정부는 2024년 세법개정 및 시행령에서 위임한 사항과 주요 제도개선 사항 등을 규정하기 위해 17개 시행규칙의 개정을 추진할 계획이라고 26일 밝혔다. 동 시행규칙은 입법예고‧부처협의, 법제처 심사 등을 거처 3월 중순 경에 공포‧시행할 예정이다.

이번 시행규칙 개정은 국세기본법, 국세징수법, 조세특례제한법, 국제조세조정에 관한 법률, 소득세법, 법인세법, 상속세 및 증여세법, 종합부동산세법, 증권거래세법, 부가가치세법, 개별소비세법, 교통‧에너지‧환경세법, 주세법, 과세자료의 제출 및 관리에 관한 법률, 관세법, 자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률, 농‧축산‧임‧어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정 등이다.

다음은 이날 정부가 발표한 `24년 세법개정 후속 시행규칙 개정안 주요 내용이다.

[주요 개정내용]

1. 국가전략기술 사업화시설* 범위 확대(조특칙)

    * 일반시설(대/중견/중소 1/5/10%)에 비해 높은 투자세액공제율 적용(국가전략기술 사업화시설: 15/15/25%, 신성장 사업화시설: 3/6/12%)

 ㅇ (현행) 반도체, 이차전지, 백신, 디스플레이, 수소, 미래형이동수단, 바이오의약품 7개 분야 54개* 시설

    * ①반도체 20개, ②이차전지 9개, ③백신 3개, ④디스플레이 6개, ⑤수소 9개, ⑥미래형 이동수단 3개, ⑦바이오의약품 4개

ㅇ (개정안) 반도체ㆍ이차전지 부품 등 제조시설 등 58개 시설로 확대

 ㅇ (적용시기) ‘25.1.1. 이후 투자하는 분부터 적용

2. 신성장 사업화시설 범위 확대

 ㅇ (현행) 미래형 자동차, 탄소중립 등 14개 분야 182개 시설

    * ①미래차, ②지능정보, ③차세대S/W, ④콘텐츠, ⑤전자정보 디바이스, ⑥차세대 방송통신, ⑦바이오·헬스, ⑧에너지‧환경, ⑨융복합소재, ⑩로봇, ⑪항공‧우주, ⑫첨단 소재‧부품‧장비, ⑬탄소중립, ⑭방위산업

 ㅇ (개정안) 탄소중립 분야 시설 추가하여 183개 시설로 확대

   * (탄소중립 분야) 전기로 저탄소원료 활용 철강 제조시설(추가), 바이오케미칼 원료 생산시설에 바이오 합성고무 추가(확대)

 ㅇ (적용시기) ‘25.1.1. 이후 투자하는 분부터 적용

3. 국가전략기술 R&D 세액공제 적용범위 확대

 ㅇ (현행) 국가전략기술, 일반 R&D를 동시에 연구한 인력에 대해 일반 R&D 세액공제율 적용

 ㅇ (개정안) 50% 이상의 시간을 국가전략기술 R&D에 투입한 경우 실제 연구시간으로 안분하여 국가전략기술 R&D 공제율 적용

 ㅇ (적용시기) 시행일이 속하는 과세연도에 발생하는 분부터 적용

4. 국세·관세 환급가산금*, 부동산 임대보증금 간주임대료** 등 산정 시 적용되는 이자율 조정(국기칙·소득칙·법인칙·부가칙·관세칙)

  * 과오납 등에 따른 국세·관세 환급시 가산하여 환급하는 이자상당액
 ** 임대보증금에 대한 이자상당액에 대해 소득세ㆍ법인세ㆍ부가가치세 과세 

 ㅇ (현행) 정기예금 평균 이자율을 고려하여 매년 조정: 연 3.5%*

    * 환급가산금 이자율(%): (’18)1.8 (’19)2.1 (’20)1.8 (‘21)1.2 (‘22)1.2 (’23)2.9 (’24)3.5

 ㅇ (개정안) 시중금리 등 인하 추세* 반영 인하: 연 3.1%

    * ① 1년 만기 정기예금 年평균 수신금리(%): (’23) 3.84 → (’24) 3.48② 1년 만기 정기예금 月별 수신금리(%): (’24.11) 3.39 → (’24.12) 3.18 ③ 한국은행 기준금리(%): (’23.1~‘24.8) 3.50 → (’25.2) 2.75

 ㅇ (적용시기) ❶국세·관세 환급가산금 - 규칙 시행일 이후 기간분부터 적용,  ❷간주임대료 - ‘25.1.1. 이후 개시하는 과세연도분부터 적용

5. 면세점 특허 수수료 50% 인하

 ㅇ (현행) 매출액 기준별*로 0.1~1% 부과 ➝ (개정안) 요율 50% 인하

    * [현행] (2천억원 이하) 0.1% / (2천억원 초과 1조원 이하) 0.5% / (1조원 초과) 1%
      [개정] (2천억원 이하) 0.05% / (2천억원 초과 1조원 이하) 0.25% / (1조원 초과) 0.5%

 ㅇ (적용시기) ’24년 매출분에 부과하는 특허 수수료부터 적용

6. 여행자 휴대 면세주류 병수제한(2병) 폐지

 ㅇ (현행) 최대 2병, 2리터(가격: 미화 400달러 이하)

 ㅇ (개정안) 최대 2리터(가격: 미화 400달러 이하)

 ㅇ (적용시기) 공포일 이후 수입하는 휴대품ㆍ별송품부터 적용

7. 종부세 합산배제 미분양 주택범위 한시적 확대

 ㅇ (현행) 주택신축판매업자 소유의 미분양 주택에 대해 5년간 종부세 합산배제 

 ㅇ (개정안) ’25·’26년 한시적으로 합산배제 기간 연장(5년→7년)

 ㅇ (적용시기) 시행일 이후 납세의무가 성립하는 분부터 적용