2003년 2월 참여정부가 출범하고 주택시장 안정대책이 발표됐다. 행자부, 건교부, 기재부 장관, 금융감독위원장, 국세청장 등이 참석했다.

2003년 10.29 대책은 종부세 시행시기를 2006년에서 2005년으로 단축(이때 종합부동산세가 나왔다)하고, 보유세 강화, 1세대 다주택자에 대한 양도세 강화, 투기지역 2주택이상자에 대한 양도세 탄력세율 우선 적용, 1세대 3주택이상 보유자에 대한 양도세율 60%로 인상하는 것 등이었다.

실제로 10.29 대책 이후 부동산 시장은 안정세를 보였다. 그러다 2005년부터 서울 강남지역과 분당지역 등의 집값이 오르기 시작했다. 국세청에 따르면 국세청은 당시 집값 상승 조짐이 전국적으로 투기심리가 확산될 수 있다고 판단, 2005년 4월 서울 강남지역 등 가격급등지역의 아파트와 분양권 양도자에 대한 세무조사를 시작했다.

당시 여론은 법과 원칙에 따라 하지 않고, 이슈가 있을 때 세무조사를 실시하는 것은 납세자에게 신뢰를 잃을 수 있다는 우려섞인 목소리가 나와 부정적인 모습이었다. 그러나 국세청은 투기수요억제를 위한 제도개선 방안의 실효성 확보에는 시간이 걸리는 점, 부동산 투기 특성상 어느 시점에 사라지는 것이 아닌 점 등을 이유로 투기혐의자에 대한 세무조사에 총력을 기울였다.

세무조사를 진두지휘하는 인물들도 눈에 띠었다. 조사 당시에는 이주성 국세청장, 전군표 국세청 차장, 한상률 국세청 조사국장, 이들은 모두 조사국 라인을 거친 국세청의 ‘조사통’이었고, 전군표 차장과 한상률 조사국장은 추후 모두 국세청장 자리에도 오른 인물들이다.

이들은 2005년 한해동안 총 12차례에 걸쳐 부동산 투기혐의자 3094명에 대한 세무조사를 실시해 4077억원을 추징했다. 세무조사에 투입된 국세청 조사요원의 수만 하더라도 6939명이었다.

2005년 세무조사 일지를 살펴보면 3월30일, 분당, 용인, 강남 서초, 과천, 목동, 명일동 등 투기발생지역 내 가수요를 차단하는 효과를 예상하고 이 지역 아파트값 급등지역 투기혐의자 1317명을 조사했다.

6월23일에는 허위 투기조장하는 기획부동산업체 114개, 7월6일 투기혐의 다주택보유자 256명, 7월20일 인터넷 시세조작, 투기조장 혐의업체 34개, 8월31일 송파 등 개발지역 투기혐의자 239명, 12월5일 강남 재건축 등 투기혐의자 1차조사 362명 등이다.

2006년에도 3월22일 강남 재건축 등 투기혐의자 2차조사로 365명을, 8월21일 부동산 실거래가 부실시고 혐의자 51명을, 이튿날 판교인근지역 복등기혐의자 등 171명을 세무조사했다.

국세청은 자금출처조사와 양도세 조사로 투기소득을 세금으로 환수해 부동산 투기에 가담하려는 일반인들에게 투기소득을 얻을 수 없음을 인식하고자 노력했다.

실제로 송파신도시, 행정중심복합도시, 기업과 혁신도시 및 개발예정지의 투기혐의자와 강남재건축아파트 취득자에 대한 자금출처조사를 실시했다. 또한 다주택보유자에 대한 세무조사를 실시해 물량 철회를 유도했다.