사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우, 공통매입세액을 과세사업 관련 부분과 면세사업 관련 부분으로 안분하는 방법에 대한 대법원 판결문이다.

1. 사실관계

(1) 원고는 OO시장을 운영하는 지방공사로서 면세사업인 도매시장관리사업 및 그 부대사업과 과세사업인 부동산임대업, 주차장업 등을 겸영하고 있다.

(2) 원고는 2010. 7.경 OO시장 사업장에서 시설현대화 사업을 1단계(기간: 2011년~2013년, 부지: 30,389.16㎡), 2단계(기간: 2013년~2015년, 부지: 77,424.50㎡), 3단계(기간: 2015년~2018년, 부지: 155,328.54㎡)로 나누어 순차적으로 시행하는 계획을 입안하였다.

(3) 그에 따라 원고는 2011. 6. 16. 1단계 사업부지에 판매동 6동과 관리업무동 1동의 총 7개 건물을 신축하는 1단계 사업에 착수하여 2015년경 완료하였는데, 그 무렵까지도 2, 3단계 사업은 자체 사업계획만 수립된 상태였으므로, 원고는 2, 3단계 사업이 예정된 부지 내에서 기존과 동일한 방식으로 도매시장관리사업 및 부동산임대업 등을 영위하였다.

(4) 원고는 2010년 제2기부터 2013년 제1기까지(이하 ‘이 사건 과세기간’이라고 한다)의 부가가치세를 신고하면서, 그 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 해당하는 1단계 사업과 관련한 매입세액(이하 ‘이 사건 매입세액’이라고 한다)에 대하여, 시행령 제61조 제1항에 따라 OO시장 사업장에서 발생한 면세사업의 공급가액이 총공급가액에서 차지하는 비율(각 과세기간별로 약 43~47%)로 안분하여 불공제대상인 면세사업 관련 매입세액을 계산하였다.

(5) 이후 원고는 2013. 10. 25. 이 사건 매입세액에 대하여 시행령 제61조 제4항 제3호에 따라 1단계 사업만을 기준으로 총예정사용면적 중 면세사업과 관련된 예정사용면적의 비율(7.76%)로 안분하여 계산해야 한다는 이유로 감액경정신청을 하였다.

(6) 이에 피고는 원고의 신청과 같이 시행령 제61조 제4항 제3호에 따라 이 사건 매입세액을 안분하되 그 예정사용면적은 1단계 사업만이 아니라 1~3단계 사업 전체를 기준으로 정해야 하고 이에 따를 경우 면세사업 관련 매입세액은 이 사건 매입세액의 35.72%에 이른다는 이유로, 원고의 감액경정신청을 일부 받아들이면서 나머지 부분에 대하여는 감액경정을 거부하였다.

2. 이 사건의 쟁점

이 사건의 쟁점은 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우, 공통매입세액을 과세사업 관련 부분과 면세사업 관련 부분으로 안분하는 방법이다.

3. 대상 판결의 요지(대법원 2017. 1. 25. 선고 2016두51788 판결)

가. 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 것) 제17조 제7항, 그 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 ‘시행령’이라고 한다) 제61조 제1항 본문에 의하면, 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용하여 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 ‘공통매입세액’이라고 한다)은 과세사업 관련 부분과 면세사업 관련 부분으로 안분하여야 하고, 그 안분은 원칙적으로 면세사업의 공급가액이 총공급가액에서 차지하는 비율에 따라 산정하여야 한다.

다만 이처럼 공급가액의 비율에 따라 공통매입세액을 안분하는 것은 그 공통매입세액이 발생한 사업 부분과 공급가액이 발생한 사업 부분 사이에 관련성이 있을 경우에 한하고, 그 각 사업 부분이 서로 분리·독립되어 있다면 공급가액을 기준으로 공통매입세액을 안분할 것은 아니다. 이 경우 위 각 사업 부분이 서로 관련된 것인지 여부는 공통매입세액의 발생사유인 재화 등을 공급받은 경위와 목적, 사업운영의 형태, 공통매입세액과 공급가액이 발생한 사업장의 장소적 연관성, 업종의 특성 등 관련 사정을 종합적으로 고려하여 판단할 것이다.

한편 공통매입세액이 발생한 사업 부분과 공급가액이 발생한 사업 부분이 서로 분리·독립되어 있다는 등의 사유로 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그중 어느 한 사업의 공급가액이 없을 때에는 공통매입세액은 공급가액의 비율에 따라 안분할 수 없으므로, 매입가액의 비율, 예정공급가액의 비율 등을 적용하여 안분하되, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공한 경우에 그 예정면적을 구분할 수 있을 때에는 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율에 따라 안분한다(시행령 제61조 제4항).

나. 위와 같은 사실관계와 더불어 기록에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 앞에서 본 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 과세기간 동안의 1단계 사업은 원고가 같은 기간에 OO시장 사업장 내에서 운영한 기존 사업과 구분되는 별개의 독립된 사업 부분이라고 보기 어려우므로, 이 사건 매입세액은 시행령 제61조 제1항에 따라 OO시장 사업장에서 발생한 과세사업과 면세사업의 각 공급가액이 총공급가액에서 차지하는 비율에 따라 안분하여 계산함이 타당하다.

1) 원고가 추진한 OO시장 현대화 사업은 농수산물의 초과 반입 및 도ㆍ소매 시설의 혼재로 인한 혼잡과 유통비용의 증가를 해소하기 위해 3단계에 걸쳐 주요시설을 재건축하는 내용으로 진행되었다.

