`16년 2월 주택(이하 쟁점주택)을 취득하고 `20년 3월 이를 양도한 김 씨. 그는 1세대 1주택 비과세 및 9억 원 초과 양도차익에 대한 기본세율 및 장기보유특별공제액을 적용해 `20년 귀속 양도소득세를 신고·납부했다.

시간이 흘러 `22년 3월 과세관청은 김 씨에게 쟁점주택 양도 당시 1세대 3주택을 소유했다며 안내문을 발송했다. 이에 김 씨는 `22년 5월 신규주택과 임대주택을 소유한 것으로 중과세율(기본세율+20%P)을 적용, 장기보유특별공제는 배제해 양도소득세를 수정신고했다.

그러나 얼마뒤 이상함을 느낀 김 씨는 자신이 쟁점주택 양도 당시 1세대 1주택자로서 일반세율과 장기보유특별공제 적용 대상이기에 수정신고 및 납부한 양도소득세를 환급해 달라는 경정청구를 제기했다. 과세관청은 이를 거부했다. 김 씨는 조세심판원에 판단을 구했다.

김 씨는 심판청구문을 통해 “`16년 2월 쟁점주택을 취득하고 전입해 거주하던 중 `19년 11월 신규주택 취득계약, `19년 12월 쟁점주택 매도계약을 체결했으며 `20년 2월 신규주택을 취득하고 `20년 3월 쟁점주택을 매도했다”고 설명했다.

또 “신규주택은 기존 임차인이 `20년 8월까지 임대차계약이 되어 있어 바로 전입하지 못해 일단 쟁점주택 양도와 동시에 9월까지 전세계약을 해 거주하다가 8월 20일 신규주택에 전입해 현재까지 거주하고 있다”고 덧붙였다.

특히 “대법원은 일반주택과 장기임대주택을 소유한 거주자가 다른 주택을 취득함으로써 장기임대주택을 제외하고 2주택을 소유하게 되더라도 주거를 이전하기 위해 대체주택을 취득한 것으로 거주자에게 투기목적이 없고, 대체주택을 취득한 후 종전주택을 양도하기까지 소요된 기간이 주택거래 현실 등에 비춰 사회 통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있으면 종전주택 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 양도로 여겨 양도소득세를 중과할 수 없다고 보는 것이 타당하다고 판결(대법원 2014.2.27.선고 2010두27806 판결, 참조)한바 있다”고 강조했다.

또 “법원은 대체주택과 기존주택을 동시에 보유하고 있던 기간이 2개월 16일로서 기간이 그리 길지 않고, 대체주택 내부공사기간을 반영한 것으로 합리적인 범위 내에 있다고 판단한 사례에 대해서도 양도소득세를 중과할 수 없는 특별한 사정이 있다고 판단(서울행정법원 2022.7.15. 선고 2021구합63938 판결)한 바 있다”고 덧붙였다.

김 씨는 “특별한 사정이 있는지에 대해서는 주택 중복 보유기간, 해당기간 쟁점주택 가격상승 정도, 쟁점주택과 신규주택 거주여부, 신규주택 취득 후 전입까지 기간 등을 종합적으로 검토하고 판단해야 한다”고 주장했다.

특히 “대법원판결은 임대주택 5채를 보유한 채 신규주택을 취득하고, 113일이 지나 종전주택을 처분한 사안인데 저는 임대주택 1채를 보유하고 신규주택을 취득한 지 불과 27일 만에 쟁점주택을 처분한 것으로 매도·매수가격이 확정되는 계약일로 보면 단 7일에 불과하다”고 강조했다.

또 “신규주택 취득은 투기목적이 아닌 출퇴근 편의를 위한 것으로 투기목적이 있었다면 부동산 가격상승 국면에서 일시적 2주택 비과세 특례기간을 이용해 쟁점주택을 더 보유하다가 양도했을 것”이라며 “실제 `21년 8월 쟁점주택과 동일한 단지 내 동일한 면적 아파트는 쟁점주택 양도가액보다 더 높은 가액으로 매매됐다”고 덧붙였다.

아울러 “신규주택 임차인은 이미 설정된 전세권을 `20년 6월 해지했고 30일부터 8월 5일까지 37일 동안 대체주택 내부공사 후 8월 20일 전입신고를 완료했고 실제 주거를 이전했다”며 “이는 사회 통념상 인정되는 특별한 사정이 있다고 여겨야 할 것”이라고 덧붙였다.

