사업자가 여러 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우, 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액을 안분 계산하는 방법에 대한 대법원 판결이다.
1. 사실관계
(1) 원고는 ▽▽병원을 운영하는 비영리법인으로 면세사업인 의료업과 과세사업인 부동산임대업, 주차장업, 장례식장업 등을 겸영하고 있다.
(2) 원고는 종전까지 서관, 동관 건물에서 병원을 운영하다가 2005. 5. 25.부터 병원 입구 나대지에 신관 건물 건축공사를 시작하여 2008. 4. 17. 지하 5층, 지상 15층 규모의 이 사건 신관 건물을 완공하였다.
(3) 원고는 2007년 제1기 및 제2기분 부가가치세를 신고하면서, 이 사건 신관 건물의 신축과 관련한 공통매입세액 15,888,650,034원 중 위 과세기간에 관련된 부분(이하 ‘이 사건 신축 관련 공통매입세액’이라 한다)에 관하여 이 사건 신관 건물의 전용사용면적을 기준으로 과세사업과 면세사업에 사용될 예정사용면적의 비율로 안분하여 면세사업 관련 매입세액을 계산하였다.
(4) 반면 피고는 위 과세기간에는 이 사건 신관 건물의 실제 사용면적이 확정되지 않아 실지 귀속이 구분되지 않고, 이 사건 신관 건물은 기존 병원을 확장하여 병원 전체의 일부로 운영되는 것이라고 보아, 이 사건 신축 관련 공통매입세액을 병원 전체의 과세사업과 면세사업의 공급가액 비율에 따라 안분하여 계산한 면세사업 관련 매입세액을 불공제하였다.
(5) 한편 원고는 서관 건물 지하 주차장, 동관 건물 지하 주차장, 교육연구관 지하 주차장, 중앙 주차장, 유수지 주차장, 장애인 주차장, 응급실 주차장, 기숙사 주차장 등(이하 ‘이 사건 직영 주차장’이라 한다)을 직영하였는데, 그중 서관, 동관, 교육연구관 등 건물 지하 주차장은 원고 직원들이 직접 사용하고, 나머지 노상 주차장은 내원객으로부터 주차료를 받아 수익으로 처리하였다.
(6) 원고는 2007년 제2기부터 2009년 제1기까지 지출한 이 사건 직영 주차장의 관리용역비와 관련된 매입세액 382,522,066원(이하 ‘이 사건 직영 주차장 공통매입세액’이라 한다)을 유료주차분 공급가액과 무료주차분 주차요금 환산금액의 비율로 안분하여 계산하였다.
(7) 반면 피고는 원고의 주차장업이 의료업 등과 별도로 운영되는 것으로 보기 어렵다는 이유로, 이 사건 직영 주차장 공통매입세액을 병원 전체의 과세사업과 면세사업의 공급가액 비율에 따라 안분하여 계산한 면세사업 관련 매입세액을 불공제하였다.
2. 이 사건의 쟁점
이 사건의 쟁점은 사업자가 여러 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우, 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액을 안분 계산하는 방법이다.
3. 대상 판결의 요지(대법원 2016. 12. 29. 선고 2014두10714 판결)
가. 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제2항 제4호는 면세사업에 관련된 매입세액 등을 매출세액에서 공제하지 아니하도록 규정하고, 제7항의 위임에 따른 구 부가가치세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제61조 제1항은 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따르되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 면세사업의 공급가액이 총공급가액에서 차지하는 비율만큼 안분하여 면세사업에 관련된 매입세액을 계산하도록 규정하고 있다.
이러한 규정 문언과 입법 취지를 종합하여 보면, 사업자가 여러 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우 면세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지 귀속을 구분하여 계산하여야 하고, 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액을 안분 계산할 때에는 여러 사업 중 공통매입세액에 관련되는 과세사업과 면세사업을 가려내어 그 부분만의 해당 과세기간의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 계산하여야 한다(대법원 2009. 5. 14. 선고 2007두4896 판결). 한편 공통매입세액이 하나의 과세사업 또는 면세사업 중 일부분에 관련되는 경우에, 그 부분이 사업 장소와 운영 실태 등에 비추어 나머지 부분과 구분되는 별개의 독립된 사업 부분이라고 볼 수 없다면 해당 사업 전체의 공급가액을 기준으로 하여 면세사업에 관련된 매입세액을 계산하여야 한다.
나. 원심은, 이 사건 신관 건물은 원고가 ▽▽병원을 운영하면서 사용해오던 기존 건물과 연결통로 등으로 구조적으로 연결되어 있는 점, 원고는 기존 건물에서 환자를 진료하던 일부 진료과목을 이 사건 신관 건물에 재배치함과 아울러 이 사건 신관 건물의 채혈실, 영상의학과, 주차장 등을 기존 건물에 내원한 환자를 위하여도 제공한 점 등에 비추어 보면, 이 사건 신관 건물에서 원고가 수행하는 사업이 기존 건물에서 운영하던 ▽▽병원의 의료업 등과 완전히 분리된 별개의 사업에 해당한다고 보기 어렵고, 이 사건 신관 건물은 환자 수 증가에 따른 기존 건물의 공간부족 문제를 해결하기 위하여 진료공간 등을 확장하여 기존 건물에서 수행하던 의료업 등을 좀 더 원활하고 효율적으로 운영하기 위한 것으로 봄이 상당하므로, 실지 귀속을 구분하기 어려운 이 사건 신축 관련 공통매입세액에 관하여 피고가 병원 전체의 과세사업과 면세사업의 공급가액 비율에 따라 안분하여 면세사업 관련 매입세액을 계산한 것은 적법하다고 판단하면서, 이와 달리 이 사건 신관 건물만을 기준으로 하여 그 완공 전인 2007년 제1, 2기에는 과세사업과 면세사업의 공급가액이 있을 수 없으므로 구 부가가치세법 시행령 제61조 제4항에 의하여 예정사업면적 비율에 따라 안분하여 계산하여야 한다는 원고의 주장을 배척하였다.
