 판결을 인용하면서 부동산을 임대하여 사업을 운영하는 것도 ‘직접 사용’에 해당한다고 판단하였다(감사원 2019. 4. 18.자 2017심사446 결정).

대법원이 세법에 관해 명확한 법률 해석을 해야 할 사건에서 아무런 법리도 제시하지 아니하고 위와 같이 심리불속행 판결을 함으로 인하여 실무상 과세관청은 물론 납세자들에게 많은 혼란을 주고 있고, 이는 결국 납세자들에게 불필요한 시간과 비용을 부담하게 만드는 원인이 되고 있다. 수차례 평석을 통해 지적해 오고 있지만, 대법원은 세법의 해석이 필요한 사안에 대해서는 반드시 명확한 해석을 해 주어야 한다. 대법원이 법률 해석의 최고법원으로서 그 역할을 제대로 해야 과세관청과 납세자가 그 판단기준을 적용하여 의사결정과 행위를 할 수 있고, 이것이 바로 세법의 적용에 있어서 법적 안정성과 예측가능성을 보장하는 하나의 방법이다.

(3) 2014. 1. 1. 개정시 신설된 지방세특례제한법 ‘직접 사용’의 의미

대법원 2021. 9. 9. 선고 2021두34558 판결은 지방세특례제한법 제2조 제1항 제8호의 ‘직접 사용’에 임대나 위탁 사용도 포함되는지 여부가 쟁점이 된 사안에서 ‘구 지방세특례제한법에서 정한 ‘직접 사용’의 문구는 특별한 사정이 없는 한 ‘직접 사용’의 의미에 관한 정의규정인 구 지방세특례제한법 제2조 제1항 제8호에 따라 해석하여야 하고, ‘직접 사용’의 의미를 이와 달리 해석하기 위해서는 원칙적으로 그에 관한 별도의 규정이 필요하다. 그런데 이 사건 조항(구 지방세특례제한법 제31조의3 제1항 제1호)은 구 지방세특례제한법 제20조 제1호, 제22조 제2항, 제50조 제2항 등과는 달리 ‘직접 사용’의 의미를 구 지방세특례제한법 제2조 제1항 제8호와 다르게 해석하도록 하는 별도의 규정을 두고 있지 않다. 따라서 이 사건 조항의 ‘직접 사용’의 의미도 구 지방세특례제한법 제2조 제1항 제8호에 따라 ‘부동산 등의 소유자가 해당 부동산 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것’으로 해석하여야 한다.’라고 판시하여 개정된 지방세특례제한법상 ‘직접 사용’의 의미를 처음으로 명시적으로 밝혔다.

다. 유예기간 내에 목적사업에 사용하지 못한 “정당한 사유” 관련 법리

(1) 대법원은 비영리법인이 취득한 부동산을 유예기간 내에 고유목적사업에 사용하지 못한 경우 취득세 추징을 면할 수 있는 사유인 “정당한 사유”와 관련하여, 구 지방세법(1991. 12. 14. 법률 제4415호로 개정되기 전의 것) 제107조 소정의 “정당한 사유”란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 비영리사업자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 않는 입법취지를 충분히 고려하면서 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 부동산을 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하는 것이 타당하다고 판시하였다(대법원 1996. 1. 26. 선고 95누13104 판결, 대법원 1995. 4. 14. 선고 94누8211 판결, 대법원 1991. 12. 27. 선고 91누4515 판결 등).

(2) 대법원은 ‘구 지방세법 제127조 제1항 제1호, 같은 법 시행령 제94조 제1항, 제79조 제1항 제16호의 각 규정에 의하여 등록세를 당초 비과세하였다가 위 규정에 의하여 다시 과세하기 위해서는 등기일로부터 1년(현행 3년) 이내에 정당한 사유 없이 사업에 직접 사용하지 아니할 경우에 한한다 할 것이고, 어떤 토지에 대하여 등기 당시부터 관계 법령의 규정에 의한 사용의 제한 또는 금지가 있었던 경우에는 그 제한 또는 금지가 계속되는 한에 있어서는 사업에 직접 사용하지 못함에 정당한 사유가 있다고 할 것이며, 그러한 경우에는 관계 법령에 의한 사용의 제한 또는 금지가 해제된 날로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 그 사업에 직접 사용하지 아니하고 위 기간을 경과할 때 비로소 과세할 수 있다고 풀이함이 상당하다’고 판시하였다(대법원 1992. 6. 23. 선고 91누13281 판결).

(3) 또한 대법원은 ‘교육을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 교육사업에 직접 사용하기 위하여 부동산을 취득하였으나, 그 취득 후 1년(현행 3년) 이내에 취득목적인 강당 신축부지로서 사용하지 못한 것은 강당건물의 신축을 위해서는 위 부동산 외에도 일단의 토지가 필요한 데 당시의 부동산가격의 급격한 상승과 매수대상인 토지가 주택으로 사용되고 있다는 특수성으로 인하여 인접 부동산의 소유자들이 비영리사업자의 매수요청에 응하지 아니하기 때문에 그들을 설득하여 이를 매수하는데 상당한 시일이 소요되었고, 또 건축법상의 이격거리 확보를 위하여 부동산을 추가로 매입하는 데 기인한 것으로서, 이는 구 지방세법 제107조 단서 및 같은 법 제127조 제1항 단서 소정의 정당한 사유에 해당된다’고 판시하였다(대법원 1992. 11. 13. 선고 92누2035 판결).