이밖에도 “법원은 1세대 3주택 이상 중과세 규정 취지를 부동산 투기로 인한 이득을 세금으로 흡수해 과세형평을 도모하고, 부동산 투기를 차단해 주택가격과 주거생활 안정을 기하기 위함이라고 설명한 바 있다”고 밝혔다.

김 씨는 “장기임대주택을 1세대 3주택 중과대상에서 배제하고, 1세대 1주택 특례를 인정한 취지는 임대주택 공급을 활성화해 서민·중산층 주거 안정을 지원하기 위한 것”이라며 “이러한 장기임대주택 소유는 부동산 투기로 보기 어렵고 오히려 국민주거생활 안정에 기여한다고 보기 때문이며 일시적 2주택에 대해 1세대 1주택 특례를 인정하는 취지는 대체주택 취득목적이 부동산 투기가 아닌 거주를 위한 것이므로 거주이전의 자유를 실질적으로 보장하려는 데에 있다고 판결(서울행정법원 2021.11.26. 선고 2020구단70819 판결, 참조)한 바 있다”고 덧붙였다.

이에 “현실적으로 거주를 이전하기 위한 부동산 거래 중 일시적으로 거래상대방과의 문제로 불가피하게 신규주택을 먼저 취득하고 쟁점주택을 양도했다”며 “이러한 거래들이 무수히 많음에도 불구하고 중과세율을 적용하고 장기보유특별공제를 배제하는 처분은 납세자 거주이전 자유를 제한하는 부당한 처분”이라고 주장했다.

그러나 과세관청은 조세법령은 무엇보다 엄격하게 해석하고 적용해야 한다며 김 씨 주장을 반박했다.

과세관청은 “소득세법령상 1세대 1주택 비과세 규정, 다주택자 중과세 규정은 각각 그 입법 취지가 달라 별개 적용해야 한다”며 “소득세법 제104조 제7항 제3호에 따른 조정대상지역 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에 대해서는 중과세율을 적용하면서 같은 법 제98조 제2항에서 장기보유특별공제를 배제하도록 하고 있다”고 설명했다.

또 “1세대 3주택 이상에 해당하는 주택 범위를 규정하는 ‘소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제10호’는 장기임대주택을 제외하고 1개 일반주택만을 소유하면 일반주택을 주택 수에서 제외하고 있다”며 “김 씨가 쟁점주택 양도 당시 조정대상지역에 임대주택 외 2주택을 보유하고 있어 1세대 3주택인 경우에 해당한다”고 지적했다.

특히 “조세법령은 엄격하게 해석하고 적용해야 한다는 원칙에 따라 거주자에 투기목적이 없고 대체주택을 취득한 후 종전주택을 양도하기까지 소요된 기간 등의 고려사항은 장기보유특별공제 및 중과세율 적용과는 별개로 판단해야 한다”며 “이 건 거부처분은 타당하다”고 밝혔다.

장기임대주택을 보유한 일시적 2주택자인 김 씨에 대한 장기보유특별공제 및 중과세율 적용을 두고 양측 주장이 엇갈린 가운데 조세심판원은 과세관청 손을 들어줬다.

조세심판원은 “매매계약서상 김 씨의 신규주택 취득 후 쟁점주택 양도일까지 소요된 기간은 27일로 쟁점주택 양도 당시 1세대 3주택자에 해당한다”며 “위 3개 주택은 모두 조정대상지역에 있는 주택이며 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택 범위에 관해 규정하는 ‘소득세법 시행령 제167조의3 제1항 각호’에서 중과배제주택으로 쟁점주택이 포함되지 않고, 장기임대주택을 주택 수 계산 때 포함하지 않는 규정도 없다”고 밝혔다.

아울러 “해당 조문상 신규주택 취득으로 일시적 2주택에 해당하면 실질적인 주택 수를 감안해 이를 1개 주택으로 본다는 규정이 없어 장기임대주택과 일시적 2주택(양도대상인 쟁점주택과 대체주택)을 소유한 것을 두고 ‘소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제10호’에 해당한다고 보기도 어렵다”고 덧붙였다.

이에 “과세관청이 쟁점주택 양도에 대해 조정대상지역 내 3주택자 양도로 간주해 김 씨의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다”고 판단(조심 2022서7876)했다.