1. 사실관계

가. 원고와 OO 주식회사는 각종 차량 및 부분품의 제조․판매업을 영위하는 회사들로서 동일기업집단에 속한 계열회사이다.

나. 원고는 2004. 6.경부터 OO 주식회사와 이 사건 공동연구개발 약정을 체결하여 직전 사업연도 매출액 비율에 따라 기술개발과 관련하여 발생한 전체 공동경비를 분담하고, 분담비율을 초과하여 지출한 금액에 대하여 상대방으로부터 정산금을 지급받았다.

다. 전체 공동경비는 인건비 등 내부비용과 외부비용(이하 ‘이 사건연구비’라고 한다)으로 구분되고, 외부비용은 부가가치세 과세대상 지출뿐만 아니라 면세대상 지출 등도 포함되어 있다. 그런데, 원고는 이 사건 연구비 중 부가가치세과세대상 지출과 관련된 매입세액(이하 ‘이 사건 매입세액’이라고 한다) 전부를 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고․납부하였다.

라. 이에 피고는 이 사건 연구비 중 부가가치세 과세대상 지출만을 기준으로 직전 사업연도 매출액 비율에 따라 안분하여 원고의 분담비율을 초과하는 금액을 산정한 다음, 그 초과금액은 사업과 직접 관련이 없는 지출에 해당한다는 이유로, 이 사건 매입세액 중 해당 금액에 대한 매입세액을 불공제하는 이 사건 처분을 하였다.

2. 이 사건의 쟁점

이 사건의 쟁점은 공동경비 중 매입세액이 공제되는 분담금의 범위이다.

3. 대상 판결의 요지(대법원 2017. 3. 22. 선고 2016두57175 판결)

가. 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 것) 제17조는 제1항 제1호에서 ‘자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액’을 매출세액에서 공제하도록 규정하는 한편, 제2항 제3호에서 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액의 하나로 ‘사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액’을 들고 있다(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 구 부가가치세법 제17조 제2항 제2호도 같은 취지이다). 그리고 제17조 제7항의 위임에 따른 구 부가가치세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제60조 제3항은 ‘사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액’의 범위에 관하여 법인세법 시행령 제48조에 규정하는 바에 따르도록 규정하고 있고, 구 법인세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22035호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제48조 제1항 제2호 가목 본문은 ‘비출자공동사업자 사이에 제87조 제1항 각 호의 특수관계가 있는 경우 직전 사업연도의 매출액 총액에서 해당 법인의 매출액이 차지하는 비율에 의한 분담금액을 초과하는 금액은 손금에 산입하지 아니한다’라고 규정하고 있다.

나. 원심은, ① 법인세는 해당 법인이 지출한 경비 중 사업관련성이 있고 통상적인 것이라면 인건비 등 내부비용을 포함한 모든 비용을 손비로 산정하게 되나, 부가가치세는 재화 또는 용역을 공급하는 사업자가 그 공급을 받는 자에게 매출세액의 형태로 매입세액을 전가시키는 경우에만 공급받는 자의 매입세액으로 공제할 수 있는 점, ② 부가가치세에서는 사업관련성이 있는 지출이라고 하더라도 그 거래가 부가가치세 과세대상이 아니라면 애초부터 매입세액이 발생하지 아니하여 공제 여부가 문제될 여지가 없는 점, ③ 구 부가가치세법 시행령 제60조 제3항이 구 법인세법 시행령 제48조 제1항을 준용하는 것은 부가가치세 과세대상이 되는 거래 중 매입세액의 공제가 허용되는 지출의 범위와 관련한 것이므로, 직전 사업연도 매출액 비율로 분담금액을 산출할 때 기준이 되는 공동경비는 부가가치세 과세대상인 지출에 한정되는 것으로 보아야 하는 점, ④ 원고의 주장처럼 인건비 등 내부비용을 포함한 전체 공동경비 또는 면세대상 지출까지 포함한 이 사건 연구비를 기준으로 분담금액을 산정하여 이 사건 연구비에 관한 매입세액 전부가 공제되어야 한다고 본다면, 부가가치세의 과세대상이 되지 않아 매입세액 공제 여부가 문제되지 않는 내부비용이나 부가가치세가 면제되는 지출까지도 공제대상에 포함되게 되므로 부당한 점 등을 종합하여 보면, 부가가치세의 매입세액 공제 범위와 관련하여 구 부가가치세법 시행령 제60조 제3항에 의하여 준용되는 구 법인세법 시행령 제48조에서의 공동경비는 이 사건 연구비 중 부가가치세 과세대상인 지출에 한정되는 것으로 봄이 상당하다는 이유로, 이 사건 연구비 중 부가가치세 과세대상 지출만을 기준으로 원고의 매출액 비율에 따라 분담금액을 산출하고, 이를 초과하는 금액에 대한 매입세액을 불공제한 피고의 이 사건 처분이 적법하다고 판단하였다. 앞서 본 규정과 관련 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단은 정당하다.

