국세청이 지난해 수출중소기업 등 미래성장 세정지원기업에게 제공하던 ‘사전심사 우선처리’ 서비스를 올해부터는 ‘혁신성장유형 벤처기업 확인 목적’ 및 ‘신성장·원천기술’ 관련 심사신청까지 확대 적용한다.

19일 국세청(청장 김창기)에 따르면 지난해 ‘연구·인력개발비 세액공제 사전심사’ 제도를 신청한 기업이 총 2440개로 집계됐다. 사전심사를 신청해 제도가 도입된 `20년 1547건 대비 신청 건수가 약 58% 증가했다.

국세청은 수출중소기업 등 미래성장 세정지원기업에 대해 우선심사를 실시한 결과라고 밝혔다.

`20년부터 연구·인력개발비 세액공제 신청의 적정여부를 전담팀이 사전에 확인해주는 ‘연구·인력개발비 세액공제 사전심사’ 제도를 운영해 기업의 연구개발활동을 지원하고 있다.

올해에는 연구개발활동 지원을 강화하기 위해 ‘혁신성장유형 벤처기업 확인 목적’, ‘신성장·원천기술’ 관련 심사신청을 우선심사 대상에 추가했으며, 법인세(소득세) 신고 등에 적시 활용할 수 있도록 신청인이 지정하는 세무대리인에게도 심사결과를 자동 통보하도록 개선했다.

사전심사는 홈택스, 지방국세청(법인세과)·세무서(민원실)를 통해 연중 언제나 신청이 가능하며, 이번 법인세(소득세) 신고기한 이전에 미리 신청하시면 심사결과를 신고내용에 신속히 반영할 수 있다.

국세청은 사전심사 신청 건에 대해 세법상 연구개발 해당여부와 비용 적정성, 두 가지 측면에서 세액공제 적정 여부를 검토하고, 여러 가지 연구과제가 있는 경우 세부 과제별로 여러 번 신청할 수 있고, 연구개발활동 여부 심사만 별도로 신청하는 것도 가능하다. 다만, 세액공제를 이미 신청했거나 정당한 사유 없이 답변이나 자료 제출을 거부하는 등의 경우 해당 신청 건은 심사에서 제외될 수 있다.

신청인의 편의를 위해 비대면 서면심사를 원칙으로 하고, 서류만으로 정확한 판단이 어려울 경우 보완을 요구하거나 신청인 동의 하에 현장 확인을 할 수 있다. 제출된 문서는 암호화하고 열람 권한을 심사 담당자로 제한하는 등 철저히 관리한다.

심사결과에 따라 법인세(소득세)를 신고한 경우 신고내용 확인 및 감면 사후관리 대상에서 제외되고, 이후 심사결과와 다르게 과세처분되더라도 과소신고 가산세를 면제한다.

또한, 전담팀이 심사과정에서 상세한 컨설팅으로 연구·인력개발비 세액공제 요건 구비를 돕고, 결과에 대한 설명과 함께 보완사항 등을 알려줘 향후 발생할 수 있는 세무상 위험을 줄일 수 있다.

국세청은 “국세청 누리집에 게시된 ‘사전심사 가이드라인’ 및 다양한 심사사례와 온라인 설명회가 오는 23일 열릴 예정이니 참고하길 바란다”며 “사전심사를 적극 활용해 세무상 불확실성을 해소하시기 바란다”고 밝혔다.