구 조세특례제한법과 구 법인세법상 적격분할에서 승계한 사업에 “직접 사용”의 의미에 대한 대법원 판례다.

1. 사실관계와 쟁점

원고 회사는 2009. 3. 31. 주식회사 A(이하 ‘A회사’라 한다)의 사업부문 중 폐기물최종처리사업부문을 분할하여 새로 설립된 법인이다. 원고 회사는 이 분할에 따라 A회사가 소유하던 잡종지(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 2009. 4. 30.에 취득하였는데, 부동산등기부상 그 취득원인은 2009. 3. 31. 회사분할을 원인으로 하고 있다. 원고 회사는 이 사건 토지의 취득 당시 시행되던 조세특례제한법에 따라 이 사건 토지에 대한 취득세와 등록세를 모두 면제받았다.

원고 회사는 분할을 통하여 A회사로부터 폐기물처리사업을 승계한 이후 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일인 2009. 12. 31.이 되기까지 설계회사인 B회사와 이 사건 토지에 폐기물처리시설 설치를 위한 토목설계 및 실시계획인가에 관한 용역계약을 체결하고, 해당 관청에 폐기물처리시설 사업시행자 지정 및 실시계획인가신청서를 제출하였으나, 그 외에 공사 착수 등 폐기물처리사업과 관련하여 진행된 사항은 전혀 없다. 이 사건 토지의 관할 구청은 원고 회사가 분할등기일이 속하는 사업연도 종료일까지 이 사건 토지를 분할로 승계받은 폐기물처리사업에 직접 사용하지 않았다는 이유로 면제하였던 취득세와 등록세를 추징하였다.

이 사건의 쟁점은 위와 같이 원고 회사가 A회사로부터 이 사건 토지를 승계취득하여 폐기물처리사업과 관련한 용역계약을 체결하고 관할 관청에 인허가신청서를 제출한 사실만으로 이 사건 토지를 A회사로부터 승계받은 폐기물처리사업에 “직접 사용”한 것으로 볼 수 있는지 여부이다.

2. 대법원 2016. 8. 18. 선고 2014두36235 판결: “직접 사용”한 것으로 볼 수 없음

대법원은, ‘구 조세특례제한법(이하 ’구 조특법‘이라 한다)의 분할에 대한 등록세 및 취득세 면제에 관한 규정에 의하면, 분할신설법인이 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일 이전에 분할법인으로부터 승계한 사업용 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 승계한 해당 사업에 ‘직접 사용’하지 아니하는 경우에는 승계받은 사업을 계속 영위한 것으로 볼 수 없으므로 구 조특법 제119조 및 제120조에 의하여 등록세 및 취득세가 면제되지 아니한다고 할 것이고, 이때 ‘직접 사용’의 범위는 해당 사업의 내용을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다.

그런데, 위에서 본 사실관계에 따르면, 원고 회사가 2009. 3. 31. 분할에 따라 설립등기를 한 이후 그 설립등기일이 속하는 사업연도인 2009. 12. 31.까지 사이에 설계회사와 폐기물처리사업과 관련한 용역계약을 체결하고 관할 관청에 인허가신청서를 제출한 사실만으로는 이 사건 토지를 폐기물처리사업에 직접 사용하였다고 볼 수 없고, 따라서 이 사건 토지에 관하여 구 조특법 제119조 및 제120조에서 정한 감면사유가 존재하지 아니하므로 등록세 및 취득세를 부과한 이 사건 처분은 적법하다‘고 판결하였다.

3. 대법원 판결의 의의

조세특례제한법과 지방세특례제한법은 정책적으로 일정 요건을 충족하면 일단 양도소득세, 법인세 등 국세나 취득세, 재산세 등 지방세를 면제, 비과세 또는 일정 비율만큼 감면하도록 하는 많은 특례규정을 두고 있다.

그러나 이와 같은 특례규정들은 대부분 일정한 기간 동한 납세의무자가 지켜야 할 요건을 함께 규정하고 있는데, 납세의무자가 이러한 요건을 충족하지 못하면 면제, 비과세 또는 감면하였던 국세나 지방세를 추징하는 규정을 두고 있다. 이를 일반적으로 사후관리규정이라고 부른다. 일반인들에게 널리 알려진 가업상속에 있어서도 상속 당시 일정 요건을 갖추면 상속세를 과세하지 않는 것으로 하였다가 그 이후 일정 기간 동안 상속인이 상속세 및 증여세법이 정한 요건을 충족하지 못하면 면제한 상속세를 추징하도록 하고 있다.

구 조특법은 분할시 취득세와 등록세 면제에 대한 사후관리요건의 하나로 “직접 사용”이라는 요건을 두고 있는 것인데, 위 사안에서 원고 회사가 분할이 속하는 사업연도인 2009. 12. 31.까지 이 사건 토지에 폐기물처리시설을 설치하고 폐기물처리사업을 시작하였으면 취득세와 등록세는 영원히 면제가 되었을 것이다. 그런데, 원고 회사가 이러한 사후관리요건을 충족하지 못함으로써 면제된 취득세와 등록세를 추징당하게 된 것이다.

이번 대법원 판결은 이러한 사후관리요건 중 하나인 “직접 사용”의 판단기준을 제시한 판결로서 의미가 있다.

조세특례제한법이나 지방세특례제한법 등에 의하여 국세나 지방세를 면제, 비과세 또는 감면받는 경우 이러한 조세특례혜택을 유지하기 위해서는 반드시 사후관리규정을 살펴보고 세법이 정한 일정기간 동안 그러한 요건에 위반되지 않도록 주의할 필요가 있다. <글, 유철형 변호사>