4. 대상 판결에 대하여

가. 공동경비 관련 부가가치세 판결

대법원 2017. 3. 9. 선고 2016두55605 판결은 공동경비의 손금불산입에 관한 법인세법 시행령 제48조에 따라 산정한 분담액을 초과하는 지출이 있는 경우 그 초과지출액 상당만큼 상대방에게 용역을 제공한 것으로 볼 수 있는지가 문제된 사안에서, ‘원고들은 매출이 발생하는 자신의 사업을 위하여 공동경비를 지출한 후 공동경비 정산계약상의 분담기준에 따라 정산한 것인데, 그 분담기준이 구 부가가치세법 제17조 제2항 제2호 및 같은 법 시행령 제60조 제3항의 기준과 일치하지 아니하여 초과지출액의 매입세액이 불공제되더라도 이는 위 법령에 따라 사업관련성이 부인된 결과일 뿐, 그러한 사정만으로 원고들 사이에 그 매출사업과 별개로 상대방에게 용역을 제공하였다고 볼 만한 계약상, 법률상의 근거를 찾기 어렵다는 이유 등으로 초과지출액 관련 매출세액을 가산하여 한 부가가치세부과처분은 위법하다’고 판시하였다. 즉, 공동경비 중 분담금액을 초과하는 지출이 있는 경우 그 초과지출액 부분에 대한 매입세액 불공제를 하는 외에 초과지출액을 부가가치세 과세대상인 상대방에 대한 용역의 공급대가로 볼 수 없다는 것이다.

나. 대상 판결의 의의

대상 판결은 ‘사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액’의 범위에 관하여 법인세법 시행령 제48조를 준용하고 있는 구 부가가치세법 시행령 제60조 제3항(현행 부가가치세법 시행령 제77조)의 해석에 있어서 공동경비 초과지출액의 해석에 관한 최초의 판결이다.

대상 판결은 법인세법 시행령 제48조의 분담금액을 초과하는 금액을 구 부가가치세법 시행령 제60조 제3항에 있어서 어떤 의미로 해석할 것인가에 대해 적극적으로 법리를 제시하지 않고, 원심의 판단이 정당하다는 결론으로 입장을 밝혔다. 즉, 대상 판결의 원심인 서울고등법원 2016. 9. 22. 선고 2016누39186 판결은, 구 부가가치세법 시행령 제60조 제3항은 부가가치세 과세대상이 되는 거래 중 매입세액의 공제가 허용되는 지출의 범위와 관련하여 구 법인세법 시행령 제48조 제1항을 준용하고 있는 것이라는 전제에서 분담금액 산출시 기준이 되는 공동경비는 부가가치세 과세대상이 되는 지출에 한정되는 것으로 보아야 한다고 판단하였다. 대상 판결에 따르면 결국 구 부가가치세법 시행령 제48조 제1항의 해석에 있어서 공동경비는 구 법인세법 시행령 제48조 제1항의 공동경비 중 부가가치세 과세대상 지출만을 기준으로 하여 매출액 비율에 따라 분담금액을 산출하고, 이를 초과하는 금액에 대한 매입세액을 불공제한다는 것이다.

구 부가가치세법 시행령 제60조 제3항의 준용규정을 해석함에 있어서 문언상 특별한 제한이 없음에도 불구하고 위와 같이 부가가치세 과세대상 공동경비만을 기준으로 분담금액을 산출한다는 것은 조세법규엄격해석의 원칙상 문제가 있다. 문언대로라면, 구 법인세법 시행령 제48조 제1항의 분담금액을 초과하는 공동경비가 없다면 그 공동경비가 부가가치세 과세대상 지출이든 아니든 그 분담금액 범위 내에서는 관련 매입세액을 전액 공제대상으로 봄이 타당하다.

그런데, 대상 판결은 이와 다른 입장이고, 따라서 실무상 향후 대상 판결과 같은 사안에 있어서는 그 판결이 제시한 기준에 따라 부가가치세 과세대상이 되는 공동경비만을 기준으로 분담비율에 따라 계산한 후 그 초과지출액에 상당하는 공동경비만을 불공제 대상이 되는 매입세액으로 산정하여야 할 것이다.

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