(4) 구 지방세법상 법인의 비업무용 토지에 대한 취득세 중과 제외사유인 “정당한 사유” 관련 법리의 원용

과거 구 지방세법(2000. 12. 29. 법률 제6305호로 개정되기 전의 것) 제112조 제2항 제6호에서는 법인의 비업무용 토지에 대한 취득세 중과 규정(5배 중과)을 두고 있었고, 예외적으로 유예기간 내에 목적사업에 사용하지 못한 “정당한 사유”가 있는 경우에는 중과세에서 제외하도록 규정하고 있었다. 대법원 1993. 2. 26. 선고 92누8750 판결은 구 지방세법상 법인의 비업무용 토지 취득세 중과 제외사유인 “정당한 사유”의 의미와 관련하여, ‘취득세 중과대상인 법인의 비업무용 토지를 규정하고 있는 지방세법 시행령 제84조의4 제1항 소정의 정당한 사유란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함한다 할 것이고, 나아가 그 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 그 중과의 입법취지를 충분히 고려하면서 그 해당 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 이를 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 그 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것’이라고 일관되게 판시하였다(대법원 2004. 7. 22 선고 2002두11950 판결, 대법원 2003. 7. 22 선고 2001두10585 판결, 대법원 2002. 7. 12 선고 2001두1888 판결, 대법원 1997. 10. 10 선고 96누10744 판결, 대법원 1996. 5. 28 선고 95누18642 판결, 대법원 1996. 3. 12 선고 95누18314 판결, 대법원 1996. 1. 26 선고 95누13104 판결, 대법원 1995. 12. 8 선고 95누5257 판결, 대법원 1995. 11. 10 선고 95누7482 판결, 대법원 1995. 1. 20 선고 94누10610 판결, 대법원 1994. 11. 18 선고 93누2957 판결, 대법원 1993. 11. 23 선고 92누14496 판결, 대법원 1993. 7. 27 선고 93누6041 판결, 대법원 1993. 7. 13 선고 92누17235 판결, 대법원 1993. 6. 8 선고 93누6553 판결, 대법원 1993. 4. 23 선고 92누10937 판결 등).

위와 같은 법인의 비업무용토지에 대한 취득세 중과 제외사유인 “정당한 사유”에 관한 대법원 판례의 법리는 지방세특례제한법상 취득세나 재산세 등의 비과세·감면 규정에서 추징 제외사유인 “정당한 사유”를 해석함에 있어서도 그대로 원용될 수 있다.

라. 대상 판결의 의의

대상 판결은 구 지방세특례제한법(2021. 12. 28. 법률 제18656호로 개정되기 전의 것) 제78조 제5항 제1호가 정한 취득세 추징 유예기간의 기산일은 원칙적으로 해당 부동산의 취득일이고, 이는 매매대금을 완납한 날이라는 점을 확인해 주었다는 데에 의미가 있다.

대상 판결 사안의 경우 원고가 이 사건 토지를 취득한 날은 매매대금 잔금을 지급한 2015. 3. 18.이고, 당시에는 산업단지 조성중인 상태였으므로 원고가 이 사건 토지를 해당 용도에 직접 사용할 수 없었다. 그 이후인 2016. 6. 30. 토지사용이 가능해졌으므로 원고가 이 사건 토지를 취득한 2015. 3. 18.부터 2016. 6. 29.까지는 이 사건 토지를 해당 용도에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 볼 수 있다. 그렇다면, 2015. 3. 18. - 2016. 6. 29.까지의 기간은 3년의 유예기간을 산정함에 있어서 제외하여야 하고, 정당한 사유가 있었던 기간을 제외하고 취득일부터 3년의 기간 내에 원고가 이 사건 토지를 해당 용도에 직접 사용하지 못한 경우에 한하여 취득세 감면대상에서 제외하여야 할 것이다(대법원 2013. 6. 27. 선고 2011두12580 판결). 그런데, 이 사건의 경우 원고는 정당한 사유가 있는 위 기간을 제외하고도 2016. 6. 30.부터 3년 이내인 2019. 5. 16. 이 사건 토지 위에 공장건물을 완공하여 사용승인을 받아 사용했다는 것이므로 원고는 유예기간 내에 이 사건 토지를 해당 용도에 직접 사용한 것으로 볼 수 있고, 따라서 이 사건 처분은 위법하다는 결론이 된다. 그럼에도 불구하고 대상 판결에서 대법원이 이 사건 처분이 위법하다는 결론을 내린 원심 판결을 파기한 이유가 무엇인지 의문이다.

[유철형 변호사 프로필]

△ 법무법인(유한) 태평양 변호사
△ 기재부 고문변호사
△ 전 행안부 고문변호사
△ 전 행안부 지방세예규심사위원회 위원
△ 전 기재부 세제발전심의위원회 위원
△ 전 대한변호사협회 부협회장
△ 전 기재부 세제실 국세예규심사위원회 위원
△ 전 국세청 고문변호사
△ 전 서울지방변호사회 부회장
△ 전 (사)한국조세연구포럼 회장