제조인력 운영 제반업무를 다른 법인에 위탁하는 도급계약 체결 후 세금계산서를 수취해 부가가치세를 납부했던 A법인 대표이사 김 씨에 대해 처분청은 동 세금계산서가 가공거래에 의한 것인지를 다시 조사하라는 조세심판원 결정이 나왔다.

김 씨가 다른 법인으로부터 실제 인력을 공급받아 인력관리대장, 인건비 이체내역 등을 관리했음에도 제때 근태관리내역, 대금청구내역 등을 제시하지 않은 게 화근이 된 것이다.

`12년 10월에서 `14년 6월 사이 A법인 대표이사로 재직한 김 씨. `18년 2월에서 3월 사이 B법인에 대한 부가가치세 세목별 조사에 나선 처분청은 B법인에 `13년 제2기 부가가치세 과세기간 중 A법인에 발행한 세금계산서를 가공된 것으로 여겨 과세자료를 생성한다.

`19년 3월~4월 사이 처분청은 A법인에 대한 부가가치세 세목별 조사를 추가 실시했고 세금계산서 관련 매입세액을 불공제한다. 이후에는 세금계산서 공급대가 중 일부를 귀속이 불분명한 사외유출로 여겨 상여처분 후 `22년 8월 김 씨에 `13년 귀속 종합소득세를 결정‧고지하기에 이른다.

`22년 10월 김 씨는 심판청구를 제기했다. B법인으로부터 인력을 공급받았고 이에 대한 인력관리대장, 인건비 이체내역 등을 관리하고 있었으며 이를 수사기관에서 인정했다고 주장한다.

또 `13년 귀속 종합소득금액은 근로소득만 있으므로 과세표준확정신고 의무가 없어 종합소득세를 무신고한 것으로 볼 수 없고, 추가 발생한 금액을 과소신고했기에 부과제척기간 5년을 적용해야 한다고 덧붙였다.

처분청은 B법인에 대한 세무조사 결과에 따라 A 법인이 수취한 세금계산서를 가공으로 확정했고, 거래가 정상이었는지에 대한 입증책임은 김 씨가 부담하는 게 맞다고 반박했다.

또 가공세금계산서 수취는 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’로 사외유출된 금액에 대한 소득금액변동통지로 종합소득세를 부과할 때 ‘국세기본법’ 제26조의2 제2항에 따라 부과제척기간 10년을 적용할 수 있다고 덧붙였다.

세금계산서가 가공거래에 의한 것인지를 두고 김 씨와 처분청 의견이 엇갈린 가운데 조세심판원은 처분청에 재조사를 명령했다.

A법인이 실제 인력공급업을 영위했고 매출거래 역시 정상거래로 확인되나 김 씨가 심판청구에 이르러서야 근태관리내역, 대금청구내역 등을 뒤늦게 제시했기에 처분청이 이러한 증빙서류 진위, 사외유출 여부를 재조사해 세액을 경정하는 것이 타당하다는 게 주요 골자다.

조세심판원이 파악한 사실관계에 따르면 A법인은 `12년 10월 제조업‧임가공업을 영위하는 것으로 개업했으나 `14년 6월 폐업했다. `13년 7월 중에는 제조인력 운영에 관한 제반업무를 B 법인에 위탁하는 도급계약을 체결했고, B법인으로부터 `13년 제2기 부가가치세 과세기간 중 세금계산서를 수취한 후 부가가치세를 납부한다.

A법인 사업용 계좌 예금거래 실적증명서를 보면 A 법인은 `13년 9월부터 12월까지 B법인에 총 17차례 돈을 이체했으나 근태관리내역과 대금청구내역은 `23년 10월 되어서야 뒤늦게 제출한다.

`18년 2월부터 3월 사이 B법인 세무조사를 실시한 처분청은 A 법인을 비롯한 2개 업체에서 받은 대금 전액이 주식회사 C 법인 계좌로 출금된 점, B법인 대표자 이 씨가 A법인 인력파견현장과 파견직원을 잘 모른다고 답변한 점, 일용근로소득 지급명세서 등 인력공급 내역이 제출되지 않은 점을 근거로 B법인이 도관 역할을 수행했고 이들 사이 세금계산서는 ‘가공세금계산서’에 해당하는 것으로 간주한다.

`19년 3월~4월 사이 처분청은 A법인에 대한 세무조사를 추가로 실시한다. 이 과정에서 매출처에 실제로 인력파견 용역을 제공하고 세금계산서를 발급한 점은 인정해 세금계산서 수취 관련 부가가치세만 경정하는 것으로 과세예고통지를 하게 된다.

한편 수원지방검찰청 평택지청은 `22년 1월 B법인과 대표자 이 씨의 ‘조세범 처벌법’ 위반 혐의에 대한 불기소 결정을 내린다. 해당 고발결과 통지서에는 A법인이 B법인으로부터 실제 인력을 공급받아 아웃소싱 업체에 제공했다고 진술했고, 도급계약서 및 직원명부 등 증빙자료를 제출했다고 기재됐다.

조세심판원은 “현재 처분청은 B법인에 대한 세무조사에서 A법인과의 거래가 가공거래로 확정됐고, A법인에 B법인에 이체한 금액은 A법인에서 사외유출된 김 씨 소득금액이라고 주장한다”고 설명했다.

조세심판원은 “처분청이 가공세금계산서로 여긴 근거는 B법인이 A법인에 직접 인력공급 용역을 제공하지 않았다는 것에 그치나 A 법인은 실제 인력공급업을 영위했고, 매출거래는 정상거래임이 확정됐으며, 세금계산서상 공급가액은 A 법인 매입액 대부분을 차지했다”고 밝혔다.

또 “수원지방검찰청 평택지청에서 B 법인과 대표자 이 씨의 ‘조세범 처벌법’ 위반 혐의에 대해 불기소 결정을 내린 점 등을 고려할 필요가 있다”며 “A법인이 실제 거래 없이 세금계산서를 수취했다고 단정하기 어려운 측면이 있다”고 밝혔다.

다만 “김 씨는 이번 심판청구에 이르러서야 근태관리내역과 대금청구내역을 제시한 점, 수원지방검찰청 평택지청 고발결과 통지서에서 수사기관은 A법인 직원명부를 확인했다고 기재했으나 아직 처분청이 이를 확인하지는 못했던 점 등도 확인된다”고 덧붙였다.

조세심판원은 “이러한 점 등을 종합적으로 살펴볼 때 처분청은 김 씨가 제출한 증빙의 진위 여부 등을 확인하고 이를 근거로 세금계산서 공급대가 중 일부가 사외유출 됐는지를 재조사해 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 정정하는 것이 타당하다”며 재조사를(조심 2022중 8140) 명령했다.