사전심사를 통해 기업이 연구·인력개발에 전념하도록 지원

올해부터 국세청이 기업들의 연구·인력개발비(R&D) 세액공제 적정 여부를 사전에 확인해주는 제도를 시행한다. 이를 통해 국세청은 세무상 불확실성을 해소해, 기업이 연구·인력개발 활동에만 전념할 수 있도록 지원하겠다는 방침이다.

예를 들어 홍보, 영업, 고객대응 등의 업무를 겸직하는 연구원의 인건비를 공제했으나, 해당 업무가 연구와 직접적인 관련성이 없으므로 공제받지 못해 세금을 추징당하는 등의 사례가 줄어들 전망이다.

13일 국세청(청장 김현준)은 연구·인력개발비 세액공제 사전심사를 받고자 하는 내국법인과 거주자는 법인세(소득세) 과세표준 신고 전까지 홈택스, 우편, 방문접수를 통해 신청 가능하며, 이미 지출한 비용뿐만 아니라 지출 예정비용에 대해서도 사전심사를 신청할 수 있다고 밝혔다.

서면심사를 원칙으로 진행하는데, 신청인이 수행한 연구·인력개발 활동이 세법에서 규정한 연구·인력개발의 요건에 맞는지, 지출한 비용이 세액공제를 적용받을 수 있는지 여부를 검토한다. 신청인이 사전심사 결과에 따라 법인세(소득세)를 신고한 경우 신고내용 확인 대상에서 제외되고, 이후 심사 결과와 다르게 과세처분된 경우 과소신고가산세가 면제된다.

이때 심사과정에서 부정확한 서류를 제출하거나, 사실관계의 변경·누락 및 탈루혐의가 있는 경우는 제외된다.

국세청은 “향후 제도 운영에 대한 의견을 수렴하고 심사 사례집을 발간하는 등 성실신고를 적극 뒷받침하겠다”고 밝혔다.

◆ ‘연구·인력개발비 세액공제 사전심사 제도’란?

과학적 진전, 새로운 서비스의 개발, 임직원의 교육 등을 위해 연구소를 운영하거나 타기관과 공동연구하면서 인건비, 재료비 등을 지출한 경우 당해 과세연도의 법인세(소득세)에서 공제 대상 금액을 차감하는 조세지원 제도다.

연구·인력개발비 세액공제는 기업 입장에서 조세 절감 효과가 큰 반면, 세액공제 해당여부나 공제 가능 금액에 대해서는 과세관청과 납세자 간 이견이 많은 항목 중 하나로, 이로 인해 추후 세무조사 등으로 세액공제가 잘못된 것으로 확인되면, 수년간 공제받은 금액에 가산세까지 포함하여 추징되는 사례가 발생하므로 납세자에게 큰 부담이 될 수도 있다.

이를 완화하기 위해 2020년 1월 1일부터 납세자가 신청하는 경우 연구·인력개발비 세액공제 적정 여부를 국세청이 사전에 확인해주는 제도를 시행한다.

국세청은 이 제도를 통해 연구·인력개발비 세액공제 가능 여부에 대한 불확실성을 해소하고 가산세 부담을 완화하여, 신청한 기업들이 연구·인력개발 활동에 전념할 수 있도록 적극적으로 지원할 예정이다.

◆ 사전심사 신청은 어떻게 하나요?

사전심사는 연구·인력개발비 세액공제를 적용받고자 하는 내국법인과 거주자가 신청할 수 있다. 의무적으로 신청해야 하는 것은 아니며, 사전심사를 거치지 않더라도 종전과 같이 납세자의 판단에 의해 세액공제 대상으로 신고가 가능하다.

심사상은 이미 지출한 비용뿐만 아니라 지출 예정 비용, 전체 비용 중 일부 항목에 대한 신청도 가능하며, 금액제한은 없다.

신청기한은 법인세(소득세) 과세표준 신고 전까지 신청 가능하며, 법인세(소득세) 신고 시 연구·인력개발비 세액공제를 누락한 부분에 대해서는 경정청구, 수정신고, 기한후신고 전까지 가능하다.