2) 원고는 그 과정에서 기존 상인들의 영업이 일시에 중단되지 않고 계속 유지될 수 있도록 단계별 순환개발 방식을 택하여, 위 현대화 사업이 진행되는 단계에 맞추어 단일사업장인 OO시장 사업장의 부지를 3분하여, 1단계가 진행되는 중에는 1단계 해당 부지에서 영업을 하던 상인들이 OO시장 사업장 내의 다른 부지로 옮겨 영업을 계속할 수 있게 하였고, 이후 2, 3단계가 순차적으로 진행되는 중에도 같은 방식으로 각 해당 부지에서 영업을 하던 상인들로 하여금 이미 공사가 마쳐졌거나 시행되기 전의 부지로 옮겨 영업을 지속할 수 있도록 할 예정이었다.

3) 이와 같이 원고는 1단계 사업이 진행되는 중에도 기존의 사업을 계속적으로 영위하였고, 이 사건 사업은 OO시장 사업장 내의 시설을 현대화하는 등 기존 사업의 영업여건을 개선하기 위해 추진된 것일 뿐이다.

다. 그럼에도 원심은 이 사건 과세기간 동안 OO시장 사업장 내에서 발생한 공급가액이 이 사건 매입세액과 관련되지 아니한 것으로 보아, 시행령 제61조 제1항이 아닌 같은 조 제4항 제3호에 따라 1단계 사업만을 기준으로 이 사건 매입세액이 안분되어야 한다고 잘못 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 시행령 제61조 제1항과 제4항의 해석 및 적용에 관한 법리를 오해하여 판결 결과에 영향을 미친 잘못이 있다.

4. 대상 판결에 대하여

가. 관련 판결

대법원 2016. 12. 29. 선고 2014두10714 판결은 종합병원을 운영하는 비영리법인이 여러 과세사업(부동산임대업, 주차장업, 장례식장업 등)과 면세사업(의료업)을 겸영하는 경우 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액을 안분 계산하는 방법에 관하여, “구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제2항 제4호는 면세사업에 관련된 매입세액 등을 매출세액에서 공제하지 아니하도록 규정하고, 제7항의 위임에 따른 구 부가가치세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제61조 제1항은 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따르되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 면세사업의 공급가액이 총공급가액에서 차지하는 비율만큼 안분하여 면세사업에 관련된 매입세액을 계산하도록 규정하고 있다.

이러한 규정 문언과 입법 취지를 종합하여 보면, 사업자가 여러 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우 면세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지 귀속을 구분하여 계산하여야 하고, 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액을 안분 계산할 때에는 여러 사업 중 공통매입세액에 관련되는 과세사업과 면세사업을 가려내어 그 부분만의 해당 과세기간의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 계산하여야 한다(대법원 2009. 5. 14. 선고 2007두4896 판결). 한편 공통매입세액이 하나의 과세사업 또는 면세사업 중 일부분에 관련되는 경우에, 그 부분이 사업 장소와 운영 실태 등에 비추어 나머지 부분과 구분되는 별개의 독립된 사업 부분이라고 볼 수 없다면 해당 사업 전체의 공급가액을 기준으로 하여 면세사업에 관련된 매입세액을 계산하여야 한다.”라고 판시하여 그 판단기준을 제시하였다.

위 2014두10714 판결은 위와 같은 법리를 전제한 다음, 신관 건물에서 원고가 수행하는 사업이 기존 건물에서 운영하던 병원의 의료업 등과 완전히 분리된 별개의 사업에 해당한다고 보기 어렵고, 이 사건 신관 건물은 환자 수 증가에 따른 기존 건물의 공간부족 문제를 해결하기 위하여 진료공간 등을 확장하여 기존 건물에서 수행하던 의료업 등을 좀 더 원활하고 효율적으로 운영하기 위한 것으로 봄이 상당하므로, 실지 귀속을 구분하기 어려운 이 사건 신축 관련 공통매입세액에 관하여 피고가 병원 전체의 과세사업과 면세사업의 공급가액 비율에 따라 안분하여 면세사업 관련 매입세액을 계산한 것은 적법하다고 판시하였다.

또한 위 병원이 운영하는 직영 주차장(일부 구역은 원고의 직원들이 직접 사용하고, 노상주차장은 내원객이 유료로 사용) 공통매입세액은 면세사업인 의료업과 과세사업인 주차장업에 공통으로 사용되고, 그 실지 귀속을 구분할 수 없는 경우에 해당하므로, 이러한 공통매입세액을 주차장업의 공급가액과 의료업의 수입금액의 합계액 중 의료업의 수입금액이 차지하는 비율에 따란 안분하여 면세사업 관련 매입세액을 계산한 것은 적법하다고 판시하였다.

나. 대상 판결의 의의

대상 판결은 위 가.항과 같은 입장에서, 공급가액의 비율에 따라 공통매입세액을 안분하는 것이 공통매입세액이 발생한 사업 부분과 공급가액이 발생한 사업 부분 사이에 관련성이 있을 경우에 한하는지 여부 및 이때 각 사업 부분이 서로 관련된 것인지 판단하는 기준, 그리고 공통매입세액이 발생한 사업 부분과 공급가액이 발생한 사업 부분이 서로 분리ㆍ독립되어 있다는 등의 사유로 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그중 어느 한 사업의 공급가액이 없을 경우, 공통매입세액을 안분하는 방법에 관한 판단기준을 제시해 주었다는 점에 의의가 있다.