1. 사실관계

가. 원고는 1962. 3.경 중등교육과 실업에 관한 전문교육을 실시함을 목적으로 설립된 비영리내국법인으로서, 설립 당시 이 사건 토지를 출연받은 이래로 기본재산으로 보유하다가 2005. 4. 21. 주식회사 000에게 1,632,033,000원(이하 ‘이 사건 토지 매각대금’이라 한다)에 매도하였다.

나. 원고는 이 사건 토지 매각대금을 포함한 1,689,657,481원을 고유목적사업준비금으로 손금산입하여 2005 사업연도 법인세 신고를 마쳤다.

다. 그 후 원고는 이 사건 토지 매각대금을 정기예금으로 예치하여 관리하여 오다가, 관할 교육청의 허가를 얻어 2007. 11. 19.부터 2007. 12. 28.까지 사이에 임대사업을 위하여 이 사건 아파트를 1,676,901,250원에 취득하였고, 5년의 유예기간이 지나도록 위 금액 상당을 고유목적사업에 지출하지 아니하였다.

2. 이 사건의 쟁점

이 사건의 쟁점은 비영리법인이 고유목적사업준비금을 5년의 유예기간 내에 다른 목적으로 사용한 경우 익금 산입시기를 언제로 볼 것인지 여부이다.

3. 대상 판결의 요지(대법원 2017. 3. 9. 선고 2016두59249 판결)

가. 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것) 제29조 제1항은 비영리 내국법인이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 등에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에 일정 한도액의 범위 안에서 이를 손금에 산입하도록 규정하고 있고, 제3항 제4호는 고유목적사업준비금을 손금에 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 때에는 그 잔액을 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 익금에 산입하도록 규정하고 있다.

위와 같은 규정들은 비영리내국법인이 고유목적사업준비금으로 계상한 부분에 대하여 고유목적사업 등에 지출하기 전이라도 미리 손금에 산입할 수 있도록 허용하는 대신 고유목적사업준비금을 손금에 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지는 고유목적사업 등에 지출이 이루어져야 한다는 점을 전제로 하여 위 기간 동안 과세를 이연함으로써 비영리내국법인이 공익사업을 원활하게 수행할 수 있도록 하기 위한 것이다. 따라서 비영리내국법인이 5년의 유예기간 중에 고유목적사업준비금을 고유목적사업 등이 아닌 다른 용도에 사용하여 더 이상 고유목적사업에 지출할 수 없다는 점이 분명하게 드러남으로써 앞서 본 바와 같은 과세혜택을 부여할 전제가 상실된 경우라면, 5년의 유예기간에도 불구하고 사용금액 상당을 그 사유가 발생한 사업연도의 익금에 곧바로 산입할 수 있다고 봄이 상당하다.

나. 이러한 사실관계를 앞서 본 규정과 법리에 비추어 살펴보면, 원고가 이 사건 토지 매각대금으로 이 사건 아파트를 매입하여 고유목적사업이 아닌 임대사업에 사용한 이상, 그때 이미 이 사건 토지 매각대금은 고유목적사업에 지출할 수 없다는 점이 분명해졌다고 할 것이므로 그 사유가 발생한 2007 사업연도의 익금에 산입할 수 있다고 보아야 한다.

그런데도 원심은 이와 달리 그 판시와 같은 이유만으로 원고가 이 사건 토지 매각대금을 고유목적사업이 아닌 임대사업에 사용하였더라도 아직 손금에 계상한 사업연도 종료일부터 5년이 되는 날에 도달하지 아니하였으므로 이 사건 토지 매각대금을 이 사건 아파트 매입일이 속한 사업연도의 익금에 산입할 수 없다고 판단하였으니, 이러한 원심의 판단에는 고유목적사업준비금의 익금산입시기에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다.

4. 대상 판결에 대하여

대상 판결은 5년의 유예기간 내에 고유목적사업준비금을 고유목적사업이 아닌 다른 용도로 사용한 경우 그 금액을 익금산입하는 시기를 유예기간인 5년이 경과한 때가 아닌 다른 용도로 사용한 때라는 점을 명확하게 밝힌 판결로서 의미가 있다.