`97년 11월 4일 A 주택을 매입해 `12년 10월 2일 임대사업등록을 하고 임대업을 영위하던 김 씨, `20년 9월 15일 구청으로부터 ‘민간임대주택에 관한 특별법(이하 임대주택법)’에 근거해 자신의 임대사업자등록이 직권 말소되자 깜짝 놀랐다.

설상가상 과세관청이 `21년 종합부동산세 과세기준일(`21년 6월 1일) A주택을 포함해 김 씨가 보유한 부동산에 대해 `21년 11월 29일 `21년 귀속 종합부동산세, 농어촌특별세를 경정‧고지하자 `22년 1월 조세심판원의 문을 두드렸다.

김 씨는 “종전 행정관행이 사업자 본인 말소 의사표시가 없으면 임대사업등록이 계속되는 것으로 처리했다”면서 “이 건은 개정된 임대주택법 시행 전 임대계약을 체결한 `20년 1월 20일부터 `22년 1월 20일까지 임대기간에 대해서는 행정관청이 임대사업등록이 계속되는 것으로 처리해야 하며, A 주택은 `21년 귀속 종합부동산세 과세 대상에서 제외해야 한다”고 주장했다.

특히 “임대주택법 개정 취지를 고려하더라도 그동안 행정관행을 고려하면 법 개정 전 체결한 임대기간 중에는 등록이 말소될 것으로 생각할 수 없었고, 청구인은 임대사업등록 등 각종 신고의무를 성실히 이행했음에도 행정청은 그동안의 행정관행에 반해 임대주택 등록을 일방적으로 소급해 말소하면서도 당사자에게는 어떠한 사전 안내도 없었다”고 지적했다.

또 “현행 ‘국세기본법’ 제18조 제3항 취지를 고려해 최소한 관청의 말과 행동을 믿고 그동안 성실히 납세의무를 부담한 납세자의 신뢰를 보호할 수 있도록 법을 해석하는 것이 타당하다”고 덧붙였다.

김 씨는 “임대사업자 등록을 말소하겠다는 법 개정 취지는 임대사업자에 대한 세제 혜택을 축소해 다주택 보유 수요를 제한하겠다는 것이지 본 건의 경우와 같이 당장 기존 계약으로 임대계약을 유지하는 모든 이를 악의적 투기꾼으로 매도해 징벌적인 과세를 하겠다는 의도가 아닐 것”이라며, “동 건에 대한 국세 부과 전반적인 절차와 원칙이 과연 타당한가를 종합적으로 고려할 때 이 건 처분은 취소되어야 할 것”이라고 주장했다.

반면 과세관청은 “현행 ‘종합부동산세법 시행령’ 제3조에서 말하는 합산배제 임대주택은 ‘공공주택 특별법’ 제4조에 따른 공공주택사업자 또는 임대주택법 제2조 제7호에 따른 임대사업자로서 과세기준일 현재 ‘소득세법’ 제168조 또는 ‘법인세법’ 제111조에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자가 과세기준일 현재 임대하는 주택을 의미하는 것”이라고 맞받았다.

과세관청은 “지난 `20년 9월 15일 자동말소된 후 `21년 6월 1일 현재 ‘소득세법’ 제168조에 따른 주택임대사업자 등록을 했으나 ‘공공주택 특별법’ 제4조에 따른 공공주택사업자 또는 임대주택법 제2조 제7호에 따른 임대사업자에 해당하지 아니한 경우 ‘종합부동산세법 시행령’ 제3조 제1항 제2호에 따른 합산배제 임대주택에 해당하지 않는 것”이라고 설명했다.

이에 “‘종합부동산세법 시행령’ 제3조에서 말하는 합산배제 임대주택이란 임대주택법에 따른 임대사업자로서 관할 지방자치단체장에 의해 자동말소된 임대사업자는 임대차 관계에 있어서만 효력이 유효할 뿐 임대사업자로서의 지위는 상실한다”며 “조정대상지역 2주택자인 청구인에게 ‘종합부동산세법’ 제9조 제1호 단서규정에 근거한 중과세율을 적용해 고지한 이 건 처분은 적법하다”고 반박했다.

양측의 주장을 살핀 조세심판원은 심판청구를 기각했다.

조세심판원은 “김 씨는 임대사업자등록 말소에도 불구하고 개정된 임대주택법 시행 전 임대계약을 체결한 임대기간에 대해서는 임대사업등록이 계속되는 것으로 보아 종합부동산세 과세 대상에서 제외하여야 한다고 주장하지만, 현 ‘종합부동산세법 시행령’ 제3조 제1항이 적용되기 위한 임대사업자 요건인 '주택임대업 사업자등록을 한 자'라는 요건은 임대주택법에 따른 사업자등록을 할 것뿐만 아니라 임대사업자 등록을 유효하게 유지하고 있을 것을 포함하는 것으로 해석(부산지방법원 `14년 10월 2일 선고 2014구합20248 판결)된다”고 설명했다.

또 “임대주택법 및 종합부동산세법 부칙 등에서 민간임대주택에 대한 임대사업자 등록 자동말소에 따른 구제에 대해 별도의 경과규정은 두고 있지 않고, 이 건 처분에서 달리 관련 법령을 위반한 사정이 나타나지 아니하는 점, 조세법 영역에 있어서는 국가가 조세‧재정정책을 탄력적‧합리적으로 운용할 필요성이 매우 큰 만큼 조세에 관한 법규‧제도는 신축적으로 변할 수밖에 없다”고 덧붙였다.

이에 “납세의무자로서는 구법 질서에 따른 신뢰를 바탕으로 적극적으로 새로운 법률관계를 형성했다든지 하는 특별한 사정이 없으면 원칙적으로 세율 등 현재의 세법이 변함없이 유지되리라고 기대하거나 신뢰할 수는 없다”고 설명했다.

특히 “일반적으로 새로운 과세 대상을 설정하거나 세율의 인상 또는 과세표준 산정방법을 변경하는 경우 행위 당시의 법령이 계속 바뀌지 않을 것이라는 기대했다고 하더라도 이는 법적으로 보호되는 신뢰라고 보기 어려운 점(헌재 2008.9.25. 선고 2007헌바74 결정 및 서울고등법원 2020.7.3. 선고 2019누67557 판결 등, 같은 뜻임) 등에 비추어 위의 청구주장을 받아들이기는 어렵다”며 “심리 결과 김 씨의 주장에 이유가 없기에 심판청구를 기각한다”고 결정(조심 2022중 3135)했다.