다. 나아가 원심은, ① 이 사건 직영 주차장은 원고의 내부 관련 규정에 근거하여 ▽▽병원의 의료업에 관련된 것으로 확인된 경우에는 일정 시간 무료로 주차를 허용하여 내원 환자 등의 편의를 도모하되 그와 관련 없이 주차한 경우에는 주차요금을 받고 있는 점, ② 원고가 이 사건 직영 주차장에서 주차요금을 받는 때에도 문병객인 경우가 있을 수 있는 등 의료업과 전혀 무관하다고 단정할 수 없는 점, ③ 이 사건 직영 주차장에서 주차요금을 받지 않는 때에도 환자가 아니지만 30분 이내의 주차인 경우가 있을 수 있으므로 의료업에만 해당된다고 단정할 수 없는 점 등을 종합하여 보면, 원고가 설치ㆍ운영한 이 사건 직영 주차장이 ▽▽병원의 의료업과 명백하게 구분되는 별도의 사업단위를 이룬다고 볼 수 없으므로, 이 사건 직영 주차장 공통매입세액은 면세사업인 의료업과 과세사업인 주차장업에 공통으로 사용되고 그 실지 귀속을 구분할 수 없는 경우에 해당한다고 보아, 피고가 이를 주차장업의 공급가액과 의료업의 수입금액의 합계액 중 의료업의 수입금액이 차지하는 비율에 따라 안분하여 면세사업 관련 매입세액을 계산한 것은 적법하다고 판단하였다.
라. 앞서 본 규정과 법리에 비추어 기록을 살펴보면 원심의 위와 같은 판단은 정당하다.
4. 대상 판결에 대하여
가. 관련 판결
대법원 2017. 1. 25. 선고 2016두51788 판결은 도매시장을 운영하는 사업자가 1, 2, 3단계로 나누어 진행중인 시설현대화 사업에서 1단계 사업에서 발생한 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액의 안분계산과 관련하여, “구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 것) 제17조 제7항, 그 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 ‘시행령’이라고 한다) 제61조 제1항 본문에 의하면, 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용하여 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 ‘공통매입세액’이라고 한다)은 과세사업 관련 부분과 면세사업 관련 부분으로 안분하여야 하고, 그 안분은 원칙적으로 면세사업의 공급가액이 총공급가액에서 차지하는 비율에 따라 산정하여야 한다. 다만 이처럼 공급가액의 비율에 따라 공통매입세액을 안분하는 것은 그 공통매입세액이 발생한 사업 부분과 공급가액이 발생한 사업 부분 사이에 관련성이 있을 경우에 한하고, 그 각 사업 부분이 서로 분리ㆍ독립되어 있다면 공급가액을 기준으로 공통매입세액을 안분할 것은 아니다. 이 경우 위 각 사업 부분이 서로 관련된 것인지 여부는 공통매입세액의 발생사유인 재화 등을 공급받은 경위와 목적, 사업운영의 형태, 공통매입세액과 공급가액이 발생한 사업장의 장소적 연관성, 업종의 특성 등 관련 사정을 종합적으로 고려하여 판단할 것이다.
한편 공통매입세액이 발생한 사업 부분과 공급가액이 발생한 사업 부분이 서로 분리ㆍ독립되어 있다는 등의 사유로 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그중 어느 한 사업의 공급가액이 없을 때에는 공통매입세액은 공급가액의 비율에 따라 안분할 수 없으므로, 매입가액의 비율, 예정공급가액의 비율 등을 적용하여 안분하되, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공한 경우에 그 예정면적을 구분할 수 있을 때에는 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율에 따라 안분한다(시행령 제61조 제4항).“고 판시하였다.
위 2016두51788 판결은, 1단계 사업은 원고가 같은 기간에 OO시장 사업장 내에서 운영한 기존 사업과 구분되는 별개의 독립된 사업 부분이라고 보기 어려우므로, 이 사건 공통매입세액은 시행령 제61조 제1항에 따라 OO시장 사업장에서 발생한 과세사업과 면세사업의 각 공급가액이 총공급가액에서 차지하는 비율에 따라 안분하여 계산함이 타당하고, 시행령 제61조 제1항이 아닌 같은 조 제4항 제3호에 따라 1단계 사업만을 기준으로 공통매입세액을 안분하는 것은 잘못이라고 판시하였다.
나. 대상 판결의 의의
대상 판결은 위 가.항의 판결과 같은 입장에서 사업자가 여러 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우, 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액을 안분 계산하는 방법, 공통매입세액이 하나의 과세사업 또는 면세사업 중 일부분에 관련되고 그 부분이 나머지 부분과 구분되는 별개의 독립된 사업 부분이라고 볼 수 없는 경우, 사업 전체의 공급가액을 기준으로 면세사업에 관련된 매입세액을 계산하여야 하는지 여부에 관한 판단기준을 제시해 주었다는 점에 의의가 있다.