신청방법은 홈택스(www.hometax.go.kr), 우편, 방문접수(세무서 민원봉사실·국세청 법인세과)를 통해 신청할 수 있고, 제출서류는 연구·인력개발비 사전심사 신청서, 연구개발 보고서, 연구개발비 명세서, 기타 공제 대상임을 입증할 수 있는 서류를 제출해야 한다.

◆ 사전심사는 어떻게 진행되나요?

국세청 법인세과 연구개발 세정지원TF팀에서 심사하며, 신청한 연구·인력개발비를 기술 및 비용 측면에서 검토한다.

연구·인력개발비는 ‘신성장동력·원천기술 연구개발비’와 ‘일반 연구·인력개발비’로 구분되며, 일반 연구·인력개발비 보다 세제상 혜택이 큰 ‘신성장동력·원천기술 연구개발비’에 대한 기술검토는 한국산업기술진흥원에서 별도로 심사한다.

신성장동력·원천기술 연구개발비에 대한 사전심사가 접수된 경우 한국산업기술진흥원에서 기술검토가 진행될 수 있도록 신청인의 동의하에 제출서류 등을 이관하고, 국세청은 비용검토를 진행한다.

심사는 신청인의 편의를 위해 서면심사로 진행하며, 단 제출서류에 의해 사실관계가 정확히 확인되지 않는 경우 보완요구 또는 현장확인이 진행될 수 있다.

심사 담당자는 신청인에게 주요 검토사항 및 향후 진행과정 등을 충분히 설명하고, 연구·인력개발비 세액공제에 대한 컨설팅을 제공할 예정이며, 심사결과에 이의가 있는 경우 재심사 청구가 가능하다.

◆ 어떤 혜택이 있나요?

신청인이 심사 결과에 따른 세액공제 금액을 반영하여 법인세(소득세)를 신고한 경우 각종 효력이 부여되는데, 물론 아래의 효력이 부여되는데, 심사과정에서 부정확한 서류를 제출하거나, 사실관계의 변경·누락 등으로 탈루혐의가 확인된 경우는 제외된다.

심사 받은 내용에 대해서는 신고내용 확인 및 감면사후관리 대상에서 제외되고, 심사 이후 세무조사 등으로 인해 심사 결과와 다르게 과세처분이 되더라도, 심사대상 연도에 대한 과소신고 가산세는 면제된다.

또한 심사 결과에 대해 충분한 설명과 함께 연구·인력개발비 세액공제에 대한 컨설팅 등의 자문서비스를 제공하며, 신고 전 사전신청을 통해 세무상 불확실성을 해소함으로써 납세협력비용 등을 줄일 수 있다.

◆ 국세청 향후 추진계획은?

신청인이 이 제도를 쉽고 편리하게 이용할 수 있도록, 국세청 누리집(www.nts.go.kr)의 안내코너에 신청 서식을 샘플로 작성·게시하여 제도에 대한 이해를 돕고, 중소기업중앙회, 대한상공회의소 등 유관기관 회원들과 세무대리인을 대상으로 간담회를 실시하여 제도의 운영이나 개선사항에 대한 의견을 수렴한다는 방침이다.

향후 연구·인력개발비 세액공제 적용 사례집 발간, 가이드라인 배포 등을 통해 납세자의 성실신고를 지원하여, 연구·인력개발비 세액공제가 공정하게 이루어지도록 하겠다고 국세청은 밝혔다.

현재 제도 시행 초기에 해당하여 심사팀이 임시 조직(TF)으로 운영되고, 기술검토는 신성장동력·원천기술의 심사와 동일하게 외부전문가를 활용하여 진행할 예정이나 사전심사 신청 추이를 반영하여 연구개발 세정지원TF팀을 확대한 상설 조직으로 개편을 추진하고 연구·인력개발에 대한 전문 지식을 갖춘 이공계 전공자를 분야별로 충분히 확보해 신속하고 친절한 사전심사 서비스를 제공하겠다고 설명했다.

기타 문의사항은 국세청 법인세과 연구개발 세정지원TF팀(☎044-204-3333~9)으로 문의하면 된다.